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标题: 有关gromacs做RMSD分析时突然跳跃的问题 [打印本页]

作者
Author: username 时间: 2025-10-26 18:19
标题: 有关gromacs做RMSD分析时突然跳跃的问题
各位老师，我跑完md做rmsd分析，发现我的轨迹已经做过轨迹矫正处理，并且消除了平动能、转动能，但是为什么做出来的RMSD是这样的？以下我的命令：gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100.xtc -o md_0_100_center.xtc -center -pbc mol -ur compact gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100_center.xtc -o md_0_100_fit.xtc -fit rot+trans。请问老师问题可能在哪里？还有我发现跑完MD，小分子配体已经远离蛋白质结合位点，第一张图是小分子与蛋白质的距离图。请问这个和rmsd突然出现跳跃有没有关系？

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-26 18:23
先试试用pbc cluster处理，很明显还是pbc没处理好
可以参考 http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html

作者
Author: username 时间: 2025-10-26 18:24

student0618 发表于 2025-10-26 18:23
先试试用pbc cluster处理，很明显还是pbc没处理好
可以参考 http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.ht ...

好的，谢谢老师，我先试一下

作者
Author: username 时间: 2025-10-26 18:47

student0618 发表于 2025-10-26 18:23
先试试用pbc cluster处理，很明显还是pbc没处理好
可以参考 http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.ht ...

老师，好像还是这样，还有其他办法吗？MD需不需要重跑？

作者
Author: username 时间: 2025-10-26 18:48

student0618 发表于 2025-10-26 18:23
先试试用pbc cluster处理，很明显还是pbc没处理好
可以参考 http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.ht ...

我看了一下nvt.gro，这个时候小分子已经脱离蛋白质的结合位点了，这个要紧吗？

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-26 22:23
看轨迹，它是跑出去后下一帧跑回去的话显然是pbc问题没处理好，要排查请提供完整使用的trjconv -pbc cluster的命令。

如果是真的慢慢跑开，检查跑开前有相互作用的残基，也再确认一下初始结构是否合理(如质子化是否正确等)

作者
Author: username 时间: 2025-10-26 23:32

student0618 发表于 2025-10-26 22:23
看轨迹，它是跑出去后下一帧跑回去的话显然是pbc问题没处理好，要排查请提供完整使用的trjconv -pbc cluste ...

老师，我用的是这个命令：gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster -center

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-26 23:48
本帖最后由 student0618 于 2025-10-26 23:51 编辑

username 发表于 2025-10-26 23:32
老师，我用的是这个命令：gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster ...

选了什么组？应该用蛋白+小分子的组cluster
没有这组就要make_ndx 先生成蛋白-小分子组的index.ndx，trjconv用 -n index.ndx 选那组cluster。

作者
Author: username 时间: 2025-10-27 00:01

student0618 发表于 2025-10-26 23:48
选了什么组？应该用蛋白+小分子的组cluster
没有这组就要make_ndx 先生成蛋白-小分子组的index.ndx，trj ...

选的是20 20 0 ，20就是蛋白质和小分子组的，0是System

作者
Author: username 时间: 2025-10-27 00:03

student0618 发表于 2025-10-26 23:48
选了什么组？应该用蛋白+小分子的组cluster
没有这组就要make_ndx 先生成蛋白-小分子组的index.ndx，trj ...

老师，我确实是先make_ndx建立蛋白质和小分子组的。
老师救命啊，还有救吗？

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-27 00:14

username 发表于 2025-10-27 00:03
老师，我确实是先make_ndx建立蛋白质和小分子组的。
老师救命啊，还有救吗？

先去掉命令中的-center试试

作者
Author: username 时间: 2025-10-27 00:18

student0618 发表于 2025-10-27 00:14
先去掉命令中的-center试试

好的，老师，我先试试

作者
Author: username 时间: 2025-10-27 01:02

student0618 发表于 2025-10-27 00:14
先去掉命令中的-center试试

老师，我试了，还是不行

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-27 03:10
VMD里认真从头到尾看轨迹，尤其是突越的地方，且明确显示出来盒子边框，先搞清楚发生了什么、分子是怎么在模拟过程中跨盒子的。并且真正搞清楚trjconv的-center、-pbc cluster、-pbc mol都是什么含义以及怎么正确使用（北京科音分子动力学与GROMACS培训班http://www.keinsci.com/KGMX里面“GROMACS的使用基础”部分我极其详细讲了）。具备了这样的前提知识和信息，不可能自己解决不了，比这里来来回回问、等别人回复效率高多了。别人看不到你的具体轨迹动画（且你都不给出体系结构图），只能半盲猜着回答，再加上你的描述可能又不够具体、遗漏重要信息，或者因为你理解不到位没恰当按对方说的做，很难在论坛里靠问答高效、准确地解决这种老生常谈的最适合自己在屏幕前根据实际情况解决的问题。

作者
Author: username 时间: 2025-10-27 08:15

sobereva 发表于 2025-10-27 03:10
VMD里认真从头到尾看轨迹，尤其是突越的地方，且明确显示出来盒子边框，先搞清楚发生了什么、分子是怎么在 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: username 时间: 2025-10-27 08:37
各位老师，认真查看VMD发现，蛋白是在42ns开始变形了，对于这种情况一般怎么处理呢？

作者
Author: username 时间: 2025-10-27 08:46
各位老师，我观看了VMD，发现我的蛋白在模拟过程中第42ns开始，蛋白质开始变形，整个蛋白质被压扁了，请问这种情况怎么处理？

作者
Author: username 时间: 2025-10-27 09:12
42ns变形前的蛋白质构象

作者
Author: username 时间: 2025-10-27 10:08
各位老师，在MD模拟过程中在42ns蛋白质构象出现变化，该怎么处理？

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-27 14:49
1. 尽量不要分多个帖，有点混乱
2. 没力场、mdp内容、一开始蛋白结构是怎么来的(pdb? Homology model? AlphaFold?) 无法找原因。

如sob老师所说，提问时应尽量提供足够资讯帮助排查。

作者
Author: 学不会太难啦 时间: 2025-10-27 21:05
本帖最后由学不会太难啦于 2025-10-27 21:08 编辑

我之前和你遇到了同样的问题，我按顺序输入了这三行就解决了
gmx trjconv -s MD.tpr -f MD.xtc -pbc nojump -o s1.xtc -n index.ndx
gmx trjconv -s MD.tpr -f s1.xtc -pbc cluster -o s2.xtc -n index.ndx
gmx trjconv -s MD.tpr -f s2.xtc -center -o s3.xtc -n index.ndx

如果不确定是不是蛋白质跑出盒子的问题的话，可以在vmd里输入pbc box -on，这样就能显示出盒子的范围

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-28 03:53

username 发表于 2025-10-27 10:08
各位老师，在MD模拟过程中在42ns蛋白质构象出现变化，该怎么处理？

所有图片在一个帖子里一起给出并描述，别分成好多个回帖发！否则别人看着超级累，信息乱七八糟
并且前面我明确强调了，把盒子边框显示出来！

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