计算化学公社

标题: 求助用Molclus调用Gaussian和ORCA跑自由能任务中断 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 2025-10-27 10:31
标题: 求助用Molclus调用Gaussian和ORCA跑自由能任务中断
本帖最后由王涛于 2025-10-27 10:33 编辑

使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 16255&fromuid=84268
(出处: 计算化学公社)
在按着老师的步骤做到第四步：用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能
我的体系为多肽-氨气复合结构，用xtb在GFN2-xTB结合隐式水模型下做批量优化的结果如下
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
选择处理前8个，脚本运行时间为2天。现在发现2天不足以完成此任务，而且isomers.xyz文件里面没有内容，为0KB
(, 下载次数 Times of downloads: 3)
请问：

应该如何调整可以缩短任务完成时间（除了减少处理结构的数量这个办法）
再次运行是从头开始还是从断点开始
如何从目前的gau.out文件读取目前已经跑到第几个结构了
isomers.xyz文件里面没有内容是否正常

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-28 04:49
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）
看Q10

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