公社群聊Q&A整理：2016.11.23 06 ~ 2016.11.25 04 Concate - 计算化学公社

2016.11.23 05:40:09
Q:
各位老师前辈，我有一个问题想和大家讨论一下。我计算苯稠环吸附氢氧根阴离子，结果发现氢氧根离子与苯稠环的碳原子之间好像有成键相互作用，吸附能达到100多千焦每摩尔。如图[图片]，文献中我没有看到有报道苯稠环会化学吸附阴离子的，不知道自己的计算结果是否合理或是有道理的。我使用的计算方法是B3LYP-D3/6-311G**优化，B3LYP/6-311+G**计算单点能。各位前辈老师是否有计算过类似问题或有想法的，能否发表一些意见，谢谢老师。
是否有计算过类似问题或有想法的，能否发表一些意见，谢谢老师。
A:
优化的级别没问题，单点不加-D3莫名其妙
气相下这种吸附结构没什么异常
可以溶剂下重新优化看看
Q:
老师，抱歉，写少了，单点B3LYP-D3/6-311+G**。
老师，请问您推荐使用什么样的溶剂化模型，PCM可以吗？
还是IPCM
A:
SMD
IPCM是垃圾
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2016.11.23 05:40:17
Q:
第一次做寻找过渡态，没有经验。请问，QST2，输出 New curvilinear step not converged. 发现iteration在下降，但是速度慢，可否改变iter的最多次数（100次）来解决？
A:
第一次找过渡态就甭用QST2
先把opt=TS弄熟了再说
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2016.11.23 06:08:02
Q:
opt=(calcfc,ts,noeigen) scf=damp oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=hardfirst)
请问，这样的关键字是合法的吗？
opt=(QuadMac,calcfc,ts,noeigen) scf=damp oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=hardfirst)
合理吗？
A:
合理
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2016.11.23 06:48:32
Q:
有谁总结过适合计算化学投稿的sci期刊？
有谁总结过适合计算化学投稿的sci期刊？
有谁总结过适合计算化学投稿的sci期刊？
怕问题被淹了
A:
连续发三次同样信息，扣分已记录
不要试图靠发多遍问题或者大字号之类行为获得他人关注
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2016.11.23 07:03:57
Q:
各位前辈好！能不能请教一下：高斯pop=Hirshfeld是不是原子偶极矩校正的Hirshfeld电荷(ADCH)？
谢谢【话唠】15 前辈
各位前辈好！能不能请教一下：[图片][图片][图片]哪个图的哪一列是原子上的电荷布局？
A:
用multiwfn计算多好，输出多清楚
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2016.11.23 07:32:21
Q:
[图片] 老师,优化这个过渡态结构如果要B3LYP/6-311++G**和M062X/TZVP作计算水平对比的话，用B3LYP/6-311++G**好还是用B3LYP/6-311G**好啊？
A:
这种体系加弥散纯属多余，给氢加弥散更是完全多余！
原理上显然6-311++G**更好，但改进微乎其微，白费巨额时间
TZVP优化足矣，6-311G**对优化目的也够了
看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2016.11.23 15:35:02
Q:
老师，请问一下。我考虑溶剂化效应后，我只想计算在溶剂中的模型与溶质分子之间的相互作用能，我不计算溶解自由能，直接用溶剂条件下复合物的单点能减去各部分单点能计算相互作用能可以吗？还有可以使用考虑溶剂化效应得到的波函数文件进行波函数分析及计算NPA电荷吗？
A:
可以，但对溶剂的考虑比较粗略，相当于在你计算单点所用的级别下算的溶解自由能
溶剂模型下的波函数文件做波函数分析没问题，能体现溶剂场的效应
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2016.11.23 16:39:54
Q:
请问一下[图片]这个泛函用的时候命令里该怎么写啊
A:
看具体定义，如果是指调过w值，看
优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw
http://sobereva.com/346
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2016.11.23 16:57:11
Q:
老师，请问PCM-state Specific 应该怎么翻译的好
A:
态特定PCM模型
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2016.11.23 17:17:16
Q:
谢谢sob前辈一大早的及时回复，我试一试multiwfn，前辈能不能再请教您一下：NBO和Hirshfeld哪个描述的好一些对于配体和过渡金属之间的charge transfer？有没有可以引用的文献？
A:
NPA和Hirshfeld都可以。前者数值大，后者数值偏小。对于NBO老版本，有时候算过渡金属体系电荷并不很合理。
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2016.11.23 17:19:23
Q:
老师，genmer生成的构象假如设置的就5个，会不会由于最优的那个由于构象少没出现呢
我现在做优化始终一直怀疑自己优化出来的不是最优的不敢确定
A:
可能。具体看体系大小
Q:
就50个分子呢
A:
之前就回复过，这么大体系才6核，且得算
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2016.11.23 17:20:28
Q:
老师，如果还要计算反应势垒和反应热的话，6-311++G**有没有必要呀？
A:
都说了，氢的弥散完全多余
对这种弥散不是很重要的情况，加弥散之前先把基组质量提升到足够再说
诸如到了def2-TZVP再提升到ma-TZVP
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2016.11.23 17:28:17
Q:
一个分子的电荷密度分布
A:
电子密度分布：作图表示
电荷分布：做布居分析
电荷密度分布：不良词汇
Q:
。。。。
学到了
安了新版本，还是一样的问题，怎么办？@米豆豆
我只是想要张gview的图而已。。。。
我发现我图里不显示的原子，在转动后可以显示，[图片][图片]是不是设置里的问题
A:
图中第二行就写了
Q:
没有解决的方法么？
好吧，我自己再去查查解决的方法
我又没有分[表情]
A:
根本没有什么解决方法
看来你还没看群共享里群规，扣满12分就踢，目前已扣3分
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2016.11.23 17:42:31
Q:
老师，请问我考虑溶剂化效应，需要自定义溶剂。您的博文说smd适合自定义溶剂。还有什么比较好的方法?
A:
SMD是最好的，不用考虑其它
并没说SMD适合自定义溶剂，对所有溶剂模型都一样。
无论是SMD还是PCM、CPCM等，在定义溶剂时都是一样的，极性部分可自定义，非极性部分都没法自定义
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2016.11.23 17:59:20
Q:
老师，液相基组6-31G++在找过渡态时，gjf中加入iop(1/8)=8，会影响结果的准确性吗？
A:
仔细看完
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
Q:
出现震荡的时候，可以加上iop(1/8)=8吗？
A:
仔细看完
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
不要用这基组，烂得一塌糊涂
不要用iop，用关键词
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2016.11.23 18:23:28
Q:
[图片] 老师，我用M062X/TZVP opt=(ts,calcall,noeigentest)找过渡态（8号原子是可以替换的，此处是F原子），8号原子是F、Cl、Br、-NH2、-OCH3的时候都可以，但是是I的时候出错了，这是怎么回事呀？应该怎么改进呢？
A:
TZVP对I没定义
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2016.11.23 18:28:59
Q:
[图片]老师我想做一下二面角柔性扫描（#p pm6 opt(modredundant) ，看一下有没有过渡态，这里的后两个参数该怎么设置更合理一点？）
这里的13 -0.1是扫描键长的时候用的】
A:
看体系啊
可以5~15度一步
Q:
这个13是步，后面的是每步的角度跨越量？
A:
y
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2016.11.23 18:33:11
Q:
sob老师，关于OHF方法得到OHF值后，算激发能（发射能）是要修改B3LYP里的HF%对吗？
A:
是
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2016.11.23 18:34:30
Q:
这一行最前面还要加个D 变成D 31 30 26 33
A:
不用写D
Q:
那扫描键长键角时的B A也可以不写吗
A:
可
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2016.11.23 18:42:20
Q:
老师，请问对于DFT-D方法优化得到的结构进行频率分析计算自由能时使用的校正因子，使用文献报道的DFT方法的校正因子，可以吗？DFT-D的校正因子在文献中没有找到。
A:
可以
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2016.11.23 18:44:50
Q:
老师您好，请问一下如果一些分子很容易形成分子内氢键，比如糖类分子，由于形成的氢键个数和相对位置都有多种，这种情况下做结构优化，有什么办法能找到最稳定的那个分子结构呢。我尝试了一下，找到了两个收敛的结构，也都没虚频，但是不确定到底是不是最稳定的结构
A:
看自由能
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2016.11.23 18:49:32
Q:
[图片] 我这个体系是晶体，用pwscf优化后抽出来cluster做NCI的RDG。然而，如图中心画圈所示的这个作用是违背一般的化学常识，怎么处理为宜？1）我感觉是由于晶体由于周围分子的影响，从而导致它有“不正确”的构型，因而出现了一些错误的RDG，如您博文所说。2）我感觉AIM的BCP数目有时会少于实际情况，但NCI的RDG一般不会漏判，但会多出来一些RDG。换言之，AIM存在的BCP，RDG一定会有；但RDG存在的，AIM未必会有。还是要二者结合起来判断
画圈位置出现的RDG没道理，这儿哪有什么作用力呢！
A:
有色散作用
Q:
那个小圆圈可以勉强说是N和苯环的斥力，以及N和苯环的色散吸引；带洞的大圆如sob所说是苯环和S=O的色散？
A:
对
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2016.11.23 19:13:24
Q:
老师，我想问下def2-qzvppd系列，可不可以不加赝势使用全电子基组呢？是不是在关键词那不加ecp，后面没有赝势信息就可以了呢？
A:
def2-qzvppd对前四周期是全原子，之后是赝势基组
Q:
部分原子是第四周期后的
如果要用def2-qzvppd基组就必须得加赝势了？
好的，谢谢sob老师，可能是我的方法简单了些，感觉比预想的要省时
A:
显然得用赝势
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2016.11.23 19:28:46
Q:
[图片] 老师，我用M062X/TZVP opt=(ts,calcall,noeigentest)找过渡态（8号原子是可以替换的，此处是F原子），当8号原子是-CH3CH2的时候SCF不收敛，这个该怎么办呢？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.11.23 19:31:15
Q:
[图片]
L701单电子积分一阶或二阶导
真是什么意思呢
找不到l701.exe文件？
报错了
已经终止了
可能是超算的问题
A:
检查g09目录下有没有701，没有的话重新下个高斯装上
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2016.11.23 19:49:21
Q:
1、想通过DFT方法计算溶剂环境中溶剂与溶质之间的相互作用力，应该包括静电力和色散力，具体所占比例不知。2、不知道应该如何建立模型？ 3、考察哪些参数可以表示作用力的大小？ 4、是否可以通过分析电荷转移量解释相互作用力的大小？
A:
公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/356
新入群的人先看群共享里的群规
粗略考虑的话，计算溶解自由能，程序会给你静电部分和非极性部分的贡献
精确考虑的话，跑动力学，获得一批溶质+溶剂层结构，依次做能量分解，计算溶剂与溶质相互作用的能量成分。然后对所有帧取平均
电荷转移和作用强度没直接关系
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2016.11.23 19:51:30
Q:
Sobereva老师，您好。我使用单机用MOPAC计算了轨迹文件大概有100个结构，花的时间很长，使用的是PM7。计算完后的结果有很多，如果再使用单机做gauss或者orca优化就要花很长时间，有没有什么方法可以提取出各个结构后，再分别放入服务器上面的gauss优化呢？优化好后再使用molclus分析能量顺序。例如您例子当中的11种结构：
[图片]
A:
直接从.xyz文件里把结构拷出来放到.gjf里就完了
或者用VMD也可以保存指定帧的结构
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2016.11.23 19:59:36
Q:
老师，我现在有两个想法，第一是通过溶解自由能，第二是分别计算溶质和溶剂分子在溶剂环境中的单点能，然后通过计算结合能进行考察。不知道选择哪一种方法更好？
A:
前者省事，后者颇麻烦
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2016.11.23 20:19:59
Q:
请问一下各位老师同学，DFT/B3LYP与DFT/CAM-B3LYP在计算电子结构时有什么区别？
A:
“计算电子结构”太笼统
一般来说除了计算(超)极化率、电荷转移/里德堡激发态以外，CAM-B3LYP比B3LYP不会有任何好处
Q:
比如说计算自由基的SOMO能级方面，看见文献中好多是用的CAM-B3LYP
A:
不值得效仿
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2016.11.23 20:28:31
Q:
想请教老师一个问题，在比较多种不同催化剂对同一个反应的催化效率时，如何选取参考点比较合理呢？老师
四个反应坐标的势能面，怎么画？
A:
参考点具体指什么？
Q:
相当于，纵坐标是势能，横坐标是键长，只不过横坐标有4个，而不是1个。
A:
画四个图，或者非要一个图就只能四套横坐标
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2016.11.23 20:52:31
Q:
各位大神请问一下怎么设置RDG的等值面
谢谢
A:
RDG图怎么绘制博文里说得很明确了
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2016.11.23 20:52:58
Q:
UO2(NO3)2•2TMP 请问这个金属络合物amber力场怎么建，非水溶液的。老师说就UO22+和NO3-以及TMP三个单元力场就可以。
但是他们之间络合键参数没有啊，这样可以么？
A:
如果是配位作用，得增加成键项，光靠静电作用可能会跑掉
Q:
是配位键的。可是文献里只给了U的非键作用参数R和ε。连UO22+本身的U=O键参数都没给。
也没提络合键的参数。含U的键力参数，antechamber也没法生成
A:
自己搞呗
哪怕不是极为理想，也比没有强得多
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2016.11.23 21:47:09
Q:
请问gaussian里面计算高基组的单点能，读取低基组的chk文件会缩短时间吗？
A:
会降低一点。
但是如果你是专门先用小基组算一遍再用大基组读取其初猜算，总时间上缩短不了
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2016.11.23 22:12:39
Q:
sob老师，Multiwfn手册是计算紧缩福井函数和dual descriptor时，使用的离子态电荷分布应该是中性分子结构下的离子态电荷数量吧。就是保持优化的中性分子结构不变，只改变电荷和重态计算的电荷数。请问我的理解对吗？
A:
是简缩不是紧缩
对
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2016.11.23 22:29:40
Q:
请教大家，此图中的那一团应该叫电子云密度还是其他名字？审稿人认为不应叫电子云密度，那应该叫什么呢？
[图片]
OA:
分子轨道！！！
概率密度是轨道模的平方
Q:
（那一团叫什么分布在）。。。分子轨道上
OA:
不叫电子云密度，应该叫什么？
就叫分子轨道
Q:
整个叫分子轨道，我个我知道
我要描述，对HOMO—9分子轨道，其什么什么主要分布在金属和配体上
OA:
什么应该如何填写？
Q:
wavefunction distribution
wavefunction distribution
比较专业
为啥不直接说orbital。。。
OA:
你就说轨道大部分位于XXX上面
A:
这图叫做分子轨道波函数的等值面图
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2016.11.23 23:03:53
Q:
激发态考虑溶剂效应的话，SMD会比PCM要好吗？在高斯里是直接输入scrf=smd即可吗？
A:
一样
SMD比IEFPCM多考虑非极性部分，但非极性部分不体现实际电子结构，只体现几何结构和元素
是
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2016.11.24 00:03:12
Q:
老师，请问您说的用optDFTw优化range-separated 泛函 w参数的时候，要先配置GAUSS-EXEDIR, 这个具体怎么配置？还有同一泛函的最优w参数在研究不同的电荷转移体系中是不是不同？
A:
是
[图片]
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2016.11.24 00:19:53
Q:
请问液相条件下不能用bsse校正吗？
A:
不能直接用
Q:
哦，谢谢老师，我先查查
老师，假如液相bsse校正这样写的话，#p b3lyp/6-311++g(d,p) counterpoise=2 scrf=(solvent=water)，应该怎么改下啊
A:
常规方式计算隐式溶剂模型下的相互作用能，再加上气相下计算的BSSE校正能
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2016.11.24 00:44:07
Q:
[图片]老师，这里的charge-assisted该怎么翻译？另外charge-assisted halogen bond 与halogen bond有什么不同？另外您提到这个线性关系非常好用，是不是可以用静电势在某位置（比如卤键O-Br的键极值点）变化量求原子间相互作用能（比如卤键的强度）？另外还能怎么用，能就O-X卤键指点一下么
A:
形成卤键的体系还带电荷
是
看原文的讨论
Q:
我记得AIM分析中用利用某极值点点静电势数值除以二也可以得到氢键的大小，和这个方法预测的卤键强度比较。前者更方便一些，是不是也适合卤键体系？从理论上讲是不是后者更准确？@Sobereva
A:
不适合卤键
静电势这种普适性更好，虽然麻烦点
Q:
[图片]老师，我的要计算的体系是碘捕获，这里的体系相互作用能（只有一个O-I卤键生成）与上面静电势求算的卤键强度（能量）应该是前者大，对吧？有没有可比较性呢？因为毕竟都是同一个键生成@Sobereva
A:
怎么得出结论是前者大？没必然关系
Q:
碘分子放在体系中计算，导致体系能量降低（相对于单体优化能量加和），高估了O-I键形成而降低的能量？@Sobereva
A:
和周围没多大耦合，高估不了多少
更何况静电势那个方法得到的也不是精准的卤键作用能
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2016.11.24 01:23:21
Q:
请教sob 老师，优化配合物的时候，用CCDC里下载的mol2文件优化，优化前[图片]配位键能看见，优化后配位键消失[图片]是怎么回事？
A:
[图片]
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2016.11.24 01:52:13
Q:
请问一下，文章被web of science漏捡了，这种情况怎么办啊？
A:
给WoS的人写邮件说明
以前也碰见过检索信息有误，发过邮件后，隔了很久才得到回复，问题解决了
Q:
因为我看了一下有一共三期都漏了，而我的文章在这里面其中一期，wos官网有联系方式吧？
A:
页面上肯定有
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2016.11.24 02:12:45
Q:
老师，Mohan和Suresh发现的线性关系是用MP2/6-311++G** 算的，我想用这个关系求卤键的话是不是也得在MP2/6-311++G** 下计算（优化或单点）体系？假如体系较大计算困难怎么办
A:
是
可以去掉氢的弥散
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2016.11.24 03:21:15
Q:
老师，我想问下生成.47文件后怎么在NBO5或6中算MSPNBO？
A:
打开.47文件，$NBO里头写上MSPNBO，然后用GENNBO运行
Q:
哇太好了谢谢sob老师/爱心
老师，linux中生成.47 这部分archive file=c:\ltwd 的输出目录怎么改写？
A:
按照linux路径规则写啊
Q:
[图片]是这样吗？好像出不了文件
A:
e.g. file=/SUNSHINE/YOSORO
Q:
[图片]老师，试了好几种这样还是得不到.47文件[表情]
A:
确保路径存在，而且确保实际路径也是大写的
Q:
[图片]这是路径，试过小写的，也得不到.47[表情]
A:
.47里必须大写
实际linux里的文件夹也必须大写
都确保无误还不行就仔细看提示
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2016.11.24 03:47:08
Q:
老师，我想算分子的里德堡激发态，用到的基组想包含描述O和C的3s和3p,3d等轨道的基函数，该怎么选基组？@Sobereva
A:
高斯自带的用aug-cc-pVTZ，更划算的是sadlej+，EMSL上有
Q:
老师，这些标准基组已经包含描述这些轨道的基函数了，我看有些文献里是自己计算生成的里德堡基函数，后者复杂难懂，高斯有没有生成里德堡函数的功能？
A:
没有所谓的“里德堡函数”
里德堡态必须靠弥散函数才能描述
Q:
[图片]老师这样的基组是不是就是代表考虑到5s轨道了吗
A:
明显不是！
基函数和原子轨道没直接对应关系
看群共享里《基组入门资料小合集》了解基础
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2016.11.24 03:50:11
Q:
老师，%chk=d:\test2\step3.chk
%mem=512mb
#p b3lyp/3-21g opt=readfc geom=allcheck guess=read
这部分运行前没有chk文件，怎么生成的chk文件
A:
就别read了呗
写个B3LYP/3-21G opt就完了
Q:
老师，我的试了，先给出chk文件，也是还出现刚才的错误
A:
上传输出文件
Q:
dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles = 1 SizExt = 524288 WInBlk = 512
defal = T LstWrd = 67072 FType=2 FMxFil=10000
Number 0
Base 20480
End 67072
End1 67072
Wr Pntr 20480
Rd Pntr 20480
Length 46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
A:
不是贴这些没用的，而是上传输出文件
Q:
[图片] 【潜水】╰︶絆敻嶶涼分享文件 20:38:22
"step3.out" 下载
A:
不是都说了就写个b3lyp/3-21g opt就完了，还写其它的
[图片]
Q:
谢谢老师！
还是错误呢[图片]
A:
去掉%chk，或者保证%chk指向的目录必须已经存在
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2016.11.24 04:02:10
Q:
请问，为什么做qm/mm优化前，先跑一段MD平衡呢？qm/mm直接优化不可以么？
生物蛋白体系
A:
可以。但MD过程可以让结构自由弛豫一下，避免优化到高能极小点去
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2016.11.24 04:32:56
Q:
请教大神，我对电脑硬件不怎么懂。新买的品牌服务器，想检测下硬件配置和使用情况，有什么好的检测软件推荐，，现在安装的系统是Windows server 2008，主要怕有旧的配件，因为以前我就买到过样机。/抱拳非常感谢
A:
AIDA64
Q:
谢谢大神，请问这个软件可以检测出硬件的使用时间长吗？@Sobereva
A:
硬盘能检测，其它硬件没法检测
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2016.11.24 04:35:46
Q:
老师，您好！请问为什么我使用PM7 precise关键词做MOPAC优化动力学后的结构，结构都跑散了？
A:
如果优化没问题，就是力场参数或模拟设定不合理所致
如果是分子团簇，温度一高明显会散
Q:
两个分子通过氢键结合的复合物，使用MS forcite做了动力学模拟，得到了101个结构，使用VMD查看结构都正常；但是再使用MOPAC2016做了PM7优化，所有这101个结构基本上都优化散架了。
A:
没具体情况没法说，绝对是哪里犯了致命错误
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2016.11.24 04:47:40
Q:
[图片]
老师想学习这些东西我需要从哪些方面入手啊
A:
高斯用法：RTFM
基组：群共享里基组入门资料小合集
得自行用Bq设定非原子中心的基函数
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2016.11.24 04:48:23
Q:
老师，我的结构里面存在一个Re原子，是不是因为这个原因啊？请问这个重原子在MOPAC里面需要如何特别设定呢？
A:
MOPAC支持的半经验方法里应该没有能描述Re的
Q:
那这个有办法解决吗？
A:
无
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2016.11.24 05:09:56
Q:
老师请问您 K以后的元素，计算Chelpg电荷的时候，需要定义原子半径吗？
A:
需
Q:
pop=readradii这样吗？老师
A:
y
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2016.11.24 05:24:46
Q:
想问下有没有软件可以作atomic transition densities直观图？
A:
看atomic transition densities具体怎么定义的
multiwfn可以绘制跃迁密度图（实空间函数形式）、跃迁密度矩阵图，还能计算原子跃迁电荷
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2016.11.24 05:25:44
Q:
大家好，跑一个irc只有四个点
[图片]
A:
如果是报错终止，IRC里加LQA，如果正常结束，看
[图片]
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2016.11.24 05:26:48
Q:
on total polarization charges = 0.02132）
A:
这不是错误，是误差。不用管
Q:
老师，可以继续保存了接着算吗
A:
502错误根本不是因为这个提示所致
不收敛看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.11.24 05:28:30
Q:
弱弱的问一下[图片]类似于这个吗？电子台的跃迁导致了电荷分布改变这个怎么做呢
A:
计算基态和激发态的片段电荷一相减就完了
片段电荷=原子电荷加和
Q:
老师0-0的能量说是吸收和发射的交叉点应该怎么理解呢
A:
吸收和发射过程0-0跃迁能量是相同的，所以是交叉处
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2016.11.24 05:50:55
Q:
老师，[图片]为啥不行呢？
A:
自行去EMSL看aug-cc-pVTZ和-PP版本支持的元素范围
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2016.11.24 06:25:31
Q:
老师算BOMD的时候，如果maxpoints=n小于默认值会不会对结果有什么大的影响？谢谢
A:
轨迹短呗
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2016.11.24 06:27:00
Q:
我也觉得神奇了，给您发个截图
[图片]
社长，为了把Normal termination和No截到一起，我删掉了他们中间的部分
A:
你这是频率计算又不是优化，当然正常
Q:
噢噢，那结果可以用吗/呲牙
A:
不能
Q:
我记得，好像至少要有两个Yes
谢谢社长，我知道计算问题出在哪儿了，向您确认一下，有两个Yes的话，结果可以用吗
A:
看其它的与标准的收敛限差多少
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2016.11.24 06:51:41
Q:
我电脑用Multiwfn看分子轨道，旋转和移动分子的时候非常卡，不知道什么原因
A:
本来就那样
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2016.11.24 07:32:04
Q:
老师，我要用来计算反应的势垒，我用CCSD(T)/cc-pVTZ算了过度态的单点能，但是最后总结部分出现了好多别的方法下的能量，有HF=、MP2=、MP3=、MP4=、 CCSD=、 CCSD(T)= 等好多个能量，是不是我只需要看CCSD(T) =的这个能量就可以了呀？
A:
y
Q:
过渡态的结构一般都多参考啊..
偶合簇算出来有啥优势？
和U-DFT比没啥优势吧.。
A:
否
只有很少数过渡态才需要多参考
CCSD(T)算绝大多数过渡态很准
Q:
CCSD(T)做化学键的解离曲线很差的呀.。
A:
你说的是闭壳层形式
UCCSD(T)算解离曲线很好
更何况过渡态还没到对称破缺的情形
[图片]
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2016.11.24 07:43:59
Q:
老师，又来请教您了。我的一个季铵阳离子，C H N原子，使用mopac2016，pm7和pm6都优化散架了，而另外一个中性分子就没有散架，有没有其他方法推荐啊？
A:
不是方法的事
用对了绝对不会出现这种情况
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2016.11.24 07:50:51
Q:
@Sobereva老师，是不是过度态的总能量就是我用中等基组算出来零点能加上高端基组算出来的单点能的总和呀？
A:
你要用U(0)来衡量的话就是这样
Q:
老师，要是用298.15K、1atm下的U还需要加什么么？
A:
升温导致的内能增量
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2016.11.24 16:26:29
Q:
老师，您请问Windows和Linux系统下的高斯在安装和操作上具体有哪些不同吗？一直用的windows系统想转战Liunx，但是不知道怎么下手，或者麻烦您给推荐一下相关网址也行
A:
linux下运行：g09 < 1.gjf > 1.out，或g09 1.gjf产生同名.log文件
安装方法的幻灯片之前在2群里已经发过无数遍了，回顾聊天记录肯定能找到
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2016.11.24 16:49:39
Q:
各位老师好，我要将chk文件转化成cube文件，使用转化好的fch文件用cubegen 0 MO=n a.fch a.cube 0 h进行转化时，系统报错Unrecognized list input: N
Error termination via Lnk1e
请问如何解决，谢谢！
A:
n写上具体的分子轨道编号
用Multiwfn产生分子轨道cube文件方便得多也快得多，看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2016.11.24 16:51:39
Q:
跑IRC时出现这种错误怎么办Maximum number of corrector steps exceded.
Error termination via Lnk1e in /home/t710/g09/l123.exe
A:
IRC里写LQA
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2016.11.24 17:19:25
Q:
sob老师，sdd基组开发者主页，对于镧系锕系元素，除了小核赝势，就是f in core大核，请问如果我想用f电子不在赝势里的到哪里找呢，比如对锕系用78电子的，镧系用46电子的
A:
开发者主页是最全的，其它地方没有更全的
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2016.11.24 17:23:55
Q:
sob老师，请问我用高斯计算一个基态中性分子的激发，得到了下面的图
[图片]
但是当我计算+1价态时的激发是，却得到了这样的图，不知道原因是什么，麻烦您给看看，谢谢了
[图片]
A:
可以从轨道上考察下最低的跃迁对应什么特征
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2016.11.24 17:40:15
Q:
sob老师，我想计算溶液下的自由能变.在气相做优化，然后把优化的结构直接加到隐式溶剂下算频率，然后产物减去反应物得到自由能变，这样可行否？
A:
当然不行，优化和频率计算都不是同一级别
溶液下自由能怎么算这里明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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2016.11.24 17:48:11
Q:
sob老师您好我看到您刚才说到溶解自由能的计算，“在溶剂模型下计算的单点能”的这个单点能是哪个能量啊？是不是就是优化后结构在Gview里显示的能量呢？
[图片]比如就像这个？
我弱弱地问一下：高斯里默认的溶剂化模型是什么呢？PCM嘛？
A:
IEFPCM第二版
等价于PCM关键词
手册里都写着
Q:
[图片]我按照sob老师说的溶解能的计算方法算了两个氟代苯的溶解能发现1的比2的小。
这说明1比2难溶于水么？
但是实验中是2比1难溶于水的。这个该怎么办啊各位老师？
A:
还得考虑分子与自身作用的强度
Q:
分子与自身作用的强度这个该怎么理解啊sob老师
是说本身体系的总能量么？
A:
从晶体状态到溶解当然牵扯到拆散分子与相邻分子的作用
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2016.11.24 18:00:13
Q:
氢键的实质是不是强的静电相互作用
A:
一般强度氢键是这样
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2016.11.24 18:05:21
Q:
维基百科的东西质量怎么样
A:
跟百毒百科一个天上一个地下
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2016.11.24 18:15:45
Q:
请问MULTIWFN能画能带图吗？
A:
不能
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2016.11.24 18:20:46
Q:
多谢多谢[表情]。G09的计算结果能用来画出能带图不？如果能，用什么画好一点？
A:
不能
用正经的专门算周期性的程序
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2016.11.24 18:27:15
Q:
老师，是我问的问题有问题还是其他？不要不理我呀/可怜
A:
查IOp手册
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2016.11.24 18:38:55
Q:
OK了
刚有个群里发了gromacs培训的广告，我接着就给咱sob老师也做了广告，那人气呼呼的
什么培训
那个博宏科睿？
[图片]
A:
都是一路货色
A:
xxx企业管理这种公司还办科研培训一听就搞笑
Q:
要不科研经费没有支出口径啊
A:
估计主办方的人对自己办的培训都不怎么了解
Q:
商业培训只要能组织就行了，一方面有需求能收上来培训费，一方面有供给能请到主讲
A:
以这种态度来办，缺乏质量把控和认真负责的态度，讲师也可以随便应付事，捞一笔是一笔，质量根本没保证
Q:
的确没啥保证
根本不指望有啥保证
顶多就是把手册重新来一次
就是经费出口有个名义
3500
A:
之前某软件代理商办gmx培训，看了那幻灯片就知道，就是随便抓个高校博士讲讲，幻灯片内容大多就是讲讲文献而已，跟组会也没啥区别
Q:
这样的就是忽悠钱罢了
真把手册重来一次还不错了
那次有个组里买了vasp，来培训的也就比我们新手强点
OA：
哎，我也被骗了几次
Q:
这种自费去的还是少吧
大多数都是公款
OA:
但是很挣钱。听说有的单位派人去装Gaussian，就那几分钟的事，1000
我去过一次
[表情]
Q:
1000不贵
哪里需要装？我去装打八折
OA:
1000算少的
因此粗略一估计我至少曾经损失了10000多
搭系统更坑，还有按核心数算的
曾经有个同事给我看过源资的安装报价，除了机票之外服务费一万多
有次我大约损失了10W
还是windows的
以后有需要此类安装服务的兄弟尽管找我/呲牙，群内打八折
[图片][图片][图片]
Q:
谢谢老师！
OA:
差旅自理/偷笑
Q:
我也损失了好几千/呲牙
OA:
Lee老师，这飞机票得报销哇~不报销，远了亏了
我也给打8折/呲牙
远程操作即可
Q:
谢谢sob老师，我再去试试看。
OA:
直接打折（she）了~
那种是土豪单位吧
Q:
局域网哇~
OA:
内网
OA:
内网+1
Q:
居然几分钟1000，啧啧，回扣得有500吧/偷笑
以后有需要此类安装服务的兄弟尽管找我[表情]，群内打八折
服务费6%的税/可爱
[图片]
OA:
改行去装高斯去~0.0
有这种钱拿，愿意缴税/害羞
OA:
这时体现爱国精神[emoji]
Lee 首先要搞定开票资质
A:
这些科研服务相关的都应该规范化，拒绝暴利
Q:
是啊，要不然太坑
A:
纳税人的钱都流入利益熏心的人的口袋了
Q:
暴利有利于高科技服务业发展
最近听说变态在年幼的时候就认为人与人之间是利益关系，我们都是成年后才明白的
A:
若赚得暴力最终回馈于科研界还好，但绝大多数情况并非如此
Q:
如果科研圈子也是这样，中国就真的没有希望了
感觉科研圈子应该是素质最高的，哎
OA:
几千年来不一直都这样吗。。。
Q:
有暴利才会吸引资本，整个行业才有发展机会。初期乱象很快就会自愈
OA:
美国（外国）又不是没有
A:
据说MOPAC作者stewart靠卖程序赚得不少，而他同时积极开发半经验方法和不断更新MOPAC，向学术用户免费开放，这样就很好
Q:
都是中国古老的传统
肯定哪儿都有
像stewart那样的毕竟少数
A:
学术研究还是和资本运作有着根本区别的
Q:
嗯嗯
stewart这么做要有前期暴利支撑，否则难以为继
高斯以前还是挺开放的。。
A:
纯粹性不能被污染
Q:
拿来卖钱后就这个样子了
A:
但天朝的许多打着科研服务幌子赚取暴利的公司，100%肥得流油有钱花不完也不会干什么对科研界有益的事
Q:
都以利益为本了
中国如果有骨气，就可以叫高斯这个公司滚蛋
按照北京话来说，就是太装了
关键是不好开头
A:
高斯其实还好了，产品的性价比还是比较高的。
ADF之类才叫黑
Q:
像好多中石油石化的研究院，千万的项目拿下来，结果没实验条件
还搞了个什么禁止使用者名单
连pople都在列
很多组也做量化程序，但是毕竟单打独斗，想做好太难了
我们组就做
这种必须跟大飞机那样，国家牵头才行
有道理
大飞机，汽车那样
A:
虽然高斯有点背德，但高斯公司还是很看重学术的，不是那种想钱想疯的
Q:
大飞机的发动机
主要是这个
比火箭发动机难不少
如果国家真要牵头，我觉得其实做个中国版的Matlab，Mathematica之类更有用
只要天朝想做，我觉得都不难
航母不也搞出来了？
肯带头出钱就没问题
A:
人才已经足够了
Q:
人力资源不是问题
我记得清华有人做过
现在基础的科学的库，lapack，fftw，openCV，VTK，各个领域的，每一个国产的
后来死掉了
OA:
光一个清华不够
Q:
那个MathMu倒是流传了一个文档出来，程序早找不着了
OA:
一个清华，你怎么能够与人家发展三十年成果抗衡？
Q:
我们这边买软件的都打入课题组内部了，各种搞人际。
OA:
就它
刚改革开放的时候，那个时候高斯貌似还是很低声下气的
买软件附送代码
换了总裁后变得吧
Q:
现在量子让人觉得高大上，我们这边做工程很多人不懂量子，被人坑得不行。
OA:
比如聊天机器人，英文的语义库都是免费开放的，而中文的都是几家公司把持着不公开，想要可以，拿/钞票
smartqq
Q:
哈哈
感觉科学跟资本一样，也容易集中和垄断
A:
对
Q:
以至于某个做聊天机器人的小组是这么干的，输入一句中文后，传输到google翻译成英文，再把聊天机器人回应的英文翻译成中文。效果可想而知～
OA:
机器学习的代码也有很多吧
Q:
当然你要有骨气可以自己做中文的语义库，但是太难了
OA:
倒不是骨气，汇编还是英语的
虽然最低的是0和1
Q:
聊天机器人本身的代码也就几百行，但是用于学习的语义库非常大，中文的更复杂
但是知识的垄断让人抓狂
OA:
知识更高层次的垄断在于，比如给你Gaussian的全部源码，还是不知道它怎么回事。。。
Q:
代码没有说明文件吗？
OA:
我们国内其实也有很多的好代码
可惜都被下马了
知识代表财富垄断也正常
当初的：造船不如买船，买船不如租船，
如果当时能够商业化，我觉得就算不如高斯
混成orca那样总可以吧
ORCA的作者可算个小天才级别的人物，可不是“混”的
不过好好搞弄成PSI，Gamess这级别的应该可以
gamess已经很不错了
Q:
国内的量化软件几乎就没有替代品
让我们中国人无所适从
pwmat
[图片]
OA:
我们学生的代码能力也差一些
代码能力要从本科训练
不然研究生没时间
量化软件是要聪明人下“笨功夫”的，因此这点极其不适合天朝
Q:
老一辈的人乐意做
我们新一代的，生活都活不好
OA:
是啊
估计就没心思搞这些
我也暂时放弃了[emoji]
Q:
哪有这么多时间给你研究，现在不是流行3年、5年内非升即走
还有很多坑没填
A:
00后整天抱着手机、pad的小孩，到时候让他们写量化代码，更是难以想象
Q:
学好C++
/呲牙
[表情]
打算用C++写一个量化程序
可能2050年，机器可以自我编程/呲牙
可以在本科阶段多开设编程课
我就是觉得我的编程训练不够
不过估计没什么卵用
本科时代，编译器都是自己摸索
又没有网络
写上5000行，基本就差不多了
就是个瘸子水平
A:
高中就应该引入编程，甚至纳入高考才好（适当取代过难的数学题）
Q:
是的
这样编程水平就上去了。。。
信息学竞赛
A:
编程从娃娃抓起
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2016.11.24 18:40:23
Q:
[图片][图片]老师，我想问下这两种图是怎么画的，
A:
等值线图multiwfn直接就能绘制
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
等值面图把multiwfn算好的格点数据导出成cub文件放到VMD里显示
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2016.11.24 18:48:52
Q:
老师，优化稀土化合物，用ECP60MWB优化Lu，命令PBE1PBE/Genecp Int=UltraFine Opt(Cartesian,gdiis)，结构结尾空一行，输入Lu 0
ECP60MWB 4 60
G-Komponente
1
2 1.000000 0.000000
S-G
2
2 7.631500 141.300211
2 3.815700 3.493950
P-G
2
2 6.546300 76.059248
2 3.273100 9.440662
D-G
2
2 4.459700 49.091473
2 2.229800 -0.846410
F-G
1
2 1.603000 8.722955 但是显示输入书写错误，请老师帮忙指导一下
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.11.24 18:50:23
Q:
老师您好，关于激发态的优化有个问题想请教您一下，我对两个分子的单晶结构进行了单线态和三线态的优化，三线态优化显示正常结束，但是这两个晶体的单线态优化显示出现L502和L9999错误，[图片]关于L502错误，我采用增大nstates的方法试图来解决这一问题，L9999采用了SCF=vshift进行解决，但是计算结果还是存在错误，请问有没有其他的方式可以解决这一问题呢？非常感谢！我的输入文件如下所示：
A:
减小步长上限
502
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
9999
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.11.24 19:26:48
Q:
on the ground and excited electronic states of the complexes.45,46
“Double-ξ”-quality basis sets were employed for carbon, hydrogen,
nitrogen, fluorine, and phosphorus (6-31G**)
请问这里面的“Double-ξ”是指什么？
A:
看群共享里基组入门资料小合集
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2016.11.24 19:34:32
Q:
请问，计算激发态的电荷转移态，用tddft去优化，并且需要考虑长程矫正，所以选取了CAM-B3LYP,WB97XD,M062X,LC-的一些泛函，目前遇到的问题是：CAM-B3LYP能够给出很好的轨道跃迁，但是优化之后的能量反而比优化之前的能量高。wb97xd优化之后的能量降低，符合期待，但是激发态的轨道跃迁出现混合现象，比如第一激发态，同时有110->113,112->113成分。请问如何解决CAM-B3LYP泛函在优化能量上的bug？以及wb97xd 所造成的轨道跃迁混合现象问题？
A:
混合就混合，又不是不合理现象
优化后能量变高，具体原因得分析优化曲线。减小步长上限有降低这种问题的可能
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2016.11.24 19:35:54
Q:
sob老师，BSSE可以修正键长吗？
A:
不能
Q:
审稿人给大修，让我提高键长精度，建议用BSSE优化结构
A:
菜鸟审稿人
Q:
Geometry optimizations taking into account the basis set superposition error (BSSE) are required to reach such accuracy.
这句是他的原话
A:
完全在胡说八道
对于化学键，BSSE问题完全没有丝毫影响
对于优化弱相互作用结构，基组带弥散就已经足矣
Q:
我记得一直是能量校准
这就不好应付他了
不能驳他面子吧
A:
能啊，错的就要驳回
如果审稿人还找茬，给编辑写信说明其是谬论
不能让菜鸟把文章毁了
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2016.11.24 19:55:18
Q:
请教各位，我用g09 D01进行结构优化，方法是G4，走到其中某一步时，作业没死，但是log文件内容也没有增加，已经好几天没有变化了。log文件中，运行的任务是[图片]
log文件末尾是[图片]
A:
如果还在算着，继续等
G4是极为耗时的，用不动就用CBS-QB3
Q:
看看这怎么解决啊
用超算都算了有6天了，结构也不大
输出文件一直就在哪里不变了
超算服务人员说是内存不足
A:
你要是信超算的人就别来这里问
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2016.11.24 20:01:27
Q:
IOp(1/8=N) 设为多少好？
A:
5~10
Q:
老师，过度态优化到我这种程度，不等到它收敛，到最一个结构做过渡态，可不可以吗？
A:
如果你对精度要求不高，而且优化到最后观看轨迹时结构波动已经很小了，而且虚频也对，可以勉强这么认为
----------------------------------------------------
2016.11.24 20:16:56
Q:
sob 老师，我有两个计算问题想向您请教一下。我最近需要用到一个基组：LMP2/cc-pVTZ(-f)，可是 gaussian 里没有内置，我想问的是，第一：对于 cc-pVTZ(-f)，我能不能从 EMSL 网站找到 cc-pVTZ 的基组参数然后删除其中的 f-function-parameter 来实现 cc-pVTZ(-f)？第二，对 LMP2 在 gaussian 我怎么用 MP2 实现类似功能？或是关于这两个问题老师有没有一些建议，我也好有个方向知道该怎么做，谢谢老师
A:
1 可以
2 高斯不支持，molpro之类支持
Q:
好的。那老师， LMP2 与 MP2 计算结果的精度相差大吗？谢谢老师！
A:
对大体系LMP2速度比MP2快，精度相仿佛
不过我并不怎么推荐。大体系高精度单点用ORCA开RI做双杂化才是王道
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
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2016.11.24 20:28:04
Q:
还有就是，老师我吐槽下别的，算是吐槽吧，关于那个北京的培训，您发出来消息我就知道了，可是我在这边(美国)实在是没有办法参加啊，我想的是老师你们这有没有网络课堂培训这方面的？也让想我这种半路出家的长长见识
A:
没有
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2016.11.24 20:40:37
Q:
sob老师，我看了您的各种元素计算实例，在计算U原子时候，用了guess=alter，是因为高斯给出的f轨道原始初猜不对么？
那您是如何确定需要调整哪些原子轨道呢？
A:
原子实际基态组态都能查到，如果默认条件下收敛得到的组态不对就得自己调
Q:
但我要计算的是一个分子，老师说是电子占据不对，应该怎样判断怎么调整呢？sob老师有没有相关的博文介绍？
A:
guess=(save,only)，然后看fch文件里的初猜轨道，用alter或permute调节到合适
Q:
好的，那如何找出占据不合理的轨道呢？
[图片]
A:
先要了解基础知识：分子轨道不可约表示怎么通过直积得到电子态的不可约表示
然后，根据你导师说的怎么不合理，酌情调节，使得占据轨道里各种不可约表示的轨道数目和实际一致，从能能收敛到期望的电子态
----------------------------------------------------
2016.11.24 20:54:35
Q:
大家有没有碰到windows7 剪贴板失效的情况？
就是复制粘贴不能用了
A:
重启
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2016.11.24 21:14:07
Q:
请教一下，如何比较两种不同过渡金属对同一有机分子的催化活性呢
能垒？
A:
+1
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2016.11.24 21:36:07
Q:
[图片]
请教一下，SCF的收敛趋势，主要是看RMSDP呢？还是DE呢？
A:
同时看
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2016.11.24 22:17:44
Q:
请问，def2tzvp基组在G09D版本中是否有错？我记得gaussian有个版本中，其def2tzvp是错的
A:
没错
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2016.11.24 23:07:41
Q:
老师，对于Lu元素，采用MWB60是小核赝式还是大核赝式呢？
A:
大核
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2016.11.24 23:09:28
Q:
各位老师请问老师让用b3lyp-d泛函但是在高斯手册里并没有这一部分内容，高斯能算吗？关键字要怎么写？谢谢
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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2016.11.24 23:31:41
Q:
各位前辈好！能不能请教一个问题：最近看了一些分子中原子上的电荷的相关原理，里面有几个概念，脑子里很乱。自然轨道，自然原子轨道，离域分子轨道和定域分子轨道之间是什么关系？
A:
自然轨道：整个体系密度矩阵的本征矢
自然原子轨道：密度矩阵中的相应原子的块矩阵的本征矢，并且还需要做OWSO变换之类的，《原子电荷计算方法的对比》里面说了
正则分子轨道：一般说的分子轨道
离域分子轨道：没有这个概念。只能说正则分子轨道往往体现离域特征
定域分子轨道：对正则分子轨道进行酉变换使得轨道高度定域化（定域在<=3中心）的情况
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2016.11.25 00:08:03
Q:
老师您好请问我用packmol创建了一个非生物体系的初始结构我主要想去模拟退火过程我在预平衡的时候进行：1.能量最小化 2.NVT 3.NPT 4.最后模拟退火这样合理吗？使用的软件是gromacs
A:
合理。
没必要非得先经过NVT
Q:
1.能量最小化 4.NPT 3.最后模拟退火这样吗？
A:
1.能量最小化 3.NPT 3.最后模拟退火
1.能量最小化 2.NPT 3.最后模拟退火
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2016.11.25 00:14:42
Q:
[图片][图片]老师，Neetha Mohan and Cherumuttathu H. Suresh并没有标明他们对I等重原子用的是什么赝势方法啊？他是他们计算的卤键牵扯到I，怎么破？我用MP2/def2TZVP计算单点得到的波函数再使用他们提出的线性关系是不是能说的过去？@Sobereva
A:
问作者
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2016.11.25 00:20:54
Q:
老师，您好。我想详细了解一下用ms中的focite做动力学模拟时参数的意义，应该看一些什么样的书或文献呢？
A:
Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)
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2016.11.25 00:25:49
Q:
大家好，我想请教一下：
在进行TDDFT计算中，
#p opt TD=(nstates=6,root=1)
1、其中的nstates代表什么，应该怎样确定呢？
2、root代表什么，root=1是指优化第一激发态的构型，root=2呢？
3、最后计算结果给出的六个能级的能量有什么意义呢？
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.11.25 00:44:17
Q:
[图片]请教吗琳基质子化后应该是在O处还是在N处？
没说明白就是质子化的H应该是在O处还是在N处？
A:
算两个位置质子化能看谁大
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2016.11.25 01:23:09
Q:
请问有没有老师知道，服务器主频和核心数到底哪一个对电脑计算速度影响比较大
主频高不代表性能好哟
A:
没法这么说，太笼统
影响都很大
Q:
志强的cpu主频都差不多
A:
否，差多了。低的1.4都有，高的3.7都有
甚至还有3.9的
Q:
我就是个通俗的说法，一般在2.5左右嘛
不考虑超频的说
A:
3.0左右的也很常用
而且我说的是基频
Q:
请问sobereva 老师，一般性价比较高的频率大约是多少？我们实验室i73.4的明显比2点几的块很多，但频率太快，貌似价格也飞涨。
还有每个系列的V2，v3的性能差别和更高级的差别大吗？
A:
对于常用的E5双路v3来说，一般在2.4~2.6性价比不错。高频的很贵
v2、v3主要相差AVX2指令集，能否带来好处看程序是否做了相应的优化
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2016.11.25 01:34:36
Q:
[图片]
老师，我设置了高斯的环境变量，molclus也不能运行gauss，不知道咋回事，特来求助。
A:
路径不对
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2016.11.25 01:46:37
Q:
sob老师，情况是这样，我计算体系偏大，就够优化显示完成了，但是计算频率的时候磁盘空间不足，计算终止。不知道是否可以在优化好的基础上直接计算频率？结构该如何提取？
计算方法是dft/b3lyp-g(d)
A:
gview打开，保存成新输入文件
Q:
log文件吗？
A:
y
Q:
gv打开log 报错啊提示非正常结束
A:
无妨
Q:
直接打不开 unexpected EOF
A:
自行把最后的坐标提出来
Q:
我看了下最后的坐标和。gjf的坐标格式不一样呢
A:
自己改
Q:
用软件修改还是？
求教
请问老师是提取这部分坐标吗?
[图片]
还是往回看
A:
从末尾往前看，直到看到笛卡尔坐标的形式
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2016.11.25 02:01:16
Q:
老师，G09 A01版本是不是不能识别 EmpiricalDispersion=GD3关键词啊？老是报错
A:
仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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2016.11.25 02:09:30
Q:
老师打扰了我用multiwfn 做DOS图在显示dos图时，我关闭显示DOS图那个窗口立马闪退咋回事，我还想生成数据文件呢
A:
图上点击右键关闭
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2016.11.25 02:16:26
Q:
请问multiwfn里如何显示切面的ELF的cube文件？
A:
意义不明
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2016.11.25 02:48:11
Q:
老师，我使用molclus调用orca，不能并行，只能单核
A:
先确保能在命令行里直接并行运行ORCA
Q:
好的，老师，已经解决，被防火墙阻止了，需要先跑并行一次，才能使用molclus调用
老师，您好，orca里面设置多少内存合适？一共4核的单机。win 64系统
A:
看你物理内存啊
Q:
一共8GB的内存
[图片]
orca停止了，报错如下，请问是什么造成的？
A:
如果前头的信息找不到更多提示，输入文件也完全合理，最新版本也不行，8成是bug，把问题发ORCA论坛
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2016.11.25 03:04:28
Q:
sob老师讲义里说，dft计算只有调换不可约表示不同的轨道才有意义。那我分子若是c1对称性，轨道都是A,是不是怎么调换都没有意义？
[图片]
A:
是的。收敛之后都一样
Q:
我算锕系元素，上午问了一下清华大学李隽教授，他说我不收敛的原因是初猜电子占据不对。我c1对称性的分子，岂不是调整电子占据也没有意义？
A:
对于没对称性的体系，初猜好坏虽然一般不影响最终结果，但可能影响收敛难易。
Q:
我仔细阅读了sob老师的讲义，尤其是计算铁原子基态做的轨道交换例子，也仔细考虑了李隽教授的建议，但对于分子轨道对称性全是A的c1对称性，着实不知该如何调整。莫不只能粗鲁地采用maxcycle=500或qc？
A:
不用调整初猜
怎么解决在博文里和讲义里都说了
参加过培训还想着用maxcyc，唉
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