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标题: 蛋白质疏水口袋中的小分子在计算电荷过程中使用隐式水溶剂模型是否合理 [打印本页]

作者
Author: TretopL 时间: 2025-10-27 16:09
标题: 蛋白质疏水口袋中的小分子在计算电荷过程中使用隐式水溶剂模型是否合理
最近跑蛋白质MD比较多，经常有需要做疏水口袋中小分子RESP2(0.5)电荷的需求。注意到很多情况下，蛋白质口袋离蛋白质表面较远，晶体结构下，小分子与水溶剂基本没有接触。
由于溶剂模型对电荷计算影响很大，所以不禁考虑，在上述情况下，使用隐式(IEFPCM)水溶剂模型计算RESP2(0.5)中sol部分的电荷是否合理呢？是否有更好的方法呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-28 05:07
RESP2(0.5)不是用于这种目的的
Multiwfn照常算RESP电荷，结合介电常数=2或4（对应蛋白质口袋低介电常数环境）即可

作者
Author: TretopL 时间: 2025-10-28 11:05

sobereva 发表于 2025-10-28 05:07
RESP2(0.5)不是用于这种目的的
Multiwfn照常算RESP电荷，结合介电常数=2或4（对应蛋白质口袋低介电常数环 ...

理解了，谢谢sob老师

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