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标题: 求助：在Ubuntu中使用phonopy计算声子谱无法添加原子质量 [打印本页]

作者
Author: Wenlin 时间: 2025-10-27 16:40
标题: 求助：在Ubuntu中使用phonopy计算声子谱无法添加原子质量
本帖最后由 Wenlin 于 2025-10-28 08:09 编辑

各位老师，我想用 phonopy计算的体系的声子谱，现在用cp2k得到了优化后的结构，然后利用导出后的cif文件在Ubuntu中计算振动，但是就报错：
“atomic mass of "Am" is not implemented in phonopy\\
mass tag can be used to set atomic masses”

于是我尝试手动在inp文件中添加原子质量然后又报错：Parsing crystal structure file "POSCAR" as in VASP format failed.(Calculator option is needed for parsing different crystal structure format.)Switched on phonopy-yaml mode."phonopy_disp-yaml" or "phonopy yaml" could not be found.

后面我尝试在命令行添加原子质量phonopy -d --dim="2 2 2" -c POSCAR --mass="Am=243.0" --mass="C=12.01" --mass="H=1.008" --mass="N=14.01" --mass="O=16.00"，或者把等号改为引号也尝试了又报错：could not convert string to float ‘Am=243.0’

这个问题可以怎么解决呢？

作者
Author: 乐平 时间: 2025-10-28 10:10
本帖最后由乐平于 2025-10-28 10:15 编辑

看你的描述

然后利用导出后的cif文件

但是，你命令里写的是

phonopy -d --dim="2 2 2" -c POSCAR

复制代码

报错信息里也说了，

Parsing crystal structure file "POSCAR" as in VASP format failed

明显是文件格式不对，跟你加不加质量没关系……

另外，报错信息里也写了

"Am" is not implemented in phonopy

Am 这个元素没有在 phonopy 里应用实现，当然会报错。

作者
Author: Wenlin 时间: 2025-10-28 15:46

乐平发表于 2025-10-28 10:10
看你的描述
但是，你命令里写的是

你好，我是把导出后的cif文件转成了POSCAR然后计算的出现了首次报错Am没有在应用实现，所以我才手动添加了原子质量，这就出现了后面格式报错的问题

作者
Author: 乐平 时间: 2025-10-28 15:55

Wenlin 发表于 2025-10-28 15:46
你好，我是把导出后的cif文件转成了POSCAR然后计算的出现了首次报错Am没有在应用实现，所以我才手动添 ...

你仔细看我前面的帖子，最后说了 Am 元素不在 phonopy 里。phonopy 没法处理 Am

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