计算化学公社

标题: 药物载体在溶剂中计算 [打印本页]

作者
Author: wweng 时间: 2017-4-21 21:15
标题: 药物载体在溶剂中计算
老师您好，最近用氨基酸搭建了八聚体和十聚体笼状结构，再在其中放入药物分子，体系为C、H、O、N、F原子，原子数共200个左右。在Gaussian默认条件下进行了优化、频率分析、相互作用能计算等一系列分析。现在一位审稿人给的意见，让在溶剂中进行计算，再与真空条件下进行对比。
想请问老师，对于这样的体系，该怎样在溶剂中进行一系列计算？请老师给点指导意见，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-22 08:01
看具体想比较什么
通常就用 scrf=solvent=溶剂名来通过隐式溶剂模型表现，基本常识见
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

作者
Author: wweng 时间: 2017-4-22 09:52

sobereva 发表于 2017-4-22 08:01
看具体想比较什么
通常就用 scrf=solvent=溶剂名来通过隐式溶剂模型表现，基本常识见
谈谈隐式溶剂模型 ...

谢谢sob老师，气相中主要做了构型优化、相互作用能计算和图形化药物与笼之间形成的相互作用力。
我也不太清楚具体可以比较哪几点？还请老师给点指导意见。另外，
1.对于这样的中性分子，是否可以不用在溶剂环境下再进行构型优化（体系有点多，全优化很费时间），直接计算单点能和相互作用能？
2.若要优化，要和气象中的优化级别保持一致吗？ opt= m062x/6-31g(d,p) scrf=(SMD,solvent=water) 这样的关键词是否可以？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-22 12:45
如果就要考察浸在溶剂中的情况，就加上scrf重算那些就完了
1 可以不重新优化
2 没特殊必要不要换级别。可

作者
Author: wweng 时间: 2017-4-22 12:52

sobereva 发表于 2017-4-22 12:45
如果就要考察浸在溶剂中的情况，就加上scrf重算那些就完了
1 可以不重新优化
2 没特殊必要不要换级别。可

谢谢sob老师，那在溶剂中算相互作用能，看您以前回答的一个问题说“液相条件下不能直接用BSSE校正”，我的关键词为 p m062x/6-31+g(d,p) counterpoise =2 scrf=(solvent=water) ，不可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-22 12:54

wweng 发表于 2017-4-22 12:52
谢谢sob老师，那在溶剂中算相互作用能，看您以前回答的一个问题说“液相条件下不能直接用BSSE校正”， ...

不可以。
应当在气相下做counterpoise，把BSSE校正能加到溶液下算的相互作用能上

作者
Author: wweng 时间: 2017-4-22 13:36

sobereva 发表于 2017-4-22 12:54
不可以。
应当在气相下做counterpoise，把BSSE校正能加到溶液下算的相互作用能上

老师，在溶液下算两者间相互作用能该用什么关键词合适呢？

在气相下做counterpoise，是在液相优化的结构上，直接#p m062x/6-31+g(d,p) counterpoise =2 得到BSSE校正能吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-22 16:18

wweng 发表于 2017-4-22 13:36
老师，在溶液下算两者间相互作用能该用什么关键词合适呢？

在气相下做counterpoise，是在液相优化的结 ...

复合物能量减单体能量

是

作者
Author: wweng 时间: 2017-4-22 17:41

sobereva 发表于 2017-4-22 16:18
复合物能量减单体能量

是

好的，非常感谢sob老师的耐心回答。

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