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标题: Parrinello-Rahman热浴随模拟时间增加，体系波动增加 [打印本页]

作者
Author: 施潇虎 时间: 2025-10-29 10:28
标题: Parrinello-Rahman热浴随模拟时间增加，体系波动增加
大家好，我在模拟聚合物在水中的运动，在充分预平衡后，使用Parrinello-Rahman热浴进行数据收集，但是发现这个过程温度的变化越来越剧烈，最后趋于稳定。我第一次使用GROMACS，这个现象正常吗

输入参数文件：
title                   = run_npt
define                = -DPOSRES_mxene  ;约束mxene
integrator             = md
dt                      = 0.001 ; 时间步长(单位为ps, 我们使用了2 fs). 只用于动力学积分器(如md), 能量最小化时不需要
nsteps                = 5000000 ; 模拟步数(总模拟时间为nsteps*dt)
constraints             = h-bonds ;约束氢键
constraint_algorithm    = lincs
lincs_iter             = 1
lincs_order             = 4
periodic-molecules = yes       ;用于周期性边界材料

; 输出控制参数
nstxout                = 10000 ; 输出模拟坐标的频率(nstxout=500且dt=0.002, 所以每1 ps输出一次)
nstvout                = 10000 ; 速度保存频率
nstenergy             = 10000 ; 能量保存频率
nstlog                = 10000 ; log文件输出频率

; 近邻列表参数
nstlist                = 20 ;每 20 步更新邻居列表
pbc                   = xyz ;周期边界条件 xyz 全开

; 静电和VDW参数
coulombtype             = PME  ; 长程静电相互作用的计算方法
cutoff-scheme          = Verlet ;使用 Verlet scheme,更适合 PME 模拟
pme_order             = 4 ; 三次插值
fourierspacing          = 0.12 ; FFT间隔
rcoulomb                = 1.4  ; 计算静电作用的截断值(单位nm)
vdw-type                = Cut-off
rvdw                   = 1.4
DispCorr                = EnerPres ; 校正VDW截断

; 温度耦合部分非常重要, 必须正确填写.
tcoupl                = v-rescale    ; Velocity-rescale 温控器，带随机扰动，保持 Canonical NVT
tc-grps                = mxene no_mxene       ;全系统耦合
tau_t                   = 0.2 0.2          ; 温度耦合的时间常数(单位ps). 必须每个tc_grps指定一个, 且顺序对应
ref_t                   = 300 300    ; 代表耦合的参考温度(即动力学模拟的温度, 单位K). 每个tc_grp对应一个ref_t
nsttcouple             = 10       ; 每 5 步更新一次温控器

; 压力耦合
pcoupl                =  Parrinello-Rahman ; NPT中压力耦合Parrinello-Rahman,C-rescale(产生相，系综严格)Berendsen(平衡相，不会有震荡),NVT设置为no
pcoupltype             =  semiisotropic
tau_p                =  20.000000 ;压力耦合的时间常
ref_p                =  1.0 1.0
compressibility       =  4.5e-5 4.5e-5 ;系统压缩率
nstpcouple             =  50          ;更新压力耦合
refcoord_scaling       =  com    ;压力耦合时参考坐标缩放按质心

; 初始速度选项
gen_vel                = no ; 使用NVT模拟保留的速度,不生成新速度
continuation          = yes    ; Restarting after NVT

; 退火
;annealing             =  periodic periodic;周期性退火
;annealing-npoints    =  6 6       ;时间点数量
;annealing-time       =  0 15000  30000  230000  245000  250000  0 15000  30000  230000  245000  250000 ;每个时间点对应的步数
;annealing-temp       =  300  325 350 350    320 300    300  320 350 350    320    300 ;对应时间点温度(K)，升温 → 保温 → 降温 → 回到初始温度

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-29 13:46
现在用v-rescale就好。

作者
Author: jackshoulder 时间: 2025-10-29 14:28

student0618 发表于 2025-10-29 13:46
现在用v-rescale就好。

应该是C-rescale，2021较新的方法，gromacs直接支持的

作者
Author: 施潇虎 时间: 2025-10-29 14:41

jackshoulder 发表于 2025-10-29 14:28
应该是C-rescale，2021较新的方法，gromacs直接支持的

好的，谢谢

作者
Author: 施潇虎 时间: 2025-10-29 14:41

student0618 发表于 2025-10-29 13:46
现在用v-rescale就好。

谢谢

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