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标题: 文献方法的疑问（共晶能量计算） [打印本页]

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Author: mars936 时间: 2017-4-22 14:49
标题: 文献方法的疑问（共晶能量计算）
各位老师好，在学习文献Chem. Sci. , 2011, 2, 883–890中，对于没有单晶数据的共晶（就是目前还未长出单晶）的能量是怎么算的，请老师帮忙解答，谢谢！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-4-22 15:28
摘要里即写的很清楚，无非是设计某种很容易得到的（一般效果不怎么好的）描述符，把它的值和某实验值用简单拟合的方式联系起来

Calculated gas phase molecular electrostatic potential surfaces have been used to identify sets of H-bond donor and H-bond acceptor sites that describe the possible intermolecular interaction sites on the surface of a molecule. The calculated H-bond parameters, αi and βj, were used to estimate interaction site pairing energies in the solid form of the compound through a hierarchical mapping of complementary donor and acceptor sites: the interaction energy for each contact is simply given by the product −αiβj. The approach assumes that all of the interactions that can be made in the solid are made and that the details of three-dimensional structure and crystal packing are of secondary importance.

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作者
Author: mars936 时间: 2017-4-22 20:47

liyuanhe211 发表于 2017-4-22 15:28
摘要里即写的很清楚，无非是设计某种很容易得到的（一般效果不怎么好的）描述符，把它的值和某实验值用简单 ...

假如出物质A和纯物质B，形成共晶AB，纯物质A和B的能量按照公式，可以在Gaussian中直接计算获得，那共晶AB如何计算，是在gaussian中将A和B放在一起去计算吗？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-4-22 21:12

mars936 发表于 2017-4-22 20:47
假如出物质A和纯物质B，形成共晶AB，纯物质A和B的能量按照公式，可以在Gaussian中直接计算获得，那共晶AB ...

显然不能用高斯直接计算共晶体，文中也不是这么计算的。

作者
Author: mars936 时间: 2017-4-22 22:37

liyuanhe211 发表于 2017-4-22 21:12
显然不能用高斯直接计算共晶体，文中也不是这么计算的。

文献方法是共晶的预测方法，如果不能在无单晶的情况下计算共晶的能量，这个方法就不能预测共晶了，方法的意义就不存在了

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-23 00:19
用Multiwfn计算出单体分子表面静电最大、最小点数值，由此得到alpha、beta，再代入相互作用能估算公式并预测结合能力即可。操作看
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
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作者
Author: wei 时间: 2017-4-23 08:21
Sob正解。
这一方法预测比较大的问题是1)分子只考虑最低能量构象，但形成共晶很可能不是最低构象 2）只是dimer的结果，只能适用于API和CCF1:1的情况 3）无法考虑周期性。根据我的经验，这一方法做做事后诸葛亮的分析还是挺好；但想预测，还是用专门的晶体结构预测软件 USPEX、calypso、polymorph之类吧。

作者
Author: mars936 时间: 2017-4-23 10:04
sob老师解析豁然开朗，纠结好久了，谢谢！
也谢谢wei和liyuanhe211二位老师的帮助！

作者
Author: mars936 时间: 2017-5-3 22:09

sobereva 发表于 2017-4-23 00:19
用Multiwfn计算出单体分子表面静电最大、最小点数值，由此得到alpha、beta，再代入相互作用能估算公式并预 ...

sober老师，我按公式计算，ΔE为什么是正直，例如纯A有ai=2，bi=4；纯B有ai=3，bi=5，按公式EAA=-2*2*4=-16；EBB=-2*3*5=-30；EAB=-2*5-3*4=-22，EAB=-22-(-16/2)-(-30/2)=1

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2019-10-8 09:22
本帖最后由 alonewolfyang 于 2019-10-8 09:33 编辑

sobereva 发表于 2017-4-23 00:19
用Multiwfn计算出单体分子表面静电最大、最小点数值，由此得到alpha、beta，再代入相互作用能估算公式并预 ...

老师，如果已经根据Multiwfn预测后两种分子可以形成共晶，那么共晶结构怎么优化？用MS里面的polymorph可否？

作者
Author: wei 时间: 2019-10-8 22:07
不要说共晶，就是柔性稍大的分子想预测其晶体结构都很困难，而且，即使预测出来，也得有相应的实验作为验证。所以我只能说，这是个大坑，别跳。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-9 08:46

alonewolfyang 发表于 2019-10-8 09:22
老师，如果已经根据Multiwfn预测后两种分子可以形成共晶，那么共晶结构怎么优化？用MS里面的polymorph可 ...

原理上通过分子动力学模拟可以实现，你可以搜搜相关文章，但这不是绝不是件容易事

作者
Author: wei 时间: 2019-10-9 16:55
分子动力学模拟有点类似于穷举法了。这儿一般都是用人工智能来优选结构的，如果是基于力场来做，力场还得仔细调优

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2019-10-12 21:35

sobereva 发表于 2019-10-9 08:46
原理上通过分子动力学模拟可以实现，你可以搜搜相关文章，但这不是绝不是件容易事

谢谢老师，我搜一下相关的文献

作者
Author: TANGYIHAN 时间: 2021-2-8 21:40

mars936 发表于 2017-5-3 22:09
sober老师，我按公式计算，ΔE为什么是正直，例如纯A有ai=2，bi=4；纯B有ai=3，bi=5，按公式EAA=-2*2*4=- ...

请问您后来这个问题是怎么解决的？

作者
Author: Ryani 时间: 2025-7-27 22:15

alonewolfyang 发表于 2019-10-8 09:22
老师，如果已经根据Multiwfn预测后两种分子可以形成共晶，那么共晶结构怎么优化？用MS里面的polymorph可 ...

请问有解决方法了吗？

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