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标题: 求助蛋白核酸配体体系建模加完水以后出现了问题 [打印本页]

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Author: 木月十七岁 时间: 2025-10-29 15:07
标题: 求助蛋白核酸配体体系建模加完水以后出现了问题
本帖最后由木月十七岁于 2025-10-29 16:00 编辑

各位老师好，我在进行蛋白-DNA-配体体系gromacs分子动力学模拟时，参考蛋白配体的建模，将蛋白和DNA使用gmx建模，力场和水分别为charmm36和tip3p，配体单独使用sobtop建模，使用gaff力场。第一步命令为gmx pdb2gmx -f input.pdb -o output .gro -p topol.top -ter ，其中蛋白两端分别为NH3+和COO-，核酸两端分别为5PHO和3TER，这一步成功输出。然后我就合并蛋白核酸和配体的gro文件还有在配体的itp文件加一些指令（参考教程中的蛋白配体动力学）。体系加完水以后，使用gmx grompp命令时出现下面这个错误，这是为什么会出现这个问题呀。

作者
Author: 木月十七岁 时间: 2025-10-29 15:26
补充：刚刚我进行了不含有配体的模拟，只有蛋白和核酸体系，在进行到这一步时，仍然有问题。

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-29 15:50
CHARMM力场和GAFF不兼容，不能混用。

用 GAFF/GAFF2小分子就配合AmberFF14SB或FF19SB蛋白、Amber系列的DNA力场例如OL21 (http://bbs.keinsci.com/thread-54094-1-1.html)/(http://bbs.keinsci.com/thread-53565-1-1.html)。

用CHARMM36或CHARMM36m蛋白/核酸就配合CGenFF小分子。

作者
Author: 木月十七岁 时间: 2025-10-29 15:52

student0618 发表于 2025-10-29 15:50
CHARMM力场和GAFF不兼容，不能混用。

用 GAFF/GAFF2小分子就配合AmberFF14SB或FF19SB蛋白、Amber系列的D ...

您好您好，我刚才进行了单独的蛋白核酸体系的模拟，没有配体的，只用了charmm36力场，还是报上面的错误

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-29 15:56

木月十七岁发表于 2025-10-29 15:52
您好您好，我刚才进行了单独的蛋白核酸体系的模拟，没有配体的，只用了charmm36力场，还是报上面的错误

没提供拓朴无法判断，只能猜测混合了include不同的力场。

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Author: 木月十七岁 时间: 2025-10-29 16:00

student0618 发表于 2025-10-29 15:56
没提供拓朴无法判断，只能猜测混合了include不同的力场。

您好，已更新动力学模拟文件

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Author: student0618 时间: 2025-10-29 18:41
我用 charmm36-jul2022.ff 测试了你的文件，使用的命令和一楼图中所示相同，没有遇到问题。
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

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Author: 木月十七岁 时间: 2025-10-29 20:17

student0618 发表于 2025-10-29 18:41
我用 charmm36-jul2022.ff 测试了你的文件，使用的命令和一楼图中所示相同，没有遇到问题。

老师你好，你觉得会不会是gmx版本的问题

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Author: 木月十七岁 时间: 2025-10-29 20:18

木月十七岁发表于 2025-10-29 20:17
老师你好，你觉得会不会是gmx版本的问题

我的是2024.6

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Author: sobereva 时间: 2025-10-30 09:03

木月十七岁发表于 2025-10-29 15:26
补充：刚刚我进行了不含有配体的模拟，只有蛋白和核酸体系，在进行到这一步时，仍然有问题。

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

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Author: 木月十七岁 时间: 2025-10-30 13:19

sobereva 发表于 2025-10-30 09:03
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎， ...

好的老师我记住了

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Author: student0618 时间: 2025-10-31 20:42

木月十七岁发表于 2025-10-29 20:17
老师你好，你觉得会不会是gmx版本的问题

我不知道你用的charmm36.ff是哪个，先试试换最新的力场包(我测试用的charmm36-jul2022.ff 可以在 https://mackerell.umaryland.edu/ ... mm36-jul2022.ff.tgz 下载)

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