计算化学公社

标题: 关于分子动力学模拟的随机热运动问题 [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-10-29 15:33
标题: 关于分子动力学模拟的随机热运动问题
想请教各位老师，在分子动力学模拟中，由于系统中原子存在随机热运动，多次重复模拟结果可能表现出较大的差异，这种差异是否意味着模拟结果不可信？

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-29 15:40
本帖最后由 student0618 于 2025-10-29 16:33 编辑

参考以下帖文/博文的讨论：

数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

简单谈谈GROMACS模拟重复性的问题
http://bbs.keinsci.com/thread-30143-1-1.html

作者
Author: fhh2626 时间: 2025-10-29 16:07
了解一下平衡模拟和非平衡模拟的概念

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-10-29 16:10

student0618 发表于 2025-10-29 15:40
参考已下帖文/博文的讨论：

数值误差对计算化学结果重现性的影响

好的谢谢老师

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-10-29 16:10

fhh2626 发表于 2025-10-29 16:07
了解一下平衡模拟和非平衡模拟的概念

好嘞，谢谢老师

作者
Author: yuzc 时间: 2025-11-7 09:55
平衡态保辛算法保证了演化时相空间度规不变，再加上一条ergodicity，最终就没问题了，肯定会对着某个守恒量采样完全。
至于布朗动力学这类的GLE型的运动方程，非哈密顿动力学，不保辛结构，但是对应一个你感兴趣的目标分布，如果这个分布为正则系综则仍然能让你达到准确的热力学量采样。------此时动力学量可能会出问题。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)