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标题: 求助双分子反应A+B->C的反应Gaussian BOMD的设置,速度或者能量设置问题 [打印本页]

作者
Author: wuping8229 时间: 2025-10-29 16:26
标题: 求助双分子反应A+B->C的反应Gaussian BOMD的设置,速度或者能量设置问题
本帖最后由 wuping8229 于 2025-10-29 16:26 编辑

请教各位老法师，想用Gaussian16 BOMD跑两种类型的双分子反应轨线，看看不同温度下的产物分布。两个反应的第1个过渡态ts1应该都是决速步骤过渡态，碰到的问题，反应1从ts1和乙烯一块跑的话，跑了将近1000次，只有1次跑到最终产物，其它都跑到反应物去了。这种如果设置不同温度的话，环丙烷和乙烯是乱跑的，大部分跑不到最终产物。如果设置环丙烷和乙烯相对运动的话，那么怎么体现不同温度下的反应呢，让乙烯相对环丙烷用不同速度去对撞?还有问题，就是速度设置是一个个试出来的吗，遵循什么规则呢？如果设置微正则采样或者热采样，指定总能量(微正则)或者过渡态矢量上的能量(热采样)要遵循什么原则呢？
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-30 08:59
两种做法
1 做包含大量反应物分子的盒子在特定温度下的模拟
2 只模拟一对分子的碰撞，但是根据Maxwell关系（描述运动速度对温度的依赖性）对不同相对碰撞速度进行模拟（同时考虑各种碰撞角度），把各自结果与概率相乘。往往要跑几万条轨迹来采样

作者
Author: wuping8229 时间: 2025-10-30 15:12
本帖最后由 wuping8229 于 2025-10-30 15:22 编辑

sobereva 发表于 2025-10-30 08:59
两种做法
1 做包含大量反应物分子的盒子在特定温度下的模拟
2 只模拟一对分子的碰撞，但是根据Maxwell关 ...

谢谢社长，看来非常棘手。第1种做法大量反应物分子数量大概是什么量级的？第2种社长有没有相关的文献(非常不好意思)，或者给我关键字也行。因为开始往这方面解决问题，物化，统计热力学全还给老师了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-31 05:58

wuping8229 发表于 2025-10-30 15:12
谢谢社长，看来非常棘手。第1种做法大量反应物分子数量大概是什么量级的？第2种社长有没有相关的文献(非 ...

1 怎么也得好几十个分子
2 Phys. Chem. Chem. Phys., 11, 4722 (2009)
你的这个问题，按照过渡态理论计算出不同反应的k(T)，从而判断温度怎么影响产物分布，是更可行且普遍使用的做法

作者
Author: wuping8229 时间: 2025-10-31 08:50

sobereva 发表于 2025-10-31 05:58
1 怎么也得好几十个分子
2 Phys. Chem. Chem. Phys., 11, 4722 (2009)
你的这个问题，按照过渡态理论计 ...

好的，非常感谢社长！！！

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