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标题: 组内决定购买高性能计算机，主要用Gromacs（偶尔用量化）和分子对接，R语言，请教 [打印本页]

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Author: AxiEJohn 时间: 2025-10-31 16:16
标题: 组内决定购买高性能计算机，主要用Gromacs（偶尔用量化）和分子对接，R语言，请教
本帖最后由 AxiEJohn 于 2025-10-31 16:18 编辑

如题，组内决定购买高性能计算机，主要用Gromacs（偶尔用量化）和分子对接，R语言，向各位老师请教如下配置单是否可行？
配置模版来源社长的极高性能分子动力学服务器推荐配置,加上本人的随意发挥

在计算机配置方面纯业余，还请各位老师指点一二。
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

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Author: tonganlhy 时间: 2025-10-31 17:11
本帖最后由 tonganlhy 于 2025-10-31 17:12 编辑

主板用不着那么好的，找个三大家的850就可以了。微星最好，以后可以四条内存。比如9950x3d+微星b850mortar wifi或者power，立省4000
除非你以后要上双显卡，那么可以X670E或者X870E暗黑，找有两条pcie5.0*16插槽的（双显卡均只能跑在pcie5.0*8）
固态建议先买个1t顶着，以后再加。
显卡可以5090D v2，影响不是很大，立省3000

作者
Author: AxiEJohn 时间: 2025-10-31 17:56

tonganlhy 发表于 2025-10-31 17:11
主板用不着那么好的，找个三大家的850就可以了。微星最好，以后可以四条内存。比如9950x3d+微星b850mortar ...

好的，谢谢您，我跟着优化一下，这样能便宜不少

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Author: Voidmio 时间: 2025-11-3 19:54
玛雅，现在这内存价格

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Author: AxiEJohn 时间: 2025-11-3 21:56

Voidmio 发表于 2025-11-3 19:54
玛雅，现在这内存价格

是啊，今个都3000了，忒贵。我看社长今年8月给出配置的“内存：2*金士顿FURY 32GB DDR5-5600 2*680”，才2*680

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Author: Stardust0831 时间: 2025-11-3 22:20
5090D性价比比较糟糕了，买RTX的目的就是获得高性价比的支持CUDA13的GPU，非要RTX的话可以3080魔改20GB。最近买显卡的话V100很推荐，@Entropy.S.I 设计的千显卡集群就有一个9950X3D+四张V100的节点配置，这个千卡集群可以申请免费试用，我当时上去测了下跑gaussian和Gromacs都挺给力的。

最好找个地方测一下自己的算力需求究竟多高，如果发现日常显卡使用率不足30%的话没必要直接买硬件，可以等等最近贵的离谱的内存降价or换更低的配置。

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Author: AxiEJohn 时间: 2025-11-4 13:14

Stardust0831 发表于 2025-11-3 22:20
5090D性价比比较糟糕了，买RTX的目的就是获得高性价比的支持CUDA13的GPU，非要RTX的话可以3080魔改20GB。最 ...

谢谢您，提供了一个好思路，有空我看看“最新的CPU和软件栈搭配廉价而高效的旧时代GPU和高速网络”和直接用5090差别有多大。

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Author: lmch 时间: 2025-11-4 13:59

Stardust0831 发表于 2025-11-3 22:20
5090D性价比比较糟糕了，买RTX的目的就是获得高性价比的支持CUDA13的GPU，非要RTX的话可以3080魔改20GB。最 ...

5090D相比5090性价比怎么就糟糕了？gmx计算速度的核心FP32算力又没砍，他这又不是做AI。现在v2 国内也就1w6。

作者
Author: lmch 时间: 2025-11-4 14:07
cpu 不用x3d ，显卡去淘宝，主板减配至华硕TUF/微信迫击炮一级足矣，固态从PCI4.0随便找个中端就够，固态内存最近金子价，实在无力吐槽。

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-11-4 20:24

lmch 发表于 2025-11-4 13:59
5090D相比5090性价比怎么就糟糕了？gmx计算速度的核心FP32算力又没砍，他这又不是做AI。现在v2 国内也就1 ...

我的表述里并没有说“5090D相比5090”，而是我的群友ア熵增焓减ウ的一些测试数据表明，“新的RTX卡用于科学计算的性价比都不高”。

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Author: AxiEJohn 时间: 2025-11-28 21:09
(, 下载次数 Times of downloads: 1) 多少？4589！？

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Author: tonganlhy 时间: 2025-11-30 18:07

AxiEJohn 发表于 2025-11-28 21:09
多少？4589！？

Kingston这种溢价很多的，国产的金白达和阿斯嘉特其实就够用了

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Author: AxiEJohn 时间: 2025-11-30 19:38

tonganlhy 发表于 2025-11-30 18:07
Kingston这种溢价很多的，国产的金白达和阿斯嘉特其实就够用了

好的，谢谢您，硬件购买方面笔者不太了解。这涨价实在夸张。

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Author: fwz3888 时间: 2025-12-3 16:01

tonganlhy 发表于 2025-10-31 17:11
主板用不着那么好的，找个三大家的850就可以了。微星最好，以后可以四条内存。比如9950x3d+微星b850mortar ...

请教一下，微星主板对四条内存有什么独特的优化吗？

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-12-4 09:14

fwz3888 发表于 2025-12-3 16:01
请教一下，微星主板对四条内存有什么独特的优化吗？

对，微星主板有优化，上四条内存可以跑在比较高的频率，其它主板一般都要降频很多

作者
Author: fwz3888 时间: 2025-12-4 10:43

tonganlhy 发表于 2025-12-4 09:14
对，微星主板有优化，上四条内存可以跑在比较高的频率，其它主板一般都要降频很多

原来如此，感谢答疑

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