计算化学公社

标题: 求助:x2top生成54a7力场的top文件失效 [打印本页]

作者
Author:
Yiliuvito    时间: 2025-10-31 19:25
标题: 求助:x2top生成54a7力场的top文件失效
各位老师同学好。我现在使用gromacs 2024.6对夹在石墨烯中的狭缝水进行模拟计算,现在使用VMD已经建立好周期性10*10的石墨烯板,基本思路同社长的培训班章节:“纳米水滴在石墨烯板的扩散”一致,想先构建周期石墨烯的itp再把水合并进去。但是在使用命令 gmx x2top -f .gro -o .top -ff select -name ~~这一步出现问题,提示为Fatal error: No or incorrect atomname2type.n2t found (looking for gromos54a7.ff) 请问老师是哪里出现问题呢?随问题附上自己在别的top中修改的呢n2t文件,谢谢!
作者
Author:
sobereva    时间: 2025-11-1 05:39
8成是这个文件没放对地方,导致x2top找不到
另外更推荐sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生拓扑文件,比x2top强大灵活得多




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