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标题: 能量最小化后，VMD里显示分子键断裂，请问是什么情况？ [打印本页]

作者
Author: ddkkxx 时间: 2025-10-31 20:56
标题: 能量最小化后，VMD里显示分子键断裂，请问是什么情况？
; Energy minimization with conjugate gradient method
integrator       = cg          ; 使用共轭梯度法
emtol             = 100       ; 收敛阈值 Fmax < 100
emstep          = 0.001       ; 更小步长以提高精度
nsteps          = 50000       ; 增加步数确保充分收敛

; Output control
nstxout          = 0
nstvout          = 0
nstfout          = 0
nstlog          = 500

; Neighbor searching and cutoffs
cutoff-scheme    = Verlet
coulombtype       = PME
rcoulomb          = 1.2
vdwtype          = Cut-off
rvdw             = 1.2
DispCorr          = EnerPres

; Periodic boundary conditions
pbc             = xyz
periodic-molecules = yes

; Constraints
constraints          = none

能量最小化后，VMD里显示分子键断裂，请问大佬们是什么情况呢，是VMD显示问题吗，运行过程中没有报错过

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-31 21:17
周期性边界先处理好。

作者
Author: ddkkxx 时间: 2025-10-31 21:43

student0618 发表于 2025-10-31 21:17
周期性边界先处理好。

请问我该如何处理呢

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-31 21:48
本帖最后由 student0618 于 2025-10-31 21:50 编辑

gmx trjconv -pbc mol
能解决的话这只影响显示。如果拓朴没问题的话，对模拟没影响。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-1 05:40
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “能量最小化问题” 改了，以后务必注意！

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