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标题: 金属多肽结合的mmpbsa计算，模拟过程中总会遇到索引不在范围内的提示 [打印本页]

作者
Author: liuyun001 时间: 2025-10-31 21:00
标题: 金属多肽结合的mmpbsa计算，模拟过程中总会遇到索引不在范围内的提示
各位老师好，我目前正在计算多肽和金属的结合能gmx-mmpbsa，总共时间是100ns，我取80ns-100ns做采样分析，模拟过程中总会遇到索引不在范围内的提示，我看了很多资料，但还是有点不解，不知道该怎么正确建立索引。如下图1我的原始输入文件，topol文件，多肽是1-212个原子，但残基是从0-15；金属是213,但我这样设置索引就不对，求老师指教。

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-31 21:22
资讯不足，用的是哪个gmx mmpbsa? 有几个第三方版本的。

如果可以，提供输入文件及index才能更易排查。 (如须保密加权限或者贴图码掉部分内容)

作者
Author: liuyun001 时间: 2025-11-8 10:37
老师，您好，上次您说完之后我又看了一下topol文件，发现是我参数设置错了，重新设置之后，用mmpbsa.py v.16.0计算结合能，熵值和残基能量分解。在熵值计算中我首先使用准谐波近似法处理，我的复合物原子只有213个，每次运行都会提醒我原子数太少，所以我用相互作用熵进行计算，但是这个结果和我ITC的结果有些出入，ITC测出来的ds>dh，但我的计算结果刚好相反，想问一下有办法解决这个问题吗？附近中是我的mmpbsa文件。

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