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标题: 关于氢键分析的疑问，统计氢键的时候老是显示无供体而报错 [打印本页]

作者
Author: Lisy 时间: 2025-11-1 17:28
标题: 关于氢键分析的疑问，统计氢键的时候老是显示无供体而报错
我用gromacs想统计小分子BBH之间的氢键，这个小分子的结构在附件中，明明这个小分子含有N，H，O元素，为什么统计氢键的时候老是显示无供体而报错呢？

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-11-3 22:42
gromacs是根据原子类型判断供体受体的，如果你是自己构建的拓扑文件，原子类型不在gromacs认识的供体受体列表就会认不出来

作者
Author: Lisy 时间: 2025-11-5 18:28

KazusaT 发表于 2025-11-3 22:42
gromacs是根据原子类型判断供体受体的，如果你是自己构建的拓扑文件，原子类型不在gromacs认识的供体受体列 ...

您好，我上传了这个小分子的拓扑文件，您能帮我看看里面的氧是不是gromacs无法识别？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-9 02:40
你这个体系没有O-H、N-H，自然被判断为没有donor。至于C-H是极弱的donor，gmx hbond默认不视为donor

作者
Author: Lisy 时间: 2025-11-10 12:16

sobereva 发表于 2025-11-9 02:40
你这个体系没有O-H、N-H，自然被判断为没有donor。至于C-H是极弱的donor，gmx hbond默认不视为donor

谢谢卢老师，那请问这样的体系是不是就没办法用gromacs统计氢键了？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-11 00:19

Lisy 发表于 2025-11-10 12:16
谢谢卢老师，那请问这样的体系是不是就没办法用gromacs统计氢键了？

你这个体系本来就没值得一提的氢键

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