计算化学公社

标题: 求助Molclus调用ORCA失败 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 2025-11-5 10:35
标题: 求助Molclus调用ORCA失败
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=84268
(出处: 计算化学公社)
我在用Molclus调用Gaussian和ORCA得到高精度自由能这一步过程中，之前用96核运行ORCA会出错，现在改用48核仍然是这个错误，请问该如何解决呢?

作者
Author: dzdhp 时间: 2025-11-5 11:27
报错信息太少，看起来像是mpi没装，参考这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-52046-1-1.html。
另外，你这个原子量有点大，还加了溶剂模型，计算级别也不低，给7000的内存可能有亿点点少

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-11-5 12:01
建议用orca运行简单的test.inp测试一下，看看报错信息输出的是什么，如果是调用mpi的时候出了问题，你输入mpirun --version检查一下Openmpi有没有安装好。如果能正常输出openmpi的版本，你再输入which mpirun看看运行的是不是openmpi。
我之前调用ORCA并行失败是因为服务器中默认调用的是Intel MPI

作者
Author: 王涛 时间: 2025-11-5 21:34

dzdhp 发表于 2025-11-5 11:27
报错信息太少，看起来像是mpi没装，参考这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-52046-1-1.html。
另外， ...

你好，那设置多少比较合适呢？我对这个不是很清楚

作者
Author: 王涛 时间: 2025-11-5 21:41

Eianghuan 发表于 2025-11-5 12:01
建议用orca运行简单的test.inp测试一下，看看报错信息输出的是什么，如果是调用mpi的时候出了问题，你输入m ...

你好，我在make all install这一步最后面输出了这一些错误，请问如何解决

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-11-5 22:32

王涛发表于 2025-11-5 21:41
你好，我在make all install这一步最后面输出了这一些错误，请问如何解决

你好，图片上传是不是有误，我看不到图片？

作者
Author: 王涛 时间: 2025-11-6 09:23

Eianghuan 发表于 2025-11-5 22:32
你好，图片上传是不是有误，我看不到图片？

(, 下载次数 Times of downloads: 0) 不好意思，我不知道得用这个高级模式上传

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-11-7 00:01

王涛发表于 2025-11-6 09:23
不好意思，我不知道得用这个高级模式上传

不好意思这个我也看不明白，你可以先mpirun --version检查一下有没有安装上

作者
Author: 王涛 时间: 2025-11-7 07:25

Eianghuan 发表于 2025-11-7 00:01
不好意思这个我也看不明白，你可以先mpirun --version检查一下有没有安装上

你好，检查后的输出如下：
-bash-4.2$ mpirun --version
mpirun (Open MPI) 4.1.8

Report bugs to http://www.open-mpi.org/community/help/
我尝试过调用ORCA跑测试任务，是可以的，但是一到molclus还是一样的不行

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-11-7 08:56

王涛发表于 2025-11-7 07:25
你好，检查后的输出如下：
-bash-4.2$ mpirun --version
mpirun (Open MPI) 4.1.8

那再试一下which mpirun的输出是什么，以及你的测试任务中设的并行核心数是几个？

作者
Author: 王涛 时间: 2025-11-7 16:54

Eianghuan 发表于 2025-11-7 08:56
那再试一下which mpirun的输出是什么，以及你的测试任务中设的并行核心数是几个？

-bash-4.2$ which mpirun
~/software-t6s000343/openmpi4.1.8-install/bin/mpirun
测试的是4核，直接调用的，不通过MOLCLUS

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-11-8 15:59
咦，能并行的话mpi应该没有问题。你测试直接用orca调用48颗核心或者96试一试，如果能正常运行的话，可能是你的molclus设置的有问题

作者
Author: 王涛 时间: 2025-11-13 09:26

dzdhp 发表于 2025-11-5 11:27
报错信息太少，看起来像是mpi没装，参考这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-52046-1-1.html。
另外， ...

你好。我目前已经成功跑出了ORCA的结果，得到的orcaSP00001等文件都仅为77KB。请问要如何根据这个结果调整分配的核数和内存呢？我想尽可能用多点核数，但是又担心分配的内存不足。

作者
Author: dzdhp 时间: 2025-11-13 10:14

王涛发表于 2025-11-13 09:26
你好。我目前已经成功跑出了ORCA的结果，得到的orcaSP00001等文件都仅为77KB。请问要如何根据这个结果调 ...

抱歉，最近忙都没上论坛，这么晚才回复。内存够不够不是根据你结果文件的大小，你跑成功了就说明内存分配是没有问题的。我自己的经验，计算级别跟你差不多，算单点的时候120原子单核给的内存是9000。按照论坛各位前辈的说法，先用free -h查看available列显示多少，只要你核数*单核分配内存不大于显示的数字即可。也有帖子说核数*分配内存不大于可用内存的90%。你可以根据你的使用情况尝试调整，希望对你有帮助。

作者
Author: 王涛 时间: 2025-11-13 10:32

dzdhp 发表于 2025-11-13 10:14
抱歉，最近忙都没上论坛，这么晚才回复。内存够不够不是根据你结果文件的大小，你跑成功了就说明内存分配 ...

感谢您的解答！

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