计算化学公社

标题: gromacs加墙后模拟变慢很多正常吗？ [打印本页]

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-11-5 21:19
标题: gromacs加墙后模拟变慢很多正常吗？
各位老师好，今日在学习gromacs模拟如何加墙并使用二维周期性，模拟正常跑起来了，就是一个简单的水-正己烷的两相盒子，拿来练手的。发现加墙后模拟变得很慢，其他参数设置相同的情况下慢大概5~6倍，加墙的代码如下

pbc = xy
nwall = 2
wall-atomtype = H H
wall-type = 9-3
wall-r-linpot = 0.5
wall-density = 512 512
wall-ewald-zfac = 3
ewald-geometry = 3dc

复制代码

请问变慢是正常的还是我哪里设置的不合适了？

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-5 21:28
没记错的话，加墙有部分计算不能用gpu。

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-11-5 21:32

student0618 发表于 2025-11-5 21:28
没记错的话，加墙有部分计算不能用gpu。

原来如此，明白了，谢谢老师

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-5 21:58

KazusaT 发表于 2025-11-5 21:32
原来如此，明白了，谢谢老师

补个官方论坛相关讨论的连结 https://gromacs.bioexcel.eu/t/wall-simulations-with-gpu/7849

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)