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标题: pdb2gmx生成聚合物拓扑报错，提示非标准残基中一个不存在的原子未找到 [打印本页]

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作者
Author: Hawksimon    时间: 2025-11-6 00:42
标题: pdb2gmx生成聚合物拓扑报错，提示非标准残基中一个不存在的原子未找到
各位老师好，如题，报错段落如下：

1. Fatal error:
   
2. Atom 51 in residue PIL 1 was not found in rtp entry PIL with 51 atoms while sorting atoms.
   

复制代码

问题在于，我构建的非标残基（PIL）仅有50个原子，提交的.pdb文件中也不存在原子名称为“51”的原子，不知各位老师能否点拨一二，感谢！

Hint：我的体系为聚离子液体（可聚合单元为甲基丙烯酸酯），单体为50个原子，将单体用甲基饱和并结构优化后提交给ligpargen，手动构建了残基在oplsaa力场（文献绝大部分使用的都是oplsaa…）下的.rtp文件；将残基PIL定义为Protein，并定义了新的atomtypes；最后将端基未饱和的聚合物.pdb文件提交pdb2gmx，但是出现了上述的报错，然而经过检查，我并没有在我定义的这些文件中找到任何名称为“51”的原子，残基中也没有第51个原子。进一步尝试了在.rtp文件中随意添加一个名为“51”的原子，随后报错信息变为：

1. Fatal error:
   
2. Atom 64 in residue PIL 1 was not found in rtp entry PIL with 52 atoms while sorting atoms.
   

复制代码

实在是毫无头绪了，检查了.pdb格式好像也基本正确，各位老师了解可能是哪里出了问题吗？另外，有什么更简便的产生该体系聚合物oplsaa拓扑文件的方法吗？第一次发帖，尽请各位老师批评指正，恳请各位老师解惑，不胜感激！

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