计算化学公社

标题: 求助：VESTA怎么隐藏单胞边界上的镜像原子？ [打印本页]
作者
Author: 朕好帅    时间: 2025-11-6 13:07
标题: 求助：VESTA怎么隐藏单胞边界上的镜像原子？
我按照网上的做法：Edits-Bonds(Ctrl+B)-“Do not search atoms beyond the boundary”，这样只能隐藏boundary外的原子，但boundary上的周期性镜像原子仍然存在。我只想要可视化文件里有的原子，不想要其他的镜像原子，请问要怎么做，请各位老师指教。
比如说我想可视化的POSCAR文件如下：
  1. Al12 O18                                
  2.    1.00000000000000     
  3.      4.7719105548850900   -0.0000000000003983   -0.0000000000000000
  4.     -2.3859552773932342    4.1325957650346057   -0.0000000000000000
  5.      0.0000000000000000    0.0000000000000000   13.0159973907536024
  6.    Al   O
  7.     12    18
  8. Direct
  9. -0.0000000000000000 -0.0000000000000000  0.1479000117565342
  10. -0.0000000000000000 -0.0000000000000000  0.8521000031715139
  11. -0.0000000000000000 -0.0000000000000000  0.3521000032172588
  12. -0.0000000000000000 -0.0000000000000000  0.6478999968437343
  13.   0.6666666866515882  0.3333333433623125  0.4812333400782698
  14.   0.6666666866515882  0.3333333433623125  0.1854333166414498
  15.   0.6666666866515882  0.3333333433623125  0.6854333166719463
  16.   0.6666666866515882  0.3333333433623125  0.9812333699191108
  17.   0.3333333432352177  0.6666666864843052  0.8145666833433020
  18.   0.3333333432352177  0.6666666864843052  0.5187666300961374
  19.   0.3333333432352177  0.6666666864843052  0.0187666543103681
  20.   0.3333333432352177  0.6666666864843052  0.3145666833890466
  21.   0.0000000000216147  0.3065541758936318  0.7499999999695035
  22.   0.0000000000024158  0.6934458241544363  0.2500000000152482
  23.   0.6934458241375753  0.6934458241544365  0.7499999999695035
  24.   0.3065541758656434  0.3065541758936318  0.2500000000152482
  25.   0.3065541758440287 -0.0000000000000000  0.7499999999695035
  26.   0.6934458241351666  0.0000000000000000  0.2500000000152482
  27.   0.6666666864299629  0.6398874892170752  0.0833333358543769
  28.   0.6666666865224471  0.0267791580965509  0.5833333134699359
  29.   0.3601124809179256  0.0267791580965509  0.0833333358543769
  30.   0.9732208622739845  0.6398874892170751  0.5833333134699359
  31.   0.9732208624956098  0.3333333433623124  0.0833333358543769
  32.   0.3601124808389489  0.3333333433623125  0.5833333134699359
  33.   0.3333333432568324  0.9732208623779370  0.4166666567044714
  34.   0.3333333432986265  0.3601124807921240  0.9166666865453124
  35.   0.0267791580894100  0.3601124807921240  0.4166666567044714
  36.   0.6398874893403613  0.9732208623779369  0.9166666865453124
  37.   0.6398874893187465  0.6666666864843052  0.4166666567044714
  38.   0.0267791580260012  0.6666666864843052  0.9166666865453124
复制代码
一共只有30个原子，但导入VESTA却显示了46个原子：
(, 下载次数 Times of downloads: 0)


作者
Author: 1138711019    时间: 2025-11-6 15:28
本帖最后由 1138711019 于 2025-11-6 15:32 编辑

Ctrl+B设置的是bonds
但是边界上的原子是依然会在这里的啊

要不就改一改boundary

作者
Author: wangxc    时间: 2025-11-6 20:25
框选不想要的原子删掉，这能帮你隐藏不想要的键和原子



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3