计算化学公社

标题: 购置了 9950x 计算机，成功PBO3，但计算竟远慢于 7950x ... [打印本页]

作者
Author: Voidmio 时间: 2025-11-7 02:15
标题: 购置了 9950x 计算机，成功PBO3，但计算竟远慢于 7950x ...
本帖最后由 Voidmio 于 2025-11-7 16:43 编辑

题主几乎计算机小白，于半月前顶着内存涨价狂潮，半捡垃圾半剁手，配置了如下兼顾计算与娱乐的 9950x 计算机，总体看来也算比较有性价比：

部位                   配置                   支出
CPU          Ryzen 9 9950x 散片       2921
主板          技嘉B650M小雕          963
显卡          瀚铠9060xt 16G          2298
内存       金士顿Fury 32 5600c40    750
硬盘          凯侠 SD10 1TB x 2       888
机械盘    希捷 ST4000VX016 4T       588
电源          长城金牌x8 850W          404
散热器             利民FC140                100
机箱          骨伽乘风MX600             299
机箱风扇          从林豹s30 x 9          机箱带
总价                  自己装机                9211

嫌麻烦没有装双系统，使用 WSL2 来进行量子化学计算：
操作系统       Win 11 专业版 25H2
WSL2             RockyLinux 9.6

大家可以发现内存只有一条很差的 32G
（这是由于涨价初期题主在咸鱼上分别捡了两条金士顿，但另一条其实是 8G 的贴牌假条，马甲下甚至只有单边颗粒，退款自认倒霉，此时价格已经起飞，没有继续购入）
这可能也是后续问题埋雷之一。

馋了很久的 9950x 到手，核心全默认下 Cinebench R23 跑分 39000 左右，开启 PBO2 Curve Optimizer 全核 -28 mV 后跑分来到了 44000 左右，但极高概率出现冻屏和死机，同时跑分和计算时功率往300W上冲，无助的FC140根本压不住，频频撞到 95 温度墙而降频，风扇声则上下抖动非常烦人。

了解到每个核心体制差距巨大，我最后采用 CCD1 金核为基准，逐个调试其他核心的负压值，同时拉 Curve Shaper 辅助，最终 R23 稳定 46000 分以上，满载功耗峰值也只有 220W，温度保持在 90 度下，定频 5.4 GHz 时核心电压 1.17V，CoreCycler 过测，这时候属于调试满足了。

一切看起来都很美好，
但是

我在 WSL2 上安装好 Gaussian 16 A03、使用经典 test0397 改 b3lyp/def2svp force scf=novaracc g09default （nproc=16，mem=20GB）测试时，发现收敛时间需要足足 6m20s（合380 s）（也测试了 9950x 默认设置，则足足需要7m10s，合430s）

对比我们三年前配置的一台 7950x 服务器，采用原生 RockyLinux 9.3 系统，同样的 G16 版本，32 * 2 内存，进行如上 test0397 测试仅需 5m36s（合336 s）收敛。这颗 7950x 甚至没有进行调试，直接开盒即用。

怀疑过是内存问题，但在社长文章单路计算化学攒机配置推荐中提及，内存带宽不会有很大影响。此事令我非常费解。

【此事已经解决，是 wsl2 核心调度问题，见后续描述】但后续观察到 9950x 两个 CCD 温度严重不同（计算任务以及 R23 下 CCD1 温度比 CCD2 稳定高出 10-20 度，但烤鸡时无此差别），进而观察到  CCD2 频率严重低于  CCD1（在 HWiNFO 中查看得）（计算过程中 CCD1 平均频率在 5.5 GHz，峰值 5.7 GHz，但 CCD2 平均频率却只有 3-4 GHz，峰值为 5.6 GHz）。我猜测过是因为我在 CCD2 核心上负压太多，但恢复默认后仍然没有区别，常常是 CCD1 撞上温度墙而 CCD2 还在 80 度左右徘徊。此事也在其他道友的机子上出现过，见 window下双CCD CPU的高斯输入设置，并非%nproc=n！，当时也没有定论。
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我同样在 9950x 上 Gaussian 中采用三种核心调用语句测试（%cpu=0-7，%cpu=8-15，%cpu=0-15）结果如下：
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同时计算过程中两个 CCD 的情况并未观察到与先前描述的有所不同。但使用先前的 7950x 计算机 %nproc=8 计算同样文件，花费 9m15s，竟与上图 9950x 八核心耗时相仿了...
后来又尝试了设置 nproc=32，这时观察到所有核心频率温度都起来了，但最终耗时 7m12s 才收敛，这与 sob 社长在正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响中描述一致，因为计算同时我还在刷 b 站。。
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9950x 核心默认开着 HT 超线程，也没有刻意调整过 CCD 调度，这和占用百分比一样是检测器错误呢，还是确有此事？
【后来参考 ahxb 老师在[Linux] 求助：感觉7950X计算效率较低该如何解决？一文中的观点对 wsl2 进行手动奇数线程绑定，解决了这一问题，现在双 ccd 均可运行在同一个温度上：】
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最终还是求助各位老师与硬件大拿，这里 9950x 计算远慢于 7950x，是内存是否配置双通道 or WSL2 的损耗导致的吗，或是最后这里 CCD 调度出现了严重问题？同时期待其他 9950x 用户一起交流

作者
Author: Satoru 时间: 2025-11-7 02:21
本帖最后由 Satoru 于 2025-11-6 14:27 编辑

我觉得是内存问题...现在桌面端锐龙的内存带宽瓶颈太严重了。考虑把7950X机器的内存搬过来平行测试一下？

参考我的测试（http://bbs.keinsci.com/thread-56155-1-1.html），10%的内存带宽差距（128G vs 256G）在内存容量不敏感的任务会造成5%左右的差距

还有一个小问题：对于hpc类负载真的需要逐核心调整负压吗？计算里几乎没有单核负载，几个核心（甚至整个ccd0）跑得快也需要等其他进程跑完。所以在我的机器上我给了ccd1更多的负压，来尽量把所有核心的频率调到一样。cb23跑分（开超线程）大概44000
不过如果要兼顾桌面应用的话这么调我觉得没问题

作者
Author: Voidmio 时间: 2025-11-7 02:26
本帖最后由 Voidmio 于 2025-11-7 13:38 编辑

Satoru 发表于 2025-11-7 02:21
我觉得是内存问题...现在桌面端锐龙的内存带宽瓶颈太严重了。考虑把7950X机器的内存搬过来平行测试一下？
...

我想测试久矣，可惜老机器现在放在我的老学校，远隔千里实在不方便

手边同学也找不出几个配好台式内存合适的可以被我借用的

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2025-11-7 16:16
瓶颈完全在于内存带宽

作者
Author: Voidmio 时间: 2025-11-7 16:38

Satoru 发表于 2025-11-7 02:21
我觉得是内存问题...现在桌面端锐龙的内存带宽瓶颈太严重了。考虑把7950X机器的内存搬过来平行测试一下？
...

我就是试图调整所有核心的电压请求-频率不一致的问题，整体下来也是第二个ccd负压更多（-20以上），不过对计算的最终影响比较小了，和全核负压比也就快5%以内。
今天进一步发现，wsl2的核心调度策略有问题，设置奇数或偶数核心来计算比默认快很多

作者
Author: wuxxxxx 时间: 2026-1-27 09:05
我在windows下跑gromacs，超频了内存，性能都会提升，更不用说只有单通道了，把cpu的内存通道数占满这是基础要求

作者
Author: Voidmio 时间: 2026-1-27 21:01

wuxxxxx 发表于 2026-1-27 09:05
我在windows下跑gromacs，超频了内存，性能都会提升，更不用说只有单通道了，把cpu的内存通道数占满这是基 ...

哎，只可惜当时没有狠狠心拿下。现在已经涨到三倍价格了，侧身西望长咨嗟

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