计算化学公社

标题: 跑GFN1-XTB分子动力学温度爆炸 [打印本页]

作者
Author: Xiaoyuanhui 时间: 2025-11-7 11:24
标题: 跑GFN1-XTB分子动力学温度爆炸
各位老师好：
我在用CP2K跑分子动力学的时候碰到了温度上升的非常高，优化十分缓慢的情况，想请教一下大家有没有碰到类似情况以及解决办法。下面是我的结构，通过Packmol生成，依据实验浓度，原子间距不小于2 A.附件是我的CP2K输入文件，采用GFN1-XTB， NVT，前面步骤温度上升的异常的高

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作者
Author: 玉米猫 时间: 2025-11-7 17:02
先做NPT把盒子弛豫开再跑NVT试试

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Author: Xiaoyuanhui 时间: 2025-11-7 18:36

玉米猫发表于 2025-11-7 17:02
先做NPT把盒子弛豫开再跑NVT试试

这样啊，因为我最后是要跑NPT做压裕出数据，我想着先NVT平衡一下再NPT，那这样是不是就直接NPT了

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Author: sobereva 时间: 2025-11-9 02:20
7000多原子用GFN1-xTB跑MD根本不可能跑得动，瞎耽误工夫
如果不牵扯反应，用经典力场跑；如果必须用GFN1-xTB，应当减小盒子，把原子数控制在1000-1500以内

作者
Author: Xiaoyuanhui 时间: 2025-11-10 20:44

sobereva 发表于 2025-11-9 02:20
7000多原子用GFN1-xTB跑MD根本不可能跑得动，瞎耽误工夫
如果不牵扯反应，用经典力场跑；如果必须用GFN1-x ...

好的，谢谢社长，这体系添加剂分子数量少，只能把体系维持的比较大。这个体系只涉及结晶，不涉及反应，用PM06合适嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-11 00:21

Xiaoyuanhui 发表于 2025-11-10 20:44
好的，谢谢社长，这体系添加剂分子数量少，只能把体系维持的比较大。这个体系只涉及结晶，不涉及反应，用 ...

没听说过PM06

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Author: Xiaoyuanhui 时间: 2025-11-11 11:07

sobereva 发表于 2025-11-11 00:21
没听说过PM06

PM6 PM6，记错了

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Author: sobereva 时间: 2025-11-11 16:43

Xiaoyuanhui 发表于 2025-11-11 11:07
PM6 PM6，记错了

CP2K里PM6的耗时和GFN1-xTB半斤八两，没任何使用前者的理由

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