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标题: 用 OMP_NUM_THREADS 环境变量控制 Multiwfn(for Linux) 并行线程数的补丁 [打印本页]

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Author: stecue 时间: 2017-4-25 02:54
标题: 用 OMP_NUM_THREADS 环境变量控制 Multiwfn(for Linux) 并行线程数的补丁
本帖最后由 stecue 于 2017-4-25 02:55 编辑

OMP_NUM_THREADS是控制OpenMP并行线程数的标准环境变量。Multiwfn的内置控制方法虽然便于理解，但是写成脚本使用时就不太方便。如果支持OMP_NUM_THREADS环境变量，可以直接用OMP_NUM_THREADS=n Multiwfn 来指定并行线程数为n（如果不指定则使用最大可用线程数），用到脚本里或者在.bashrc里写成alias就很方便，尤其适合手头上有多台计算机、多种并行环境的情况。为此，我稍微修改了一下3.3.9的源文件，包括补丁在内的源码在附件中。另外，为了减小附件体积，我直接在make文件里要求静态链接mkl库，一般安装有ifort的机器都附带mkl核心库（即使没有单独安装MKL），应该不会出现找不到库文件的情况。

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用法：下载解压后在bash中直接运行./Multiwfn_noGUI.sh 即可，请确保安装了intel fortran compiler，如果有intel MKL更好。如果一切正常，你应该可以在Multiwfn_3.3.9_src_Linux/noGUI中找到编译好的支持OMP_NUM_THREADS的Multiwfn。你仍然可以用菜单设置并行线程数。逻辑是：如果交互菜单设置的并行线程数不为0，则由菜单设置的并行线程数决定实际线程数。如果菜单设置的并行线程数为0（这是默认情况），则由环境变量OMP_NUM_THREADS决定。如果没有OMP_NUM_THREADS环境变量，则使用OpenMP的最大默认线程数。对于使用单个8核16线程CPU的机器，就是16。

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Author: wuy069 时间: 2017-4-25 08:14
嗯，在Linux上提交Multiwfn作业，特别是在集群上多用户同时使用multiwfn，每次都要用sed来替换nthread核数，然后把settings.ini重定向到用户提交作业的当前目录下，尽管是用脚本改。非常感谢！！！

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Author: wuy069 时间: 2017-4-25 10:22
把修改后define.f90里的这两行去掉
PRINT *, 'OMP_NUM_THREADS = ', currNThreads
PRINT *, 'Number of threads = ', rtNThreads

没必要加上这两行，Multiwfn在最开始就会判断并行的核数；加上这两行，输出文件每进行下一步时都会输出OMP_NUM_THREADS = 和 Number of threads =，觉得没多大必要，原谅我有小小的强迫症。自己编译时已改

不过还是希望Sob大神在以后的linux版本中增加OMP_NUM_THREADS环境变量控制并行核数。

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Author: stecue 时间: 2017-4-25 10:38

wuy069 发表于 2017-4-25 08:14
嗯，在Linux上提交Multiwfn作业，特别是在集群上多用户同时使用multiwfn，每次都要用sed来替换nthread核数 ...

嗯，我没设过settings.ini，那个看代码似乎是等价于交互式菜单设定，好像优先级比OMP_NUM_THREADS高吧？如果有旧的settings.ini可能还要把nthreads改成0哈。

作者
Author: stecue 时间: 2017-4-25 10:45

wuy069 发表于 2017-4-25 10:22
把修改后define.f90里的这两行去掉
PRINT *, 'OMP_NUM_THREADS = ', currNThreads
PRINT *, 'Number of t ...

所以如果 sob 大神直接把代码放到 github 上，大家提交补丁就方便多了啊哈。

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