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标题: 交联聚合物建模完成后，从体相到表面该怎么处理 [打印本页]

作者
Author: ljh123 时间: 2025-11-8 17:08
标题: 交联聚合物建模完成后，从体相到表面该怎么处理
我使用polymatic构建了均三甲苯氯酰和间苯二胺的交联聚合物。此时得到的是压缩后没有真空层的体相模型。由于后续想要研究膜表面的性质，所以想根据这个模型加上真空层来构建表面模型。但是，可以发现这个模型在边界附近，由于分子跨越边界所以变得不完整（例如苯环变成了两半）。这样就没法直接加真空层了。请问有什么办法能直接加上真空层并且保证真空层方向分子完整呢
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-9 00:19
trjconv结合-pbc mol或者VMD的pbc unwrap命令把分子保留完整后再扩真空区

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