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标题: 求助金属酶模拟产生top和gro文件后的模拟流程 [打印本页]

作者
Author: gromacs11 时间: 2025-11-9 16:27
标题: 求助金属酶模拟产生top和gro文件后的模拟流程
老师们好！我按照帖子（http://bbs.keinsci.com/thread-26531-1-1.html）对目标金属酶进行处理，得到了top和gro文件。请问能否用这个进行后续的gromacs模拟。需不需要进行位置约束(金属锰与四个氨基酸和一个结晶水产生配位键，这些都经过MCPB.py文件进行处理了)。能否告知后面的流程怎么处理，非常感谢！

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-9 16:52
如果MCPB.py 使用的是 bonded model 就已经生成了金属和配位残基之间的共价键。

作者
Author: gromacs11 时间: 2025-11-9 16:56

student0618 发表于 2025-11-9 16:52
如果MCPB.py 使用的是 bonded model 就已经生成了金属和配位残基之间的共价键。

老师您好，请问我后面是直接可以进行gromacs操作就行了吗，是否从能量最小化开始？非常感谢！

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-9 17:07
MCPB.py 只是准备拓扑结构的一种方式（类似于 sobtop 或 pdb2gmx），当然要进行标准的模拟流程。

作者
Author: gromacs11 时间: 2025-11-9 17:13

student0618 发表于 2025-11-9 17:07
MCPB.py 只是准备拓扑结构的一种方式（类似于 sobtop 或 pdb2gmx），当然要进行标准的模拟流程。

我按照帖子步骤，最后好像是经过了溶剂化并添加了离子进行平衡得到的top和gro文件，请问这样操作有问题吗？后续流程怎么进行？

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-9 17:37
本帖最后由 student0618 于 2025-11-9 17:38 编辑

就标准的MD哦，平常的最小化 -> 限制性动力学 -> 平衡相 -> 产生相。

作者
Author: gromacs11 时间: 2025-11-9 17:40

student0618 发表于 2025-11-9 17:37
就标准的MD哦，平常的最小化 -> 限制性动力学 -> 平衡相 -> 产生相。

非常感谢指导

作者
Author: gromacs11 时间: 2025-11-9 17:41

student0618 发表于 2025-11-9 17:37
就标准的MD哦，平常的最小化 -> 限制性动力学 -> 平衡相 -> 产生相。

我还有个问题就是，top里面一些参数，好像跟gromacs对应文件里面定义的有细微差异。请问这种该怎么考虑

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-9 17:50
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “金属酶模拟” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: gromacs11 时间: 2025-11-9 17:55

sobereva 发表于 2025-11-9 17:50
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的，不好意思

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-9 19:15

gromacs11 发表于 2025-11-9 17:41
我还有个问题就是，top里面一些参数，好像跟gromacs对应文件里面定义的有细微差异。请问这种该怎么考虑

转换格式时可能有的小数点后rounding errors可忽视。

作者
Author: gromacs11 时间: 2025-11-9 19:47

student0618 发表于 2025-11-9 19:15
转换格式时可能有的小数点后rounding errors可忽视。

好的，感谢老师解答!

作者
Author: gromacs11 时间: 2025-11-10 12:16

student0618 发表于 2025-11-9 17:37
就标准的MD哦，平常的最小化 -> 限制性动力学 -> 平衡相 -> 产生相。

老师您好，这里面进行限制性动力学后，平衡相是否不需要define = -DPOSRES ; 设置了呢？

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-11 00:36

gromacs11 发表于 2025-11-10 12:16
老师您好，这里面进行限制性动力学后，平衡相是否不需要define = -DPOSRES ; 设置了呢？

为什么蛋白通常会先跑限制性动力学：见以下帖子3楼老师的解说
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redirect&goto=findpost&ptid=47700&pid=304796&fromuid=64740

平衡相的意义及是否必要：见以下两个帖子2楼老师的解说，论坛搜搜就可以见到老师已经解释很多遍了
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3&fromuid=64740

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 4&fromuid=64740

如何判断体系是否平衡：以下帖子搜蛋白
http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html

作者
Author: gromacs11 时间: 2025-11-11 10:43

student0618 发表于 2025-11-11 00:36
为什么蛋白通常会先跑限制性动力学：见以下帖子3楼老师的解说
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=re ...

好的，谢谢

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