计算化学公社

标题: 求助锌离子的逐级脱溶剂化能计算 [打印本页]

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-11-9 17:11
标题: 求助锌离子的逐级脱溶剂化能计算
本帖最后由 moiraaa 于 2025-11-9 17:50 编辑

各位老师好，我目前在做锌离子和6个水配位逐渐脱水的逐级脱溶剂化能，我的想法是锌离子和5个水配位的结合能（锌离子和5个水整体几何优化B3LYP/6-31G(d'),然后单点能计算tpsstpss/6-311g(d) em=gd3b减去锌离子和水单独结构优化后的单点能能量）减去锌离子和个水配位的结合能，以此类推，得到如下表格。但是遇到一个问题，我不知道论文里最后一个能垒怎么得到的，按照我这么计算，应该是锌离子和一个水的结合能减去锌离子的能量，但是按照表格里的数据是-1778.39857-0.12hartree,这应该不太对，但是我有不知道咋做了，恳请各位老师帮忙。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-9 17:44
根本没有过渡态，没法叫能垒，这叫逐级去溶剂化能
能量求差时显然前后化学组成必须相同，“锌离子和一个水的结合能减去锌离子的能量”完全意义不明

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-11-9 17:49

sobereva 发表于 2025-11-9 17:44
根本没有过渡态，没法叫能垒，这叫逐级去溶剂化能
能量求差时显然前后化学组成必须相同，“锌离子和一个水 ...

好的好的，社长。那您觉得我最后一个能量求差应该咋做？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-9 18:17

moiraaa 发表于 2025-11-9 17:49
好的好的，社长。那您觉得我最后一个能量求差应该咋做？

显然一水合锌离子减去锌离子减去一个水分子

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-11-9 18:41

sobereva 发表于 2025-11-9 18:17
显然一水合锌离子减去锌离子减去一个水分子

好的，好的，谢谢社长。
我还有一个问题，就是我从MD上截取出来的结构为什么一定要结构优化才能做能量计算呢，结构优化之后和MD之后的结构不就不相同了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-9 18:54

moiraaa 发表于 2025-11-9 18:41
好的，好的，谢谢社长。
我还有一个问题，就是我从MD上截取出来的结构为什么一定要结构优化才能做能量计 ...

MD的瞬时结构根本没法用，除非你考虑一大堆帧的时间平均

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-11-9 19:08

sobereva 发表于 2025-11-9 18:54
MD的瞬时结构根本没法用，除非你考虑一大堆帧的时间平均

懂了，社长，谢谢社长

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-11-9 20:36

sobereva 发表于 2025-11-9 18:17
显然一水合锌离子减去锌离子减去一个水分子

社长，斜线上的数值是表格里的E列的话和参考论文里的数值趋势完全对不上啊，是我的计算有错误吗

作者
Author: reid 时间: 2025-11-10 21:24
你引用的这篇文献有问题，如果六水合锌是作为起始0点，那么，脱水反应吉布斯自由能应该向上走。向下走成了脱水反应是自发过程了。

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-11-15 10:53

reid 发表于 2025-11-10 21:24
你引用的这篇文献有问题，如果六水合锌是作为起始0点，那么，脱水反应吉布斯自由能应该向上走。向下走成了 ...

天啊，太谢谢您了，我们当时都没有考虑这个问题

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