计算化学公社

标题: 在SMD模拟中，如何确定施加力的位置 [打印本页]

作者
Author: HanLuyao 时间: 2025-11-10 10:59
标题: 在SMD模拟中，如何确定施加力的位置
我现在要对复合物进行拉力模拟，现在有两条链AB，我想对A链的C端Cα施加力，对B链的C端Cα进行固定，但是我的模拟结果中显示AB两条链都被拉动了，B链被拉动的很厉害
这个是我的参数文件

; Enable pulling
pull             = yes
pull_ncoords    = 1
pull_ngroups    = 2

; Names of the groups to be pulled / referenced
pull_group1_name  = Chain_A_Cterm
pull_group2_name  = Chain_B_Cterm

; Pulling type and geometry
pull_coord1_type    = umbrella
pull_coord1_geometry  = direction-periodic
pull_coord1_vec    = 0.0 0.0 1.0       ; 拉伸方向
pull_coord1_dim    = N N Y             ; 仅在Y方向拉伸
pull_coord1_groups = 1 2

; Starting conditions
pull_coord1_start    = yes             ; 从初始位置开始
pull_coord1_rate    = 0.001             ; 非平衡拉伸速度（nm/ps）
pull_coord1_k       = 100             ; 弹簧常数 (kJ/mol/nm²)
对于B链C端的CA固定的原因，在topol文件中添加了
#ifdef POSRES_B_CTERM
[ position_restraints ]
; atom  type    fx    fy    fz
  8763 1    1000 1000 1000
#endif
在md_pull.mdp文件中对B进行了位置限定
define    = POSRES_B_CTERM
绿色是A链(施加力) 青色是B链（固定C端），第一张图片是我的初始态，第二张图片是终态
为什么最后是B链被拉走了，但是A链没动呢
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作者
Author: enthalpy 时间: 2025-11-10 13:10
GMX的SMD模式并没有固定一端的说法。即使在其它模式下(比如NAMD软件的了SMD模式)，一端固定，另一端拉伸，根据作用力与反作用力，固定的一端如果机械稳定性更弱，也是会从固定的一端开始解折叠。

作者
Author: CrysW555 时间: 2025-11-10 19:13
你只是固定了B的一个原子，如果不想要B动应该B的重原子都加限制，同样的对A也应该考虑到底是拉一个原子还是整体拉

作者
Author: HanLuyao 时间: 2025-11-12 10:15

CrysW555 发表于 2025-11-10 19:13
你只是固定了B的一个原子，如果不想要B动应该B的重原子都加限制，同样的对A也应该考虑到底是拉一个原子还是 ...

我是想看到蛋白质被一点一点拉开的情况，所以就限制了一个原子，针对我这种情况，老师有什么建议吗？

作者
Author: HanLuyao 时间: 2025-11-12 10:16
还想请教老师们一个问题，在模拟的过程中我使用更小的力参数，为什么被蓝色的链被拉走的更快了呢？
pull_coord1_rate    = 0.0005
pull_coord1_k       = 50
我之前的参数为
pull_coord1_rate    = 0.001
pull_coord1_k       = 100

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