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标题: 请问溶剂化结构应该通过第一个峰的最高点的值还是第一个峰之后的最小点研究？ [打印本页]

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-11-11 16:39
标题: 请问溶剂化结构应该通过第一个峰的最高点的值还是第一个峰之后的最小点研究？
研究电解液的溶剂化结构，gromacs跑完分析-rdf -cn并绘制成图，发现文献中有以（1）第一个峰的最高点对应的横坐标作为Na与溶剂分子之间的距离进而研究第一溶剂化层结构的也有（2）第一个峰之后的最小点作为Na与溶剂分子之间的距离进而研究第一溶剂化层结构的，对我的体系来说这两个距离研究出来的第一溶剂化层结构不同，到底应该用那个结构进行分析呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-11 16:54
意义不同，取决于你的目的
1是第一配位层出现概率最高的位置，2是能归属到第一配位层的距离上限

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-11-12 15:31
多谢社长，我和文献中都是用的同一个体系（各粒子个数都一样）gromacs模拟出来的，我用first minimum统计出来的溶剂化层结构和文献中不同，文献也并没有提及first minimum的具体数值，按理说同一个体系、同一个模拟软件模拟出来的结果（first minimum）应该是相同的，为什么会有溶剂化结构不同的结果呢？

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-12-3 10:38
兄弟，想请教你一下，你是用什么方法来分析溶剂化结构的，有分析Na离子周围SSIP、CIP、AGG的比例吗

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-12-5 20:15

Wxh18130507355 发表于 2025-12-3 10:38
兄弟，想请教你一下，你是用什么方法来分析溶剂化结构的，有分析Na离子周围SSIP、CIP、AGG的比例吗

TCl编程

作者
Author: Dreamer1 时间: 2025-12-6 09:17

Hanna110 发表于 2025-11-12 15:31
多谢社长，我和文献中都是用的同一个体系（各粒子个数都一样）gromacs模拟出来的，我用first minimum统计出 ...

模拟设置、电荷、力场这些都会影响结果

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