计算化学公社

标题: 全氟烷烃和离子的结合能为正应该怎么理解 [打印本页]

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Author: thor 时间: 2025-11-11 16:44
标题: 全氟烷烃和离子的结合能为正应该怎么理解
我想计算全氟烷烃与各种离子的结合能，进而解释被全氟烷烃修饰的纳米通道能够提高离子分离性能（主要是Li+/Mg2+)。计算过程是先xtb跑动力学，然后进行构象搜索，过程按照社长这个帖子进行（使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社），最后使用Gaussian计算的结合能，结构优化和单点能计算的关键词分别是opt freq B3LYP/def2svp EM=GD3BJ scrf=(smd,solvent=water) int=fine 和 M062X/def2tzvp EM=GD3 scrf=(smd,solvent=water)。但是计算的结合能是正的，不知道是我计算的问题，还是这是有可能的。我看有些文章解释F基团是亲Li的，应该怎么理解呢
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-11 16:55
参考北京科音中级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KBQC）幻灯片：
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Author: KazusaT 时间: 2025-11-11 23:34
先不考虑你算出来结果怎么样，你用scrf=(smd,solvent=water)，意思是你的全氟烷烃和Li离子是在水溶液？那你这个过程还应当考虑Li的水溶剂化-脱水溶剂化的能量。

作者
Author: thor 时间: 2025-11-12 09:25

KazusaT 发表于 2025-11-11 23:34
先不考虑你算出来结果怎么样，你用scrf=(smd,solvent=water)，意思是你的全氟烷烃和Li离子是在水溶液？那你 ...

Li的去溶剂化能吗？总能量减去这部分的能量吗

作者
Author: thor 时间: 2025-11-12 09:25

sobereva 发表于 2025-11-11 16:55
参考北京科音中级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KBQC）幻灯片：

好的，谢谢社长我再排查一下

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-11-12 10:06

thor 发表于 2025-11-12 09:25
Li的去溶剂化能吗？总能量减去这部分的能量吗

不完全是，我是觉得虽然隐式溶剂模型能反应一部分Li的水溶剂化，但可能不是很准，最好显式考虑几个水分子。

作者
Author: thor 时间: 2025-11-12 10:47

KazusaT 发表于 2025-11-12 10:06
不完全是，我是觉得虽然隐式溶剂模型能反应一部分Li的水溶剂化，但可能不是很准，最好显式考虑几个水分子 ...

这个差别会很大吗，好像也没什么人计算氟烷烃和离子的结合能，我用简单的C2F6试了一下，优化过程离子远离氟烷烃

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Author: KazusaT 时间: 2025-11-12 11:19

thor 发表于 2025-11-12 10:47
这个差别会很大吗，好像也没什么人计算氟烷烃和离子的结合能，我用简单的C2F6试了一下，优化过程离子远离 ...

我不知道你具体想算什么过程，仅就锂离子被全氟烷烃结合来说，这跟锂离子被配体配位是一样的，锂离子在水溶液中是被水溶剂化配位的，被全氟烷烃结合之后水就离开了（或者结合在氟烷烃周围），具体差别有多大你可以自己尝试。

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Author: thor 时间: 2025-11-12 12:10

KazusaT 发表于 2025-11-12 11:19
我不知道你具体想算什么过程，仅就锂离子被全氟烷烃结合来说，这跟锂离子被配体配位是一样的，锂离子在水 ...

好的，我试试吧，感觉氟烷烃像是不怎么结合阳离子一样

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