计算化学公社

标题: gromacs跑完md后提取MSD计算出来的锂离子电导率很低 [打印本页]

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-12 13:07
标题: gromacs跑完md后提取MSD计算出来的锂离子电导率很低
sob老师及各位大佬好，我现在对常温（298.15k）电解液模型跑完md后，处理数据发现离子电导率很低，大概最多也就一点多乘十的负三次方S/cm，一直在重复的修改mdp参数跑md，卡在这里有一两个月了，始终排查不出问题，恳请各位大佬帮忙看一看是哪里不对

，其中我在两处地方有些疑惑：

1.我的溶剂分子及锂盐都是使用的GAFF力场，主top文件里面使用的是amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp力场可以吗，还有就是我不确定我找的这个锂离子的itp文件是否正确，是否有大佬可以提供一下正确的Li.itp！并且在主top的atomtypes里面没有包括锂离子,不知道是否合适，我没有理解一些大佬说的“正确直接引用ions.itp即可”是如何操作的
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2.我不明白在gmx grompp过后出现的一连串下述字符， “由于截断方案是velvet从而移除所有电荷组，包括Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'THP'，Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'F2No4S2-'，Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'Li'，Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'No3-' ” 是什么意思，这个是否对我的结果影响很大？ (, 下载次数 Times of downloads: 1)

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作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-12 13:31
还有一点想请问的是，各位大佬有没有更适合对电解液模型跑NPT预平衡及NVT产生相的两个MDP参数文件，可以分享一下吗！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-12 13:36
ions.itp就在力场目录下
如果参加过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX），看里面蛋白质模拟例子中Na是怎么引入的
模拟电解液用的mdp和模拟水盒子的并没有任何区别
那些提示体现了[moleculetype]里nrexcl的设置，搞清楚这个设置是干嘛的

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-12 14:09

sobereva 发表于 2025-11-12 13:36
ions.itp就在力场目录下
如果参加过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）， ...

请问sob老师，这个力场目录是在哪里呀，然后还想请问您，我在主top文件里引用的力场是否合适，格式是否正确呢？

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-11-12 17:32
先follow一遍教程：https://autoff.readthedocs.io/en/latest/example.html
另外根据能斯特爱因斯坦方程计算电导率涉及到的单位换算和物理常数的计算是比较复杂的，我怀疑你算错了。

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-12 22:25

slxc920113 发表于 2025-11-12 17:32
先follow一遍教程：https://autoff.readthedocs.io/en/latest/example.html
另外根据能斯特爱因斯坦方程计 ...

好的哥，我再检查检查

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-13 01:00

Wxh18130507355 发表于 2025-11-12 14:09
请问sob老师，这个力场目录是在哪里呀，然后还想请问您，我在主top文件里引用的力场是否合适，格式是否正 ...

top目录下的力场目录下

你的md_heat_NPT.mdp就是我北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）培训里给的，假定你参加过此培训，把“GROMACS的使用基础”部分里面讲ions.itp的那一页，以及前后讲拓扑文件的幻灯片都好好看看，这些最基础的内容在培训里都已经讲得极尽详细了

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-20 13:15

sobereva 发表于 2025-11-13 01:00
top目录下的力场目录下

你的md_heat_NPT.mdp就是我北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.ke ...

好滴sob老师

作者
Author: shiyuanfan 时间: 2026-1-8 21:52
请问楼主现在计算的离子电导率是正常值了吗，我用GAFF力场计算的锂离子电导率也偏低一些

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2026-1-11 16:31

shiyuanfan 发表于 2026-1-8 21:52
请问楼主现在计算的离子电导率是正常值了吗，我用GAFF力场计算的锂离子电导率也偏低一些

对的，我解决了，我原来建模时没有对LiNO3及LiFSI进行拆分，直接作为整体投入进去的，重新建模给他们拆分为Li+、NO3-、FSI-后，电导率提升了不少

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