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标题: 求助：进行Gromacs模拟前晶体结构净电荷不为零 [打印本页]

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Author: x^x 时间: 2025-11-13 11:42
标题: 求助：进行Gromacs模拟前晶体结构净电荷不为零
计划使用Gromacs模拟有机分子在锂云母(001)表面的吸附行为。建模过程如下：首先，从美国矿物协会晶体结构数据库中获取了锂云母的晶体结构（附件1），并使用Materials Studio软件将其沿(001)面切割，构建了一个在Z轴方向包含两个结构层的超胞（附件2）。计划将此超胞作为基础单元，编译Gromacs所需的itp文件，锂云母层计划使用CLAYFF力场的参数。

然而，在赋予CLAYFF力场电荷后，发现这个两层超胞本身带有较强的净负电荷。如果在后续动力学模拟中再进行溶液环境的扩胞，整个体系将携带数百个负电荷。另外，我也尝试了数据库中具备K Li Al Si O F几种元素的其他晶体结构，按照此建模过程，构建的基础单元净电荷均不为零。

因此，想请教各位老师：1、我构建的这个两层超胞模型本身是否存在问题？2、如果想要获得一个净电荷为零的基础单元，有没有什么方法来使云母层保持电中性呢？3、还有什么其他途径可以获取锂云母晶胞吗？

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