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标题: 求助：蛋白配体复合物体系在运行gmx mdrun -deffnm npt后未生成.gro和.cpt文件 [打印本页]

作者
Author: a12sdaf 时间: 2025-11-13 17:18
标题: 求助：蛋白配体复合物体系在运行gmx mdrun -deffnm npt后未生成.gro和.cpt文件
各位大佬好，我是gromacs新手，我的蛋白配体复合物是complex.gro（附件1），溶剂化步骤选择cubic -d 1.0，能量最小化后的输出日志em.log（附件2）,没有做NVT平衡，直接进行了NTP平衡，在运行gmx mdrun -deffnm npt后未生成.gro和.cpt文件，生成了npt.log等文件（附件3），log里内容显示整个体系有43万多个原子。是否是由于运行gromacs过程中的参数设置不恰当导致的问题，还是有其他问题，跪拜各路大佬，不吝赐教，感激不尽

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-15 06:00
新手别上来就跑那么大体系，先用带上水后几万原子的体系练手，弄熟了再说带体系的事，否则对耗时、计算资源使用都没有概念
从log文件看都还没跑（至少没跑到下一次nstlog步数）

上传文件时明确标注清楚各个压缩包都是什么，否则别人还得一个个打开看才知道

作者
Author: a12sdaf 时间: 2025-11-17 08:42

sobereva 发表于 2025-11-15 06:00
新手别上来就跑那么大体系，先用带上水后几万原子的体系练手，弄熟了再说带体系的事，否则对耗时、计算资源 ...

谢谢sob大佬的关注和回复，我用gromacs tutorial上蛋白-配体复合物的例子跑了一遍可以跑通，确实那个体系里的总原子数少。同样的步骤，这个43万多原子的体系却卡在了npt第一步，请教您导致这个问题的原因可能有哪些，不胜感激

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