计算化学公社

标题: 通过超算平台使用高斯计算时内存溢出问题 [打印本页]

作者
Author: WHUdaliang 时间: 2025-11-13 18:02
标题: 通过超算平台使用高斯计算时内存溢出问题
最近在用高斯算NBO的时候，不管怎么调整内存和核数，任务都会因为内存不足而被砍掉。
具体任务文件gjf如下所示：

%chk=/project/zhengmingliang/CPA_chk/CPA36_CPA36_1_NBO.chk
%oldchk=/project/zhengmingliang/CPA_chk/CPA36_CPA36_1_repaired.chk
%mem=128gb
%nprocshared=2
#P B3LYP/6-31+G(d) SP Pop=NBO
Geom=AllCheck Guess=Read SCF=(XQC,MaxCycle=256) Int=UltraFine

CPA36_CPA36_1_NBO SP for NBO

具体计算日志log文件最后停留如下所示：
Leave Link 601 at Thu Nov 13 17:39:38 2025, MaxMem= 17179869184 cpu: 1.8 elap: 1.1

超算平台是基于slurm提交作业的，内存和核数与gjf文件一致

综上，想问问各位老师们，我这该怎么办，所有能试的方法感觉都试过了，之前Pop=(NBO,FULL)，还去掉了full，结果还是老样子，期待大家的回复和帮助，感谢感谢！！！

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-11-14 05:41
分子多大？分子式是什么？怎么判断是因为内存不足被砍掉了？
在网上求助计算化学问题时的注意事项
Gaussian 常见报错及解决方法；新手求助报错时的注意事项

作者
Author: WHUdaliang 时间: 2025-11-14 10:06

KazusaT 发表于 2025-11-14 05:41
分子多大？分子式是什么？怎么判断是因为内存不足被砍掉了？
在网上求助计算化学问题时的注意事项
Gaussi ...

感谢您的回复！这个是分子式，判断内存不足是因为超算平台因为out of memory把任务中断了，任务退出代码为0：125

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2025-11-14 21:37
你把调用的内存设置为你的节点实际内存的0.8倍然后试试看

作者
Author: WHUdaliang 时间: 2025-11-15 21:28

ABetaCarw 发表于 2025-11-14 21:37
你把调用的内存设置为你的节点实际内存的0.8倍然后试试看

感谢您的建议，但是我调整了内存为307gb，核数为12核还是out of memory

作者
Author: 量化小王子 时间: 2025-11-17 23:06

WHUdaliang 发表于 2025-11-15 21:28
感谢您的建议，但是我调整了内存为307gb，核数为12核还是out of memory

slurm作业系统会输出任务的out和error文件，里面有没有报错，说内存溢出？

作者
Author: WHUdaliang 时间: 2025-11-18 13:44

量化小王子发表于 2025-11-17 23:06
slurm作业系统会输出任务的out和error文件，里面有没有报错，说内存溢出？

error: Detected 1 oom_kill event in StepId=52064.batch. Some of the step tasks have been OOM Killed.
您好，这是err文件输出，主要是sacct查看任务状态时便看到了out of memory

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