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标题: Gromacs模拟金属酶体系出现LINCS warnings [打印本页]

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Author: gromacs11 时间: 2025-11-14 12:40
标题: Gromacs模拟金属酶体系出现LINCS warnings
老师们好！我在进行金属酶模拟过程中遇到标题所述问题。首先我的模拟的是锰离子，参考文献发现与四个氨基酸和一个结晶水有配位键。力场是amber19sb和OPC水。在模拟前，我用MCPB.py对结构进行了优化，之后转化为gro和top文件，通过能量最小化->限制性动力学->平衡相->产生相流程。并且参考老师里面的方法（http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ8）进行多次调整修改。但是在产生相过程一直出现图示问题。已经调整好多天也没能成功，因此在这里询问各位老师，希望能够得到指点，解决目前问题。请问是我的top存在问题了吗，还是约束上不正确。由于我对这方面缺乏相关了解，可能操作上存在问题，相关的top文件还有mdp文件放在附件里面了，恳请老师们不吝赐教！非常感谢！

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-14 12:49
检查轨迹是哪个原子出问题，2433-2434是什么。

如果是和金属配位的水出问题：
MCPB.py很常有的问题是配位的水两颗氢的电荷差太大很容易出问题，先检查一下。

作者
Author: gromacs11 时间: 2025-11-14 13:07

student0618 发表于 2025-11-14 12:49
检查轨迹是哪个原子出问题，2433-2434是什么。

如果是和金属配位的水出问题：

老师你好，2433-2434是其他氨基酸，然后3069-3071是水。请问有什么方法解决呢？

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-14 13:21
本帖最后由 student0618 于 2025-11-14 13:28 编辑

先看轨迹，哪个原子先出问题？

见到报错中也有3069-3071，不过要看轨迹/报错时输出的stepxxx.pdb才可以确认。

top/itp检查配位水的电荷。

一个方法是用Multiwfn约束等价的原子电荷再算RESP取代本来MCPB.py 给的RESP电荷(见http://sobereva.com/441)。用MCPB赋予电荷同一步的高斯文件。

作者
Author: SharkYYX2025 时间: 2025-11-14 14:15
本帖最后由 SharkYYX2025 于 2025-11-14 14:19 编辑

我昨天也遇到这个报错。一开始，我的top itp是基于GAFF力场用sobtop产生的。然后我换成基于计算的Hessian产生，键长键角等参数比较精确，就不报错了。不知道能不能解决你的问题。参考此贴
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 http://sobereva.com/635
我实测，有机小分子（比如乙醇正辛醇）拿GAFF力场简单产生，没问题。比较大的含有很多杂原子的有机分子拿GAFF产生，键长会有点怪，然后模拟就崩了。

然后可以考虑把电荷换成RESP2，参考此贴 RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算 http://sobereva.com/531

建议用sobtop产生拓扑文件，参考这个 http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11
如果还不能解决，站内搜LINCS，可以参考其他帖子的解决方法

作者
Author: beyond 时间: 2025-11-14 17:01
根据以往的经验，出现这样的问题，大概率是力场参数有问题，这个需要自己仔细检查，

可以试着把步长调小，如0.5fs，低温下跑平衡，如100K
这样的话，应该不会报错，从中也许可以找到不合理的地方

作者
Author: gromacs11 时间: 2025-11-14 23:43

student0618 发表于 2025-11-14 13:21
先看轨迹，哪个原子先出问题？

见到报错中也有3069-3071，不过要看轨迹/报错时输出的stepxxx.pdb才可以 ...

好的，感谢指点！

作者
Author: gromacs11 时间: 2025-11-14 23:45

SharkYYX2025 发表于 2025-11-14 14:15
我昨天也遇到这个报错。一开始，我的top itp是基于GAFF力场用sobtop产生的。然后我换成基于计算的Hessian产 ...

多谢指点！

作者
Author: gromacs11 时间: 2025-11-14 23:46

beyond 发表于 2025-11-14 17:01
根据以往的经验，出现这样的问题，大概率是力场参数有问题，这个需要自己仔细检查，

可以试着把步长调小 ...

老师，我也尝试调小步长了，也会报错，请问低温跑平衡是什么意思呢？

作者
Author: beyond 时间: 2025-11-19 16:55

gromacs11 发表于 2025-11-14 23:46
老师，我也尝试调小步长了，也会报错，请问低温跑平衡是什么意思呢？

就是在低温下，跑动力学，把它当作一种能量最小化的方法

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