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标题: 关于刚性扫描二面角的问题 [打印本页]
作者
Author: 旺旺雪饼    时间: 2017-4-26 09:59
标题: 关于刚性扫描二面角的问题
对于图1中的分子，我想扫描二面角9-8-3-4，用刚性扫描试了一下，与文献中的结果相差很大，12号原子没有跟着扫描发生变化，导致构型很扭曲，输入输出文件已经上传，我想问的是：这样的二面角用刚性扫描是不是没有意义？还是我的输入文件哪里有错误？感谢各位大神
作者
Author: 冰释之川    时间: 2017-4-26 10:22
采用柔性扫描不是更好么？

# opt=modredundant b3lyp/6-311+g(d,p) nosymm geom=connectivity

scan

0 1
C                  0.00000000    0.00000000    0.00000000
C                  0.00000000    0.00000000    1.38101085
C                  1.19410657    0.00000000    2.10683651
C                  2.39454782    0.00168756    1.39720248
C                  2.40589023   -0.00473163    0.01348986
C                  1.20684639   -0.00506937   -0.69052612
O                  1.15311860   -0.00761806   -2.04606826
C                  1.20300402   -0.00288011    3.57111557
C                  2.15489457   -0.51474157    4.41353140
C                  1.84262965   -0.34138410    5.77836621
C                  0.65057069    0.30434339    5.97902783
S                 -0.07923605    0.70931512    4.47129813
C                  0.01147929    0.64415987    7.22948126
C                 -1.26994977    1.11608492    7.43037000
C                 -1.57571580    1.34297959    8.77780104
C                 -0.52472147    1.04552595    9.62440581
S                  0.83994991    0.49144194    8.71735301
C                 -0.39512864    1.12440390   11.04476847
C                 -1.31184433    1.53050909   11.95726537
C                 -2.62785803    1.96271736   11.60991033
C                 -0.97500975    1.54027234   13.34776023
N                 -3.68162379    2.30661620   11.31107409
N                 -0.68980885    1.54402921   14.45961387
H                 -0.92402812   -0.00622141   -0.56185802
H                 -0.94665403   -0.02022321    1.90781723
H                  3.33372901    0.03280171    1.93452835
H                  3.34842833    0.00451249   -0.52237621
H                  2.04324436   -0.01062657   -2.41129374
H                  3.03527520   -1.03102001    4.05876840
H                  2.46185491   -0.70065889    6.58933308
H                 -1.96649113    1.28098030    6.62033810
H                 -2.53289283    1.70664590    9.11881226
H                  0.56337188    0.82246747   11.45407790

1 2 2.0 6 1.5 24 1.0
2 3 1.5 25 1.0
3 4 1.5 8 1.0
4 5 2.0 26 1.0
5 6 1.5 27 1.0
6 7 1.0
7 28 1.0
8 9 2.0 12 1.0
9 10 1.5 29 1.0
10 11 2.0 30 1.0
11 12 1.0 13 1.5
12
13 14 2.0 17 1.0
14 15 1.5 31 1.0
15 16 2.0 32 1.0
16 17 1.0 18 1.5
17
18 19 2.0 33 1.0
19 20 1.5 21 1.5
20 22 3.0
21 23 3.0
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33

D 9 8 3 2 S 18 10.000000
作者
Author: 旺旺雪饼    时间: 2017-4-26 10:49
冰释之川 发表于 2017-4-26 10:22
采用柔性扫描不是更好么？

# opt=modredundant b3lyp/6-311+g(d,p) nosymm geom=connectivity

我也觉得柔性扫描更好，我用的也是柔性扫描，结果跟文献里的刚性扫描结果不同，所以审稿人让我做一个刚性扫描比较，是泛函不同导致的结果不同还是扫描方式导致的。但是我刚性扫描的结果跟文献中的也不一样，所以想问问是输入文件有误还是刚性没有意义？
作者
Author: 冰释之川    时间: 2017-4-26 11:02
本帖最后由 冰释之川 于 2017-4-26 11:04 编辑
旺旺雪饼 发表于 2017-4-26 10:49
我也觉得柔性扫描更好，我用的也是柔性扫描，结果跟文献里的刚性扫描结果不同，所以审稿人让我做一个刚性 ...

----试一下这个输入文件的内坐标，应该可以一起旋转了----- 你的刚性扫描有点问题，需要略微调整内坐标定义。

# scan b3lyp/6-311+g** nosymm

scan

0 1
C              
C                  1            B1
C                  2            B2    1            A1
C                  3            B3    2            A2    1            D1    0
C                  4            B4    3            A3    2            D2    0
C                  1            B5    2            A4    3            D3    0
O                  6            B6    1            A5    2            D4    0
C                  3            B7    2            A6    1            D5    0
C                  8            B8    3            A7    2            D6    0
C                  9            B9    8            A8    3            D7    0
C                 10           B10    9            A9    8            D8    0
S                  8           B11    9           A10    10            D9    0
C                 11           B12   10           A11    9           D10    0
C                 13           B13   11           A12   10           D11    0
C                 14           B14   13           A13   11           D12    0
C                 15           B15   14           A14   13           D13    0
S                 13           B16   11           A15   10           D14    0
C                 16           B17   15           A16   14           D15    0
C                 18           B18   16           A17   15           D16    0
C                 19           B19   18           A18   16           D17    0
C                 19           B20   18           A19   16           D18    0
N                 20           B21   19           A20   18           D19    0
N                 21           B22   19           A21   18           D20    0
H                  1           B23    2           A22    3           D21    0
H                  2           B24    1           A23    6           D22    0
H                  4           B25    3           A24    2           D23    0
H                  5           B26    4           A25    3           D24    0
H                  7           B27    6           A26    1           D25    0
H                  9           B28    8           A27    3           D26    0
H                 10           B29    9           A28    8           D27    0
H                 14           B30   13           A29   11           D28    0
H                 15           B31   14           A30   13           D29    0
H                 18           B32   16           A31   15           D30    0

   B1             1.38101085
   B2             1.39739522
   B3             1.39450439
   B4             1.38377400
   B5             1.39044246
   B6             1.35660888
   B7             1.46430892
   B8             1.37031464
   B9             1.41079277
   B10            1.37048665
   B11            1.72095621
   B12            1.44483453
   B13            1.38026446
   B14            1.40019443
   B15            1.38195781
   B16            1.70980955
   B17            1.42844185
   B18            1.35570634
   B19            1.42805867
   B20            1.43074414
   B21            1.14803824
   B22            1.14785547
   B23            1.08145786
   B24            1.08355332
   B25            1.08247332
   B26            1.08425826
   B27            0.96214478
   B28            1.08049538
   B29            1.08175116
   B30            1.08097735
   B31            1.07922644
   B32            1.08509127
   A1           121.29290509
   A2           118.11785677
   A3           121.05809142
   A4           119.77684956
   A5           117.50749158
   A6           121.64098067
   A7           128.29451360
   A8           113.27099308
   A9           113.08314388
  A10          110.523
   A11          128.48239545
   A12          128.09978488
   A13          113.46575774
   A14          112.86573796
   A15          121.18427756
   A16          131.77892485
   A17          128.64305352
   A18          123.37255973
   A19          119.80138442
   A20          178.98433446
   A21          179.20391557
   A22          121.30123947
   A23          119.09007962
   A24          119.62477897
   A25          120.08521811
   A26          110.03917353
   A27          122.86299194
   A28          123.90003694
   A29          122.77318258
   A30          123.52858094
   A31          116.09445473
   D1             0.07861460
   D2            -0.38907774
   D3             0.24067009
   D4           179.86789180
   D5          -179.86762985
   D6           151.61097335 18 10.0
   D7           179.87169287
   D8            -0.02221840
   D9           0.499
   D10          179.55281829
   D11         -169.63725291
   D12          179.84430587
   D13            0.02788704
   D14           10.56467489
   D15         -179.98286434
   D16           -0.08574195
   D17            0.22567919
   D18         -179.68907394
   D19            0.78844971
   D20            5.15098731
   D21          179.61423792
   D22         -178.53551605
   D23          178.10751573
   D24          179.52245981
   D25          179.97197523
   D26           -2.30069389
   D27          178.47466705
   D28            0.48283477
   D29         -179.66278065
   D30         -179.93393268
作者
Author: 旺旺雪饼    时间: 2017-4-26 11:39
冰释之川 发表于 2017-4-26 11:02
----试一下这个输入文件的内坐标，应该可以一起旋转了----- 你的刚性扫描有点问题，需要略微调整内坐标定 ...

好的  多谢  我试试。还有我想问一下略微调整内坐标定义有什么准则吗？怎么看出来需要调整哪个？
作者
Author: 冰释之川    时间: 2017-4-26 11:42
旺旺雪饼 发表于 2017-4-26 11:39
好的  多谢  我试试。还有我想问一下略微调整内坐标定义有什么准则吗？怎么看出来需要调整哪个？

你那个S原子之所以不旋转，是因为用到了右边基团的C原子的二面角和键角，给固定死了
作者
Author: 旺旺雪饼    时间: 2017-4-26 11:46
冰释之川 发表于 2017-4-26 11:42
你那个S原子之所以不旋转，是因为用到了右边基团的C原子的二面角和键角，给固定死了

明白了，多谢多谢
作者
Author: 旺旺雪饼    时间: 2017-4-26 15:24
冰释之川 发表于 2017-4-26 11:42
你那个S原子之所以不旋转，是因为用到了右边基团的C原子的二面角和键角，给固定死了

还想请教一个问题，如果我想扫19-18-16-15这个二面角，内坐标该怎么调整呢？D17和D18我分别调成了20-19-18-21和21-19-18-20，但是出错了，错误信息说这个坐标定义有问题。另外，A31和D30我也改过了。我改的输入文件在附件里，多谢了
作者
Author: 冰释之川    时间: 2017-4-26 18:53
旺旺雪饼 发表于 2017-4-26 15:24
还想请教一个问题，如果我想扫19-18-16-15这个二面角，内坐标该怎么调整呢？D17和D18我分别调成了20-19-1 ...

按你的要求编写的内坐标，参见附件： (, 下载次数 Times of downloads: 90)

作者
Author: 旺旺雪饼    时间: 2017-4-26 21:07
冰释之川 发表于 2017-4-26 18:53
按你的要求编写的内坐标，参见附件：

多谢多谢，我明白了
作者
Author: 冰释之川    时间: 2018-5-5 14:16
本帖最后由 冰释之川 于 2018-5-5 16:41 编辑
旺旺雪饼 发表于 2017-4-26 21:07
多谢多谢，我明白了

(, 下载次数 Times of downloads: 32)    按您的要求编写的内坐标和相应的扫描格式

(, 下载次数 Times of downloads: 37)




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