计算化学公社

标题: 肝素分子无法用GROMACS生成拓扑文件 [打印本页]

作者
Author: swater 时间: 2025-11-14 16:43
标题: 肝素分子无法用GROMACS生成拓扑文件
我正在模拟肝素分子和壳聚糖在溶液中的变化，用的肝素是Solution Structure of Heparin dp18 https://www.rcsb.org/structure/3IRI。用GROMACS生成拓扑文件的时候显示Fatal error:Residue 'SGN' not found in residue topology database。GROMACS的CHARMM27力场无法识别肝素分子中的残基'SGN'。这个怎么办呢 (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: tptp 时间: 2025-11-14 22:11
用sobtop生成拓扑就行

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-15 06:49
又是典型地在没有pdb2gmx的最基本常识的情况下乱用rtp

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普通有机分子一律推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件

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