计算化学公社

标题: 请问如何对稳定中性自由基形成的晶体进行结构优化呢 [打印本页]

作者
Author: 摧残瞑星 时间: 2025-11-14 21:08
标题: 请问如何对稳定中性自由基形成的晶体进行结构优化呢
稳定中性烃自由基是个很有趣的结构，目前的文章基本都是在大共轭稠环自由基的基础上引入富电子取代基来稳定结构，往往能形成二聚或者Pi堆积的晶体（比如这篇文章https://doi.org/10.1021/ja9836242，或者附件截图）。我想在这些文章所提供的实验cif基础上进行修改，然后再使用计算工具进行几何优化，但是我并没有掌握这种技术，我只会单个自由基分子的优化，不知道如何在软件中（无论啥软件。。。

）构建一个由中性自由基分子组成的分子晶体（非溶剂环境）。在这些文章中我也基本没有找到结构优化相关的内容，大家都是用单晶衍射直接解出结构来（虽然烷烃取代基也经常是无序的。。。）。
请问如何能够对稳定中性自由基形成的晶体进行结构优化呢，或者大家有什么思路呢？我想尽量去尝试

。

作者
Author: 摧残瞑星 时间: 2025-11-14 21:13
目前的一个想法就是假装没有自由基。。。单纯使位点连键不饱和。。。硬头皮算下去。。。在Forcite一类考虑键级的算法里可能会有点用，但是这样无法考虑单电子对结构的作用（大概？），而从头算一类算法里我就更不清楚这样做有没有效果了。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-15 06:52

摧残瞑星发表于 2025-11-14 21:13
目前的一个想法就是假装没有自由基。。。单纯使位点连键不饱和。。。硬头皮算下去。。。在Forcite一类考虑 ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-15 06:54
如果你只有单个分子，获得晶体结构需要用专门的晶体结构预测程序，如USPEX结合CP2K等做法，没法光基于单个分子结构简单地获得晶体结构。

作者
Author: 摧残瞑星 时间: 2025-11-15 11:53

sobereva 发表于 2025-11-15 06:54
如果你只有单个分子，获得晶体结构需要用专门的晶体结构预测程序，如USPEX结合CP2K等做法，没法光基于单个 ...

请问在已有晶体结构文件的情况下可以使用什么软件处理这种自由基晶体呢（比如在晶体模型里设置自由基单电子的状态）_(:з」∠)_

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-16 05:23

摧残瞑星发表于 2025-11-15 11:53
请问在已有晶体结构文件的情况下可以使用什么软件处理这种自由基晶体呢（比如在晶体模型里设置自由基单电 ...

如果你已经有了完全由自由基构成的晶体结构，计算时恰当定义MAGNETIZATION以收敛到真实的磁性状态就完了

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