计算化学公社

标题: Multiwfn如何产生自旋密度分布图的镜像 [打印本页]

作者
Author: BinWang 时间: 2025-11-15 10:16
标题: Multiwfn如何产生自旋密度分布图的镜像
各位老师大家好！
我在使用Multiwfn产生自旋密度分布图时，发现已经算出来的结构是原来的镜像。有一个解决办法是将优化好的结构用gview产生一个镜像，之后重算一遍，之后再用Multiwfn画出自旋密度分布。但我觉得这样非常浪费时间。各位老师有什么简单的办法吗？比如说将产生的*.cub文件进行某种镜像操作。或者直接用Multiwfn将分子结构以及波函数一次性产生镜像？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-11-15 11:54
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-11-15 11:56 编辑

可以使用MOKIT程序中的mirror_wfn函数，专为这种问题设计，可以从一个已经算完的fch文件（既然用此功能，一般是手性分子），瞬间产生镜像分子结构和镜像后的波函数fch文件，无需经由量子化学计算，例如我有一个R.fch文件，启动Python，运行如下两行内容

from mokit.lib.mirror_wfn import mirror_wfn
mirror_wfn('R.fch')

复制代码

随即产生R_m.fch，m即表示镜像反转。总密度和自旋密度也会有相应的变换。可载入GaussView/Multiwfn做波函数分析，获得你说的“自旋密度分布图的镜像”；也可使用此fch文件进行后续计算（转化为chk文件，然后在gjf文件里使用guess=read geom=allcheck读取坐标和波函数）。如果此前未安装、使用过MOKIT，可以看中文README，使用conda便捷地创建环境、在线安装。

作者
Author: BinWang 时间: 2025-11-15 12:10

zjxitcc 发表于 2025-11-15 11:54
可以使用MOKIT程序中的mirror_wfn函数，专为这种问题设计，可以从一个已经算完的fch文件（既然用此功能，一 ...

，太感谢老师了，一定引用您的文章！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-11-15 12:12

BinWang 发表于 2025-11-15 12:10
，太感谢老师了，一定引用您的文章！

一开始只有我一个人写，现在我们有两个主要开发者。

作者
Author: BinWang 时间: 2025-11-15 12:17

zjxitcc 发表于 2025-11-15 12:12
一开始只有我一个人写，现在我们有两个主要开发者。

，厉害

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-15 16:54
其实直接在看图/作图程序里做一个翻转就完了，都不需要涉及到计算步骤

作者
Author: BinWang 时间: 2025-11-15 18:30
本帖最后由 BinWang 于 2025-11-15 18:36 编辑

sobereva 发表于 2025-11-15 16:54
其实直接在看图/作图程序里做一个翻转就完了，都不需要涉及到计算步骤

非常感谢Sob老师回复，

我需要导出镜像分子的自旋密度的.cub文件，之后用vmd进行可视化渲染，这个Multiwfn程序能做到吗？邹老师推荐的MOKIT程序确实能够非常有效的翻转波函数文件*.fchk，效果挺好的，之后我用Multiwfn导出了镜像分子自旋密度.cub文件。我在VMD里面做了很多探索，没有发现VMD有这种翻转镜像的功能

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-16 05:37

BinWang 发表于 2025-11-15 18:30
非常感谢Sob老师回复，我需要导出镜像分子的自旋密度的.cub文件，之后用vmd进行可视化渲染，这 ...

没这个功能

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Author: BinWang 时间: 2025-11-17 09:42

sobereva 发表于 2025-11-16 05:37
没这个功能

非常感谢Sob老师的回复

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