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标题: 求助：关于TraPPE-small的N2力场的疑问，VMD显示的时候多出一个原子 [打印本页]

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Author: Lisy 时间: 2025-11-15 11:49
标题: 求助：关于TraPPE-small的N2力场的疑问，VMD显示的时候多出一个原子
TraPPE-small力场里关于N2力场的构建，是加了虚拟原子MW的，也提供了包含虚拟原子的结构文件。可是我发现这个虚拟原子的坐标和四点水模型不一样，并没有和其中的一个实原子重合，这样就会导致VMD显示的时候多出一个原子，很诡异，请问我能不能把MW的坐标手动改成和第二个N原子一模一样呢？

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-15 13:18
显示时直接not name MW不显示虚原子就好

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-16 05:44
“虚拟原子的坐标和四点水模型不一样，并没有和其中的一个实原子重合”这是严重误解。本来虚拟点就不会和任何原子重合。你用某些脚本把三点水模型转化成四点水，只是把其中一个原子简单复制成了虚拟点，而实际MD跑起来虚拟点根本不是在那个位置。仔细看GROMACS手册里确定虚拟点位置的规则说明

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