计算化学公社

标题: 请教在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 2025-11-15 14:49
标题: 请教在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能
我的体系的多肽-气体结合，目的是计算气体与多肽间的结合能
在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=16585&fromuid=84268
(出处: 计算化学公社)
帖子中提到，“注意按照下文例子算出来的实际上是复合物结构中单体间相互作用能。而一般意义的结合能在计算时是要考虑单体形成复合物过程中形变造成的能量改变（变形能）。由于下面的例子里单体是刚性的，变形能可以忽略不计，因此下文仍称作结合能。”
那我能否结合使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=16255&fromuid=84268
(出处: 计算化学公社)
先做了构型搜索以及用Molclus调用Gaussian和ORCA（3-zeta基组）得到高精度自由能，再选择其中能量最低的构型进行在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能。
请问：
1.这种方法有没有什么不足或者需要改进的地方吗？
2.这样是不是已经用Gaussian几何优化+频率分析考虑了变形能呢？
3.或者有没有更方便的方法吗？因为要是使用gcp方法的话多肽和多肽-气体都需要算，比较耗费机时。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-16 06:09
Gaussian的counterpoise任务，以及《在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子》里的脚本，给你的都是复合物结构下的片段间相互作用能。仔细看下文搞清楚基本关系
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733（http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html）

并且把此文看了，搞清楚counterpoise到底是怎么一回事
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

“要是使用gcp方法的话多肽和多肽-气体都需要算，比较耗费机时”，这明明比做counterpoise耗时低多了。先搞清楚counterpoise的计算原理再说

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