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标题: 关于Gromacs计算界面聚合问题分相的问题 [打印本页]

作者
Author: jiushizhege 时间: 2025-11-15 16:20
标题: 关于Gromacs计算界面聚合问题分相的问题
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各位老师好，上图是我看到文献研究界面聚合的文章中的图，a是两相体系的物种组成和b是z方向上的密度分布，我想基于这个方法研究界面聚合的分子动力学模拟，下图是我建立的盒子
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但是我经过npt系综后，水和正己烷混合了，变成成图这个样子，请我这是我计算的有问题嘛，我想让水和环己烷分布在两侧，然后让谁活着环己烷中的PIP和TMC在界面运动，我该怎么做呢?麻烦各位老师指点迷津
(, 下载次数 Times of downloads: 0) 下面是我的相关文件
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-16 06:02
建模问题。初始结构里水的区域密度太低，导致水不够多

作者
Author: jiushizhege 时间: 2025-11-16 10:44

sobereva 发表于 2025-11-16 06:02
建模问题。初始结构里水的区域密度太低，导致水不够多

好的老师十分感谢您

作者
Author: jiushizhege 时间: 2025-11-20 12:26
本帖最后由 jiushizhege 于 2025-11-20 12:30 编辑

sobereva 发表于 2025-11-16 06:02
建模问题。初始结构里水的区域密度太低，导致水不够多

老师我对密度修改后，npt后仍然出现团聚，请问这是什么原因呢？这是因为力场的原因吗
建模
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npt建模
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这是box.gro (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-21 04:20

jiushizhege 发表于 2025-11-20 12:26
老师我对密度修改后，npt后仍然出现团聚，请问这是什么原因呢？这是因为力场的原因吗
建模

没模拟细节没法说
如果对两种分子的纯液体做NPT模拟密度都正常，说明不是力场的问题
力场、非键作用计算设置等方面没问题的情况下，模拟后不是处于均匀液体状态而是形成球形团簇，只可能是NVT模拟且模型中的密度偏低，或者NPT模拟的时候控压设置不当导致密度没法自发调节成实际情况

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