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标题: 求助在lammps里怎么构建过氧化氢水溶液 [打印本页]

作者
Author: WUIDHAU 时间: 2025-11-16 14:24
标题: 求助在lammps里怎么构建过氧化氢水溶液
最近需要做一个lammps的抛光模拟，需要用到过氧化氢水溶液，并使用reaxff力场，使用以前的办法构建的溶液不太行，所以求助一下能不能教一下怎么去构建水溶液体系，求求了大佬们

作者
Author: yuechenghua 时间: 2025-11-17 19:50
你的体系有什么特殊之处吗？如果只是过氧化氢的水溶液，用packmol就可以做到。

作者
Author: ljh123 时间: 2025-11-17 20:20
试试moltemplate?

作者
Author: WUIDHAU 时间: 2025-11-18 17:01

yuechenghua 发表于 2025-11-17 19:50
你的体系有什么特殊之处吗？如果只是过氧化氢的水溶液，用packmol就可以做到。

packmol没有用过，我使用ms构建并使用msi2lmp转化的时候，会有
Masses

1  15.999400 # o*
2 1.007970 # hw
3  15.999400 # oh
4 1.007970 # ho

Bond Coeffs # class2

1    0.9700 563.2800 -1428.2200  1902.1200 # o*-hw
2    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000 # oh-oh
3    0.9650 532.5062 -1282.9050  2004.7658 # oh-ho

Angle Coeffs # class2

1 103.7000 49.8400 -11.6000 -8.0000 # hw-o*-hw
2    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000 # oh-oh-ho

Dihedral Coeffs # class2

1    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000# ho-oh-oh-ho

BondBond Coeffs

  1 -9.5000    0.9700    0.9700
  2    0.0000    0.0000    0.9650

BondAngle Coeffs

  1 22.3500 22.3500    0.9700    0.9700
  2    0.0000    0.0000    0.0000    0.9650

AngleAngleTorsion Coeffs

  1    0.0000    0.0000    0.0000

EndBondTorsion Coeffs

1    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.9650    0.9650

MiddleBondTorsion Coeffs

  1    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000

BondBond13 Coeffs

  1    0.0000    0.9650    0.9650

AngleTorsion Coeffs

  1    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000

试了几个力场都会有部分的信息是0，又没有找到文献来修改里面的值，另外我没有用过packmol，大佬有教程吗

作者
Author: WUIDHAU 时间: 2025-11-18 17:21

ljh123 发表于 2025-11-17 20:20
试试moltemplate?

回头尝试一下，没有用过这个

作者
Author: yuechenghua 时间: 2025-11-19 21:15

WUIDHAU 发表于 2025-11-18 17:01
packmol没有用过，我使用ms构建并使用msi2lmp转化的时候，会有
Masses

你自己说的用reaxfff，怎么又变成了在MS里试了其他力场？
我如果没记错，MS里支持的应该是几个经典力场，基于经典力场的模拟是不能模拟化学键的断裂与生成的。
如果你确定要用反应力场，就去搜一下对过氧化氢水溶液体系优化的反应力场参数，然后用packmol生成混合体系的坐标，交给ase转成data，然后在in文件里把参数读进去就可以模拟了。
至于packmol，它是用来生成坐标的，具体的教程你可以在论坛上搜，社长发过相关的内容。

作者
Author: WUIDHAU 时间: 2025-11-20 23:21

yuechenghua 发表于 2025-11-19 21:15
你自己说的用reaxfff，怎么又变成了在MS里试了其他力场？
我如果没记错，MS里支持的应该是几个经典力场 ...

在我师兄的模拟中，师兄毕业挺久了，压力大，并且有些他也记不起来了，他留下过教程，使用的是ms生成溶液输出为pdb，atomsk转lmp，ovito转data，这样只有原子没有键，reaxff模拟时自己生成键，但是他的是一个纯粹的溶液，反应没有问题，我就以为用了力场生成也没事，我的是水混合过氧化氢，于是反应出错了，所以我就来网上找教程了，另外我已经用packmol生成了一份pdb了，以下是我的inp设置tolerance 2.0
filetype pdb
output model_box.pdb

structure H2O.pdb
number 200
inside box 3.0 3.0 3.0 22.0 22.0 27.0
end structure
structure H2O2.pdb
number 10
inside box 3.0 3.0 3.0 22.0 22.0 27.0
end structure
但是那篇帖子和ase转data没有找到，大佬能教一下吗

作者
Author: WUIDHAU 时间: 2025-11-21 00:30

yuechenghua 发表于 2025-11-19 21:15
你自己说的用reaxfff，怎么又变成了在MS里试了其他力场？
我如果没记错，MS里支持的应该是几个经典力场 ...

另外，我上面的回复的packmol中使用的pdb使用的是在ms中画的输出为pdb文件，这样会有问题吗

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