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标题: 关于orca提交到PBS节点上的任务脚本 [打印本页]

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Author: 满天星斗 时间: 2025-11-17 09:53
标题: 关于orca提交到PBS节点上的任务脚本
本帖最后由满天星斗于 2025-11-17 19:10 编辑

老师们，我在服务器上安装了orca，想试一下是否可以正常使用，用高级班培训时的任务尝试了一下。使用登录节点直接运行任务，发现虽然比课程文件慢了一些，但没有慢很多。但如果我提交到计算节点上，就非常慢。可能几十秒的任务需要几个小时，请老师们帮忙分析一下是什么问题呢？我的脚本在附件中，输出文件提示无法上传这么大的文件（实际没有超过限制，不太清楚怎么回事），只能截了几张图。 (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: snljty2 时间: 2025-11-18 08:27
首先，你确定计算节点是要8核并行吗？如果不是，提交任务脚本里应该加入类似sed命令的内容，自动把输入文件%pal nprocs后面的数字换成需要的并行核数（通常是计算节点物理核心数，PBS有一些变量可以获得分配了多少核心，或者自己cat /proc/cpuinfo然后去算也行）。然后，你的任务提交目录是属于一个挂载的NFS吗？各个节点之间有没有IB网？如果没有，应该把输入文件拷贝到计算节点本地新建的临时目录，在计算节点本地目录计算，算完了再拷贝回来，否则网络速度将严重影响计算速度。

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Author: 满天星斗 时间: 2025-11-18 10:44

snljty2 发表于 2025-11-18 08:27
首先，你确定计算节点是要8核并行吗？如果不是，提交任务脚本里应该加入类似sed命令的内容，自动把输入文件 ...

老师您好，8核并行是为了和登录节点直接提交的运算做对比的，登录节点最多只能提供8核。平时我使用VASP，CP2k在计算节点上是用的32核。我也试过32核算ORCA，同样超级慢。我尝试过用sob老师讲ORCA安装的那个例子，直接前台运行2.5s就完成了，但是提交到计算节点上需要21min。后面那个问题我不是很懂，去查了一下说是需要将计算文件拷贝到节点上，以免来回传输耽误时间，但我是通过PBS系统提交的任务，这个拷贝过程应该是平台系统自动完成的吧，我的理解应该不需要手动？因为我之前计算Gaussian，cp2k, vasp, castep等软件，也都是将计算输入文件和任务脚本放在一个新建的文件夹中，然后qsub任务脚本，都可以正常运行。只有orca出现了这个问题，不知道orca和其他软件的差异在？

作者
Author: snljty2 时间: 2025-11-18 11:25

满天星斗发表于 2025-11-18 10:44
老师您好，8核并行是为了和登录节点直接提交的运算做对比的，登录节点最多只能提供8核。平时我使用VASP， ...

MPI并行，和别的程序MPI运行没什么本质区别。拷贝过程原理上平台系统没法自动实现，你得手动看哪个硬盘分区是本地硬盘，哪个是NFS。具体的你ssh登录到计算节点上，用htop。ifstat、iostat等命令监测，同时重点关注一下ORCA所有时间有关的输出。

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Author: Dempey 时间: 2025-11-18 13:26
可以参考ORCA手册2.5.2.3部分提供的PBS脚本。如2楼所说，先把计算必要的文件复制到临时文件夹，再进行计算，最后再把计算结果复制回工作目录就行了。

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