计算化学公社

标题: 一个保存和加载VMD分子视角的简单脚本 [打印本页]

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作者
Author: TretopL    时间: 2025-11-17 14:03
标题: 一个保存和加载VMD分子视角的简单脚本


最近要画一批蛋白质体系下包含等值面的图，一个个摆视角很麻烦（用简单的rotate等指令调整到我满意的视角也比较麻烦），故而想要找一个便捷的方法来保存/加载VMD的视角
查阅手册发现，vmd查看分子的的视角通过一些矩阵进行存储（包括center_matrix rotate_matrix scale_matrix global_matrix），并可以很方便地用molinfo xxx get指令得到，并用molinfo xxx set进行加载
但是实际操作中，molinfo xxx get/set的指令比较长，矩阵信息比较长故而复制起来比较麻烦，在多次程序启动时复用也不太方便


所以参考了
http://bbs.keinsci.com/thread-17814-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-43696-1-1.html
的实现思路
自己写了个简单的tcl脚本，简化一下流程。

这个脚本添加了sv（save view），lv（load view）两个指令，顾名思义，分别用于保存视角矩阵和加载视角矩阵。前者会把当前窗口中top分子的视角矩阵保存在指定目录下的txt文件中，后者从此文件中读取并对所有分子加载此视角。此外
workflow通常是：摆好分子朝向，sv，打开其他体系，lv
由于把视角写在了文件里，所以关闭vmd也并不会失去这些信息。

使用：
sv: 把当前top分子视角保存到槽位v1
sv 2: 把molid=2的分子视角保存到槽位v1
sv 2 v3: 把molid=2的分子视角保存到槽位v3
sv v2：把当前top分子视角保存到槽位v3
lv：从槽位v1读取视角，应用到所有分子
lv v2: 从槽位v2读取视角，应用到所有分子
lv v2 3: 从槽位v2读取视角，只用于molid=3的分子

安装：只需要在.vmdrc/vmd.rc中source此脚本即可，同时记得修改脚本里vp_file的路径为你机器上的路径（显然，这个路径必须有写入权限，否则将报permission denied错）。
i.e.
加入vmdrc：(当然，你直接把脚本内容复制进vmdrc也可以用，但是会让你的vmdrc很乱）
source {/path/to/slview.tcl}
修改脚本：
set ::vp_file "/path/to/vp.txt"


鄙人使用的VMD版本：LINUX_64 OPENGL, CUDA, OptiX, OSPRay
如果脚本有什么问题，欢迎各位老师同学指正。不胜感激。

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作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-11-17 14:21
单纯是保存与加载四个视角相关的矩阵的话，善用论坛搜索功能不难找到既往帖子……
http://bbs.keinsci.com/thread-17814-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-43696-1-1.html

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作者
Author: TretopL    时间: 2025-11-17 17:01

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-11-17 14:21
单纯是保存与加载四个视角相关的矩阵的话，善用论坛搜索功能不难找到既往帖子……
http://bbs.keinsci.com ...

确实参考了这两篇帖子，不过脚本是两个月前写的，今天看到有人在群里问类似的问题才想起来分享，结果把参考给忙忘了。
于是把之前写了一半的功能更新弄完了，也算弥补一下尴尬的事实
感谢dalao指出

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