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标题: 求助：VMD如何对盒子颜色进行修改 [打印本页]
作者
Author: Lisy    时间: 2025-11-17 17:42
标题: 求助：VMD如何对盒子颜色进行修改
本帖最后由 Lisy 于 2025-11-17 18:27 编辑

请问VMD中如何对盒子颜色进行修改，能把实线改成虚线吗？以及如何把渲染时候原子的轮廓黑边去掉呢
作者
Author: KazusaT    时间: 2025-11-17 20:32
1. pbc box -color <颜色> -width <线宽> -style <类型>，具体各有什么值可以去看看手册
2. 不知道你说的轮廓黑边具体是什么，不过也许你可以通过更换渲染器和渲染参数或者更换材质来解决
作者
Author: sobereva    时间: 2025-11-18 02:57
例如pbc box -color red -width 10 -style dashed：用红色、粗细为10的虚线绘制盒子

主动给出截图体现你所谓的黑边是什么意思，同时说清楚具体怎么渲染的
作者
Author: snljty2    时间: 2025-11-18 08:33
顺便分享一个脚本
  1. #! /usr/bin/env tclsh

  3. proc get_box_vec {} {
  4.     global a b c alpha beta gamma a_vec b_vec c_vec
  5.     global pi pi_4 cos_alpha cos_beta cos_gamma sin_gamma

  7.     if {! [info exist pi  ]} {set pi   [expr 4.*atan2(1.,1.)]}
  8.     if {! [info exist pi_4]} {set pi_4 [expr    atan2(1.,1.)]}

  10.     if {! [info exist a]} {set a [molinfo top get a]}
  11.     if {! [info exist b]} {set b [molinfo top get b]}
  12.     if {! [info exist c]} {set c [molinfo top get c]}
  13.     if {! [info exist alpha]} {set alpha [molinfo top get alpha]}
  14.     if {! [info exist beta ]} {set beta  [molinfo top get beta ]}
  15.     if {! [info exist gamma]} {set gamma [molinfo top get gamma]}

  17.     if {! [info exist cos_alpha]} {set cos_alpha [expr cos($alpha/45.*$pi_4)]}
  18.     if {! [info exist cos_beta ]} {set cos_beta  [expr cos($beta /45.*$pi_4)]}
  19.     if {! [info exist cos_gamma]} {set cos_gamma [expr cos($gamma/45.*$pi_4)]}
  20.     if {! [info exist sin_gamma]} {set sin_gamma [expr sin($gamma/45.*$pi_4)]}

  22.     if {! [info exist a_vec]} {set a_vec [list $a 0. 0.]}
  23.     if {! [info exist b_vec]} {
  24.         set b_vec [list [expr $b*$cos_gamma] [expr $b*$sin_gamma] 0.]
  25.     }
  26.     if {! [info exist c_vec]} {
  27.         set c_vec [vecscale [list $cos_beta \
  28.         [expr ($cos_alpha-$cos_beta*$cos_gamma)/$sin_gamma] \
  29.         [expr sqrt(1.+2.*$cos_alpha*$cos_beta*$cos_gamma-$cos_alpha**2-$cos_beta**2-$cos_gamma**2)/$sin_gamma]] \
  30.         $c]
  31.     }

  33.     return
  34. }

  36. proc move_mol {molid direction {id {top}}} {
  37.     # molid counts from 1
  38.     global a_vec b_vec c_vec

  40.     get_box_vec

  42.     set sel [atomselect $id "fragment [expr $molid - 1]"]

  44.     if       {[string compare $direction {+a}] == 0} {
  45.         $sel moveby $a_vec
  46.     } elseif {[string compare $direction {-a}] == 0} {
  47.         $sel moveby [vecinvert $a_vec]
  48.     } elseif {[string compare $direction {+b}] == 0} {
  49.         $sel moveby $b_vec
  50.     } elseif {[string compare $direction {-b}] == 0} {
  51.         $sel moveby [vecinvert $b_vec]
  52.     } elseif {[string compare $direction {+c}] == 0} {
  53.         $sel moveby $c_vec
  54.     } elseif {[string compare $direction {-c}] == 0} {
  55.         $sel moveby [vecinvert $c_vec]
  56.     } else {
  57.         puts stderr "invalid direction: $direction"
  58.         return
  59.     }

  61.     set tmp {}
  62.     return
  63. }

  65. proc draw_3d_box {{also_draw_arrow 1}} {
  66.     global a_vec b_vec c_vec

  68.     get_box_vec

  70.     set line_width 2
  71.     set arrow_resolution 25
  72.     set arrow_width 0.6
  73.     set arrow_length [expr 1. - .1]

  75.     draw color red
  76.     set point_beg [veczero]
  77.     set point_end [vecadd $point_beg $a_vec]
  78.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
  79.     set point_beg [vecadd $point_beg $b_vec]
  80.     set point_end [vecadd $point_end $b_vec]
  81.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
  82.     set point_beg [vecadd $point_beg $c_vec]
  83.     set point_end [vecadd $point_end $c_vec]
  84.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
  85.     set point_beg [vecsub $point_beg $b_vec]
  86.     set point_end [vecsub $point_end $b_vec]
  87.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
  88.     if {$also_draw_arrow} {
  89.         set point_beg [vecscale $a_vec $arrow_length]
  90.         set point_end $a_vec
  91.         draw cone $point_beg $point_end radius $arrow_width resolution $arrow_resolution
  92.     }

  94.     draw color green
  95.     set point_beg [veczero]
  96.     set point_end [vecadd $point_beg $b_vec]
  97.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
  98.     set point_beg [vecadd $point_beg $c_vec]
  99.     set point_end [vecadd $point_end $c_vec]
  100.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
  101.     set point_beg [vecadd $point_beg $a_vec]
  102.     set point_end [vecadd $point_end $a_vec]
  103.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
  104.     set point_beg [vecsub $point_beg $c_vec]
  105.     set point_end [vecsub $point_end $c_vec]
  106.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
  107.     if {$also_draw_arrow} {
  108.         set point_beg [vecscale $b_vec $arrow_length]
  109.         set point_end $b_vec
  110.         draw cone $point_beg $point_end radius $arrow_width resolution $arrow_resolution
  111.     }

  113.     draw color blue
  114.     set point_beg [veczero]
  115.     set point_end [vecadd $point_beg $c_vec]
  116.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
  117.     set point_beg [vecadd $point_beg $a_vec]
  118.     set point_end [vecadd $point_end $a_vec]
  119.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
  120.     set point_beg [vecadd $point_beg $b_vec]
  121.     set point_end [vecadd $point_end $b_vec]
  122.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
  123.     set point_beg [vecsub $point_beg $a_vec]
  124.     set point_end [vecsub $point_end $a_vec]
  125.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
  126.     if {$also_draw_arrow} {
  127.         set point_beg [vecscale $c_vec $arrow_length]
  128.         set point_end $c_vec
  129.         draw cone $point_beg $point_end radius $arrow_width resolution $arrow_resolution
  130.     }

  132.     draw color black
  133.     set tmp {}
  134.     return
  135. }

  137. proc draw_box_directions {{point_beg {0 0 0}}} {
  138.     global cos_alpha cos_beta cos_gamma sin_gamma
  139.     global a_vec_normed b_vec_normed c_vec_normed

  141.     set line_length 2.0
  142.     set line_width 6
  143.     set axis_width 0.3
  144.     set arrow_resolution 25
  145.     set arrow_width 0.6
  146.     set arrow_length 1.0

  148.     get_box_vec

  150.     if {! [info exist a_vec_normed]} {set a_vec_normed [list 1. 0. 0.]}
  151.     if {! [info exist b_vec_normed]} {set b_vec_normed [list $cos_gamma $sin_gamma 0.]}
  152.     if {! [info exist c_vec_normed]} {set c_vec_normed [list $cos_beta \
  153.         [expr ($cos_alpha-$cos_beta*$cos_gamma)/$sin_gamma] \
  154.         [expr sqrt(1.+2.*$cos_alpha*$cos_beta*$cos_gamma-$cos_alpha**2-$cos_beta**2-$cos_gamma**2)/$sin_gamma]]}

  156.     draw color red
  157.     set point_end [vecadd $point_beg [vecscale $a_vec_normed $line_length]]
  158.     set point_end2 [vecadd $point_beg [vecscale $a_vec_normed [expr $line_length+$arrow_length]]]
  159.     # draw line $point_beg $point_end width $line_width
  160.     draw cylinder $point_beg $point_end radius $axis_width filled yes resolution $arrow_resolution
  161.     draw cone $point_end $point_end2 radius $arrow_width resolution $arrow_resolution

  163.     draw color green
  164.     set point_end [vecadd $point_beg [vecscale $b_vec_normed $line_length]]
  165.     set point_end2 [vecadd $point_beg [vecscale $b_vec_normed [expr $line_length+$arrow_length]]]
  166.     # draw line $point_beg $point_end width $line_width
  167.     draw cylinder $point_beg $point_end radius $axis_width filled yes resolution $arrow_resolution
  168.     draw cone $point_end $point_end2 radius $arrow_width resolution $arrow_resolution

  170.     draw color blue
  171.     set point_end [vecadd $point_beg [vecscale $c_vec_normed $line_length]]
  172.     set point_end2 [vecadd $point_beg [vecscale $c_vec_normed [expr $line_length+$arrow_length]]]
  173.     # draw line $point_beg $point_end width $line_width
  174.     draw cylinder $point_beg $point_end radius $axis_width filled yes resolution $arrow_resolution
  175.     draw cone $point_end $point_end2 radius $arrow_width resolution $arrow_resolution

  177.     draw color black
  178.     set tmp {}

  180.     return
  181. }

  183. proc clear_box {} {
  184.     # draw delete all
  185.     set nsystems [molinfo top]
  186.     for {set i 0} {$i <= $nsystems} {incr i} {
  187.         graphics $i delete all
  188.     }
  189.     set tmp {}
  190.     return
  191. }
复制代码

保存为draw_box.tcl，VMD启动时候用vmd -e draw_box.tcl或者启动后source {/path/to/draw_box.tcl}，然后draw_3d_box 0命令可以画出类似GaussView那种a b c轴方向别用红绿蓝画出的盒子图形。如果要加上三个正方向标志，删掉后面的0。如果要指示出abc三个方向，可以用draw_box_directions命令，后面接{px py pz}更改这个坐标轴出现的位置。clear_box命令清除绘画。
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-11-19 17:15
snljty2 发表于 2025-11-18 08:33
顺便分享一个脚本

保存为draw_box.tcl，VMD启动时候用vmd -e draw_box.tcl或者启动后source {/path/to/d ...

您写的VMD脚本比我在楼主另一帖里写的强多了……想请教几个小问题：
1. 我知道脚本首行的shebang语法可以指定在Linux系统的命令行里直接执行时用的shell/解释器，但对已经集成了tcl解释器的VMD程序，还写第一行#! /usr/bin/env tclsh有什么作用呢？常用的Windows平台VMD 1.9.3官方发行没有内置python解释器，是不是自行编译了VMD添加python解释器支持后，所有VMD脚本都需要shebang指定用tcl或python才能正确识别语言类型？
2. 每个函数结尾set tmp {}和return这两行的作用是什么？
3. move_mol函数里的一大串if-elseif-else比较字符串为何不用tcl原生的switch来写呢？
作者
Author: snljty2    时间: 2025-11-19 17:52
本帖最后由 snljty2 于 2025-12-3 10:08 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-11-19 17:15
您写的VMD脚本比我在楼主另一帖里写的强多了……想请教几个小问题：
1. 我知道脚本首行的shebang语法可 ...

没有没有，我这个写的也不太好，是为了配合另一个脚本实现一些目的的...

1. 没有作用，就是强迫症...
  1. set mols_seq [list]

  3. proc new_mol {{molid 1}} {
  4.     global jobname backbone_indices mol_color_list mols_seq
  5.     mol new "$jobname"
  6.     mol modstyle 0 top Licorice 0.2 25 25
  7.     lappend mols_seq $molid
  8.     set molid0 [expr $molid - 1]
  9.     mol modcolor 0 top ColorID [lindex $mol_color_list $molid0]
  10.     mol modselect 0 top "fragment $molid0 and serial $backbone_indices"
  11.     return
  12. }

  14. proc new_group {} {
  15.     global jobname backbone_indices mol_color_list
  16.     clear_box
  17.     set num_mols [llength $mol_color_list]
  18.     for {set molid 1} {$molid <= $num_mols} {incr molid} {
  19.         new_mol $molid
  20.     }
  21.     draw_3d_box
  22.     return
  23. }

  25. proc move_sys {sysid direction} {
  26.     global mols_seq
  27.     set num_sys [llength $mols_seq]
  28.     set sysid0 [expr $sysid - 1]
  29.     set molid [lindex $mols_seq $sysid0]
  30.     move_mol $molid $direction $sysid0
  31.     return
  32. }
复制代码


2. return没啥意义，个人习惯。函数里面set tmp {}好像没啥用，但是全局的set tmp {}是为了让上一个变量别打印出来，不然屏幕上多一堆东西不好看。这个脚本写的比较早，那时候我也不是太熟悉，不好意思哈

3. 确实可以，我当时忘了...



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