计算化学公社

标题: 如何更改伞形采样wham计算得到的PMF横坐标 [打印本页]

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-11-17 21:14
标题: 如何更改伞形采样wham计算得到的PMF横坐标
如果我伞形采样的CV是分子质心和脂双层之间的距离，拉分子质心过脂双层，gromacs内置的wham计算得到的PMF横坐标就是这两组之间的距离，可是如果我想把分子质心改成分子的某一个特定的原子，得到拉分子质心过膜时以该原子坐标变化对应的PMF，请问这时候除了重新跑SMD以特定原子拉过脂双层之外还有其他的方法吗。问题二：如果我以分子质心做pull，而后在取固定间隔距离模拟的时候改成特定原子的固定间隔距离分别跑MD，从而得到以该原子坐标变化对应的PMF，这样的做法可取吗
请各位老师指教，谢谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)