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标题: 用MM/PB(GB)SA 处理MD的结果，结合自由能对单残基分解和对成对残基分解有什么不同？ [打印本页]

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Author: liyu0722 时间: 2025-11-19 17:30
标题: 用MM/PB(GB)SA 处理MD的结果，结合自由能对单残基分解和对成对残基分解有什么不同？
想问个概念性的问题，用MM/PB(GB)SA 处理MD的结果，结合自由能对单残基分解和对成对残基分解有什么不同？需要两个都进行分析吗？

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-19 19:00
蛋白不大的话我以前都直接选所有残基然后用UCSF Chimera/PyMOL的 CHEWD 插件可视化的，可直观地看出不同残基对小分子结合的贡献。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-20 00:03
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “结合自由能分解” 改了，以后务必注意！

取决于你对特定残基对结合的影响感兴趣，还是对残基间相互作用对结合的影响感兴趣。取决于自己

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