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标题: 关于周期性体系与小分子物质的结构优化 [打印本页]

作者
Author: 顶顶顶顶顶 时间: 2025-11-19 19:32
标题: 关于周期性体系与小分子物质的结构优化
之前使用Gaussian对二聚体或者多聚体进行结构优化时，基本都是参照了社长的“使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索”这个帖子，去得到一个比较合理的结构去做结构优化，确实非常好用！但是目前想通过cp2k去计算周期性体系比如Mxene与小分子物质的相互作用时，在初始的建模当中，没办法建立一个比较合理的结构，导致后续使用cp2k做结构优化时，消耗的时间巨久（目前是想探究MXene与纤维素单体即葡萄糖的相互作用）。除了参照有关的文献的做法，另外还想问问大佬们在这方面是如何做的呢？或者molclus程序是否也适用于这种体系做团簇构型搜索呢？如果适用，其使用方法是否有区别呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-20 00:09
当前不牵扯团簇问题，“这种体系做团簇构型搜索”描述不当

VMD里自己把小分子挪到MXene表面合适位置作为初始结构计算。如果你担心有不同吸附位点、不同吸附朝向，手动摆考虑不周全，可以CP2K里尝试用GFN1-xTB或者更便宜的GFN0-xTB跑动力学，每隔一定帧数把结构优化一次，对比能量，进行初筛。再把能量最低的几个结构进一步用DFT做优化，取能量最低的。

molclus未来可能支持结合CP2K用于周期性体系。目前需要手动做这些步骤。

作者
Author: 顶顶顶顶顶 时间: 2025-11-20 09:32
好的社长，感谢回复

作者
Author: 顶顶顶顶顶 时间: 2025-11-20 20:26

sobereva 发表于 2025-11-20 00:09
当前不牵扯团簇问题，“这种体系做团簇构型搜索”描述不当

VMD里自己把小分子挪到MXene表面合适位置作为 ...

sob老师，我按照您的方法采用CP2K用GFN1-xTB跑MD后，得到的一个xx-pos-1.xyz的文件，这里面记录了不同结构的原子坐标，以及对应的能量。就您的这句话“每隔一定帧数把结构优化一次，对比能量，进行初筛”是指在这个文件当中进行初筛是吗，后续我要对能量较低的结构用DFT做优化的时，应该如何做呢？（这个我之前在Gaussian中是直接复制能量较低的结构的原子坐标去做结构优化的，但是在CP2K中我不太清楚这个如何做）
另外，我对已经结构优化成功的体系，要去做更高精度的单点能计算时，我是使用Multiwfn载入相应的restart文件，之后在生成相应的CP2K输入文件吗？望老师解答

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-21 03:49

顶顶顶顶顶发表于 2025-11-20 20:26
sob老师，我按照您的方法采用CP2K用GFN1-xTB跑MD后，得到的一个xx-pos-1.xyz的文件，这里面记录了不 ...

跟molclus的思路一样，每隔一定帧数保存一帧结构，自己写脚本用Multiwfn批量产生几何优化的输入文件、批量让CP2K计算，最后提取能量并排序

是

作者
Author: 顶顶顶顶顶 时间: 2025-11-21 09:34

sobereva 发表于 2025-11-21 03:49
跟molclus的思路一样，每隔一定帧数保存一帧结构，自己写脚本用Multiwfn批量产生几何优化的输入文件、批 ...

好的老师

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