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标题: 求分享使用Gromacs对含有几千个原子的电解液模型跑NPT预平衡及MD产生相的mdp文件 [打印本页]

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Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-20 11:15
标题: 求分享使用Gromacs对含有几千个原子的电解液模型跑NPT预平衡及MD产生相的mdp文件
请问有没有大佬能分享一下使用Gromacs对含有几千个原子的电解液模型跑NPT预平衡及MD产生相两个阶段的mdp参数文件！跪谢了！这是我当前使用的mdp文件， (, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 7) ，跑出来的效果不理想，离子导较低，这是我的top文件 (, 下载次数 Times of downloads: 6) ，使用的“amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp”该力场

其他文件如下： (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

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Author: student0618 时间: 2025-11-20 12:01
力场不同参数或有不同，而且“比较好用”意义不明。

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-20 12:09
本帖最后由 Wxh18130507355 于 2025-11-20 13:03 编辑

student0618 发表于 2025-11-20 12:01
力场不同参数或有不同，而且“比较好用”意义不明。

我的疏忽，不好意思哈，我重新编辑一下

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-20 12:20

student0618 发表于 2025-11-20 12:01
力场不同参数或有不同，而且“比较好用”意义不明。

您重新看一下哈

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Author: sobereva 时间: 2025-11-21 04:54
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gromacs跑两个阶段比较好用的mdp参数文件” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-21 04:56
我就看了md_NPT.mdp，并没有任何问题。结果不理想当然要考虑力场参数、原子电荷这些直接影响相互作用描述精度的问题，哪能光盯着mdp。
网上问结果异常、模拟崩溃的人，>90%都是拓扑文件的问题，却总是以为是mdp的问题，非常奇怪。

“离子导较低” 语义不明

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-21 10:09

sobereva 发表于 2025-11-21 04:56
我就看了md_NPT.mdp，并没有任何问题。结果不理想当然要考虑力场参数、原子电荷这些直接影响相互作用描述精 ...

好滴，sob老师，我再仔细检查下

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