计算化学公社

标题: 簇模型计算酶催化机制，原子电荷定性错误求助 [打印本页]

作者
Author: xiaoche 时间: 2025-11-20 20:22
标题: 簇模型计算酶催化机制，原子电荷定性错误求助
本帖最后由 xiaoche 于 2025-11-20 20:22 编辑

我在计算酶催化的反应机制，使用的是簇模型(活性中心关键残基+底物)。opt+frep任务参数设置为：#p opt=gdiis freq b3lyp/genecp scrf=(iefpcm,solvent=water) nosymm em=gd3bj

优化后计算频率无负值。随后使用不同理论方法和基组计算了单点能，所得到的底物羰基碳Mulliken电荷均为负值。根据化学直觉推断，氧的电负性比碳强，碳不是应该带正电荷吗？
请各位老师帮我把把脉，为什么我计算的电荷会出现定性错误呢？万分感谢！
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-21 05:44
毫无原子电荷计算的基本常识犯的低级错误。Mulliken电荷根本不兼容弥散函数
认真看下文，具备了原子电荷常识后再试图分析讨论
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
http://sobereva.com/714（http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html）

并且以后提问时不要光说genecp或gen，必须主动把具体用的基组说清楚。当前看了你的gjf我才知道你带了弥散

作者
Author: Huschein 时间: 2025-11-21 06:28
有机化学和计算化学没分清楚有机化学的负电也不是负电荷只是相较于周围的原子更负电。从粗糙的定性角度来说你这个C不是已经比相连的O和N更"正"了吗？而且这个电荷是计算化学里面最表观的东西一个负电的基团一样可以进攻这个C+ 并不会因为他带负电就难反应 DFT又不是用电荷去算的，逻辑搞反了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)